（一）腦的生理功能
腦的主要生理功能是主宰生命活動、主管精神活動和主感覺運動。
1．主宰生命活動
腦為“元神之府”，是生命的樞機，主宰著人體的生命活動。《素問·刺禁論》說：“刺頭，中腦戶，入腦，立死。”說明古代醫家雖未明了腦的細微結構，但已通過實踐，意識到人的呼吸、心跳等生理活動，都是由腦所主宰和調節的。腦能主宰全身，臟腑組織在其主宰和調節下，各司其職，協調配合，則身體健康，生命力旺盛。若腦的功能失常，則會導致臟腑組織功能紊亂，生命活動障礙而百病由生，甚或危及生命。
2．主管精神活動
人的精神活動包括認知活動、情感活動與意志活動。腦與精神活動的關系，在《內經》里就有記載。明確提出腦與精神活動相關的是明代醫家李時珍，他在《本草綱目》中說：“腦為元神之府。”清·汪昂《本草備要》指出：“人之記性皆在腦中。……今人每記憶往事，必閉目上瞪而思索之，此即凝神于腦之意也。”清·王清任《醫林改錯》說：“靈機記性不在心在腦。”上述文獻記載，明確指出了腦與精神活動密切相關。因此，腦主精神活動正常，則精神飽滿，意識清楚，思維敏捷，記憶力強，語言清晰，情志正常；若精髓虧虛，腦海不足，則出現精神萎靡，反應遲鈍，記憶力衰減，或狂躁易怒，神識錯亂，甚至意識不清，暈厥或昏迷等癥。
3．主感覺運動
眼、耳、口、鼻、舌等為五臟外竅，皆位于頭部，與腦相通。故人的視、聽、言、動等，皆與腦有密切的關系。如清代醫家王清任《醫林改錯·腦髓說》所說：“兩耳通腦，所聽之聲歸于腦”；“兩目系如線，長于腦，所見之物歸于腦”；“鼻通于腦，所聞香臭歸于腦”；小兒“至周歲，腦漸生，囟門漸長，耳稍知聽，目稍有靈動，鼻微知香臭，舌能言一二字。”同時，腦為元神之府，神能御形，而主宰人的肢體運動。故髓海充盈，腦主感覺運動功能正常，則視物清晰，聽覺聰敏，嗅覺靈敏，感覺如常，語言流暢，肢體運動輕勁多力；反之，若腦主感覺運動功能失常，則會出現視物不清，聽覺失聰，嗅覺不靈，感覺障礙，步履艱難，語言謇澀，運動乏力，懈怠安臥等癥。如《靈樞·海論》說：“髓海不足，則腦轉耳鳴，脛酸眩冒，目無所見，懈怠安臥。”
（二）腦與五臟的關系
腦雖有其獨立的形質部位和生理功能，是人體極其重要的器官之一，但中醫藏象學說的特點是以五臟為中心的整體觀，故藏象學說把腦的生理功能統歸于心而分屬于五臟，認為心為君主之官、五臟六腑之大主、神明之所出、精神之所舍，把人的精神活動總歸于心，稱之曰“心藏神”。又把神分為神、魂、魄、意、志五種不同表現，而分別心、肝、肺、脾、腎五臟主司，即所謂“五神臟”。腦的功能與五臟密切相關，五臟精氣充盈，功能正常，才能化養五神并發揮其生理功能。腦的功能雖分屬五臟，但與心、肝、腎三臟關系更加密切。因為“心為五臟六腑之大主，精神之所舍”，雖五臟皆藏神，但都在心的統率下發揮作用。肝主疏泄，又主謀慮，調節精神情志活動。腎藏精，精生髓，精髓匯集為腦，因此就腦本身的物質而言，與腎的關系尤為密切。由于腦的功能與五臟有關，而與心、肝、腎三臟關系密切，故在臨床上將腦功能失常產生的病變也歸屬于五臟，特別是心、肝、腎三臟。如臨床上痰迷心竅、痰火擾心、熱入心包、心腎不交、肝氣郁結、肝火上炎、肝風內動、腎精不足等證，多與腦病有關。腦病也從五臟論治，如清心開竅、養心安神、交通心腎、疏肝解郁、清瀉肝火、平肝熄風、填精補髓等，都是治療腦病的方法。
（三）腦與精氣血津液的關系
腦為精髓匯集之處，其功能活動除與精密切相關外，腦的功能活動還必須以氣血津液的正常循環為基本保證，與氣、血、津液之間也有著密切的聯系。人體氣血通過十二經脈、奇經八脈和大小絡脈的傳注，皆上達于頭面部，分別灌注于各個孔竅之中，以發揮其濡養腦髓和孔竅的作用。腦則通過經絡的傳導作用而發揮其主視、聽、嗅、味等感覺的功能。故氣血不足、氣血瘀阻或氣血逆亂，都可導致腦的功能失常，而出現精神活動或感覺、運動功能的障礙。津液源于飲食水谷，通過脾胃的運化功能而生成。津液中稠厚而流動性小的液能灌注骨節、臟腑和腦髓，具有充養脊髓、腦髓和臟腑的作用，是后天之精充養先天之精的主要表現。如《靈樞·五癃津液別》所言：“五谷之津液，和合而為膏者，補益腦髓。”故液脫可以導致髓海空虛，而見腰膝酸軟、頭暈耳鳴等癥。
