正常人體及動物體上都存在著許多微生物。生活在健康人體和動物體各部位、數量大、種類較穩定且一般是有益無害的微生物種群，稱為正常菌群。例如，動物的皮毛上經常有葡萄球菌、鏈球菌和雙球菌等，在腸道中存在著大量的擬桿菌、大腸桿菌、雙歧桿菌、乳桿菌、糞鏈球菌、產氣莢膜梭菌、腐敗梭菌和纖維素分解菌等，它們都屬于動物體上的正常菌群。
人體在健康的情況下與外界隔絕的組織和血液是不含菌的，而身體的皮膚、粘膜以及一切與外界相通的腔道，如口腔、鼻咽腔、消化道和泌尿生殖道中存在有許多正常的菌群。胃中含有鹽酸，pH較低不適于微生物生活，除少數耐酸菌外，進入胃中的微生物很快被殺死。人體腸道呈中性或弱堿性，且含有被消化的食物，適于微生物的生長繁殖，所以腸道特別是大腸中含有很多微生物。
一般情況下，正常菌群與人體保持平衡狀態，且菌群之間互相制約，維持相對的平衡。它們與人體的關系一般表現為互生關系。但是，所謂正常菌群，也是相對的、可變的和有條件的。當機體防御機能減弱時，如皮膚大面積燒傷、粘膜受損、機體受涼或過度疲勞時，一部分正常菌群會成為病原微生物。另一些正常菌群由于其生長部位發生改變也可導致疾病的發生，如因外傷或手術等原因，大腸桿菌進入腹腔或泌尿生殖系統，可引起腹膜炎、腎炎或膀胱炎等炎癥。還有一些正常菌群由于某種原因破壞了正常菌群內各種微生物之間的相互制約關系時，也能引起疾病，如長期服用廣譜抗生素后，腸道內對藥物敏感的細菌被抑制，而不敏感的白色假絲酵母或耐藥性葡萄球菌則大量繁殖，從而引起病變。這就是通常所說的菌群失調癥。因此在進行治療時，除使用藥物來抑制或殺滅致病菌外，還應考慮調整菌群恢復腸道正常菌群生態平衡的問題。
