張居正擔心的，終于還是來了。
高拱在內閣雖然不是首輔，但由于兼管吏部，擁有人事大權，實際上他坐了朝廷的頭把交椅。張居正希望高拱不要念舊恨，但高拱不是圣人，也不是傻子。在他看來，當初把自己逼迫下野的那群言官，不但是私人恩怨，還是政治對頭，不打怎么行？
高拱雷厲風行地報復言官。短短幾個月間，接連有二十多個言官落馬，罷官的罷官，調任的調任。曾經率眾彈劾高拱，導致高拱下臺的歐陽一敬，嚇得趕緊辭職，卻在離職回家的路上不明不白死了。胡應嘉當初曾玩命彈劾高拱，引起高拱和徐階嚴重沖突。他擔憂高拱報復，竟然憂慮交織，一命嗚呼。
高拱的厲害，這下大家算是知道了。
高拱并不滿足。他的主要仇恨，集中在一個人身上，那就是徐階。在高拱心中，徐階布下重重陷阱，一步一步把自己給逼得下野，今天一定要加倍地報復回來！
于是緊跟著，高拱針對徐階的戰斗開始了。雖然在入閣之初，包括張居正在內的許多人曾經勸過他，他也曾表態，說徐老先生對我是有舊恩的，后來因為一些小事發生沖突，不足為怨。我一定會拋棄舊日的心思，與諸位共同為國家出力。
然而說歸說，做歸做。高拱絕不是良善之輩，隨著勢力的快速擴張，他很快就對徐階集團展開了瘋狂報復。
第一步，高拱要否定徐階的政治成就。
前面說過，嘉靖皇帝臨死那一夜，徐階拉著張居正搶先擬定和發表了遺詔。在遺詔中，徐階借嘉靖皇帝的名義，把嘉靖自己一輩子的錯誤痛痛快快檢討了一遍，把一些嘉靖年間因進諫而貶損的官員重新任用。這是徐階樹立自己政治地位，爭取支持的重要措施。
而高拱對這份徐階私人出品的遺詔恨之入骨。他上奏說：“有人借著遺詔，辱罵先帝，還把先帝時懲罰的這些人全都褒獎升官，這不是抽先帝的嘴巴么？先帝在天之靈怎么安寧呢？陛下您每次入太廟去祭祀，怎么對得起他呢？”
于是就把這一批官員全都重新貶斥。這樣既樹立自己的威勢，同時也打擊了徐階留下的勢力。
此外，嘉靖皇帝臨死前信任一批方士，讓他們行醫進藥，給予高官厚祿。嘉靖死后，徐階在遺詔中稱這些庸醫劣藥害死了嘉靖，把這些人統統下了監獄，準備處死。高拱也要來插一腳，他上奏說：“先帝在位四十五年，六十歲去世，可謂壽終正寢。如果按照某些人假托遺詔所說，說是被方士所害，豈不是給先帝臉上抹黑么？”于是把這些方士也改判為流放。
就這樣，徐階用以樹立自己地位的遺詔，完全被推翻了。
張居正這時處在一個很微妙的局面。因為當初遺詔是徐階和他一起擬定的。推翻遺詔，不僅削弱了徐階的力量，也削弱了他的力量。
應該怎么辦？為此事和高拱開火么？張居正當然不愿意。
經過思索和決策，他選擇了妥協。
在高拱六十大壽，門生為高拱賀壽所做的詩文集序言里，張居正恭維高拱此舉是“分辨了君臣父子的大義，就好比撥開烏云，重現日月的軌跡！”
第二步，高拱要收拾徐階本人了。
原本這事風險很大，因為徐階雖然已經離職，卻擁有很高的地位，很廣的人脈，在社會上也有很大支持度。
然而天賜了高拱一個最好的機會。
原來徐階精于國政，卻并不清廉。他家在老家上海松江一帶強占了許多土地，幾個兒子橫行不法。
對于一個退休閣老而言，這本來不算啥大問題。但偏偏在隆慶三年上任的應天巡撫，卻是出名的大清官海瑞。于是，徐家便遭到了海瑞的嚴厲清算——盡管，當初徐階救過海瑞的命，還把他提拔起來。
高拱抓住了這個絕好的機會，利用徐階被海瑞搞亂陣腳之時，指揮自己陣營中的干將，對徐階痛打落水狗，搜尋各種罪狀進行彈劾。
高拱親自進疏，說徐階“大治產業，黜貨無厭，越數千里開鋪店于京師，縱其子攪侵起解錢糧，財貨將等于內帑，勢焰薰灼于天下”，甚至還“故違明旨，潛往京師，強阻奏詞，探聽消息，各處打點，廣延聲譽”。
在高拱一派的群起攻擊下，徐階招架不住，其積累的政治勢力逐漸被高拱清除。而張居正在這個過程中，也沒有對高拱進行阻擊。
