《漢宮秋》被公認是元雜劇中的優秀作品之一，作者馬致遠是王實甫、白樸之外又一以文采見長的作家。
《漢宮秋》以漢元帝竟寧年間，匈奴呼韓單于來朝，請求和親，昭君自愿出塞，以增強漢、匈民族團結的故事為題材。對于這部雜劇，它的主題思想是要表現什么，歷來眾說紛紜。
一種觀點認為，由于馬致遠幼年時正值金國覆亡，飽經兵亂，因而在他的思想中國破家亡的感慨十分深刻，他把故事改為漢元帝時國勢衰弱、奸臣毛延壽因求賄不遂，丑化王昭君的畫像，事發叛國，勾引匈奴兵犯境，滿朝文武束手無策，昭君被迫出塞和番，行至漢匈交界的黑江，投江自殺。作品暗示讀者，一個招權納賄的權奸，一旦罪惡敗露，就有可能投敵叛國；而一個真正熱愛祖國的志士，在面臨國家民族的危難時，應挺身而出，不惜犧牲自己的生命。從這個思想內容來看，《漢宮秋》雜劇的產生和流傳，是元滅金、滅宋的歷史轉折時期統治集團內部矛盾與民族矛盾在戲曲舞臺上的集中反映。
一種觀點認為，《漢宮秋》主要是寫漢元帝與王昭君的愛情故事，作者對漢元帝因沉湎于兒女私情而失政誤國，以致釀成國家和個人的悲劇，是有所批判的，然而更多的是對其深摯的愛情寄予同情，悲其所悲，痛其所痛，寫得極為細膩真切生動傳神，有對昭君容貌、體態和性情等的由衷贊美，有他們和諧美滿的愛情生活的深深陶醉，有對愛人深情眷戀，對愛情忠貞不渝的真誠表白。在描寫漢元帝與王昭君生離死別之際的行狀及其心理，也極富藝術感染力。灞陵橋邊，旌旗悠揚，鼓角悲壯，昭君隨著匈奴人馬漸走漸遠，終于消失于風雪彌漫的曠野深處。此時，漢元帝仍仁立凝望，心己隨之而去，身后的儀仗在等待，大臣在催促，他全然不顧。他慘然唱道：“呀，不思量除是鐵心腸、鐵心腸也愁淚滴千行，美人圖今夜掛昭陽，我那里供養，便是我高燒銀燭照紅妝。”寫出了漢元帝如絲如縷繚繞深長的情懷。有學者指出，王昭君出塞后幾個月的那年夏天，也就是竟寧元年五月，漢元帝駕崩，可惜這點線索尚沒有引起馬致遠的重視，倘若寫出漢元帝思念成疾，遽爾升遐，昭君又在黑江自盡，有情人終在天上結為神仙美眷，豈不為中國古典愛情更添浪漫？
另有一種觀點認為，《漢宮秋》著力寫的是一個奇女子的故事。王昭君受奸人陷害，加上匈奴犯境的強大壓力，不得不以一弱女子纖手擎天，犧牲個人以保國家，這是一個以一己之力獨蹈家國之痛的奇女子形象！在漢元帝與王昭君的歡情上，《漢宮秋》的筆墨是簡略的，一共只有元帝夜巡初遇昭君和退朝看望昭君兩個場面，而且都是靜態的，著力于描寫皇帝欣賞王昭君的文靜端莊。而對王昭君敢于挺身而出，為家國之痛而毅然出行，則大抒筆墨，在這一點上，《漢宮秋》的主題思想是積極的。
還有一種觀點認為，元雜劇《漢宮秋》同樣也反映出了作者思想認識上的局限性和消極性。例如，王昭君出關后，《漢書》、《后漢書》記載她，嫁于呼韓邪單于，號寧胡閼氏，生一男伊屠智牙師，呼韓邪死后，其子復株累單于復妻王昭君，生二女，其長女須卜居次在王莽當政時曾入侍太后，后來王莽失敗，受株連死，昭君本人，則不見記載。可是《漢宮秋》說王昭君來到番漢交界處的黑江投河自盡，這可能與古人“烈女不事二夫”的觀點有關，由于民間傳說她與漢元帝有一段深摯的愛情，所以出塞和親，再嫁單于，自然不夠貞烈，所以傳說中她或是強忍悲歡，在胡地默默茍且偷生，或哀怨愁悶，抑郁而終。到了宋代，由于理學家持重貞節，王昭君的自殺全節幾乎成了必然的結局。馬致遠在寫作《漢宮秋》時顯然也受到這種觀點的影響，另外由于馬致遠在寫作《漢官秋》時摻入了自己對民族矛盾的許多感慨，他不可能理解歷史上王昭君出塞和親的積極意義，對漢元帝也過于同情和美化，全劇感傷情調較濃，這都決定于作者的歷史、階級和思想上的局限。
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