我叫林平之，最近又是被標書折磨的時候，但苦于魯老板沒錢給我們做芯片，所以只能靠我們自行挖掘數據……自行挖掘數據……行挖掘數據……挖掘數據……掘數據……數據……據……
我年紀輕輕，不能就這么斷送在這種隨便找分子扯關系的道路上啊，好歹要有個芯片啥的喂！但現實就是這么殘酷，沒有芯片，但要找可能相關的基因。這次的題目更刁鉆，不是研究腫瘤……我去，不研究腫瘤，那連Oncomine啥的都用不上，那咋辦？師兄，能救救我不？
神師兄：寫基金，最關鍵的是什么？如何選題！一般土豪的實驗室都一定得選最好的芯片測序，都用進口的！用就用高端的深度測序，數據直接云端，測序不行最少也得4000×，什么lncRNA芯片、ChIP啊、轉錄組啊，能給他測的全給他測上。就是一個字：貴！
但是沒做過這些的，就只能靠挖！挖出來別人芯片上的數據，那就會變成你的選題，不是腫瘤的也不要緊。不是還有GEO么？這就帶領你挖一個分子出來。隨便給你舉個例子哈，比如我要挖一個老年癡呆的可能有作用的分子，應該怎么操作？
首先，登陸到GEO的DataSets,輸入“Alzheimer”找芯片。
我們就隨便舉個例子，用這個老年癡呆癥尸檢的芯片來做分析。點擊進去，就是GEO網頁分析的界面了。
既然我們要比較找差異基因，那就到下面的數據分析工具里去找，有一個叫“Compare 2 sets of sample”的選項，點擊之后，選擇'Value means difference',這里有一個問題了，就是選“Value”還是“Rank”。“Value”是具體數值，“Rank”應該是一個秩，也就是類似給“Value”評了個分。
接著我們選取比較的分組，肯定是對應的有病和沒病的，但是要選取一下表達的取樣組織位置。
海馬體，顳皮層還是額皮質。海馬體應該來說還是蠻關鍵的，那我們就選擇有老年癡呆的和無老年癡呆的尸體的海馬體樣本吧。
然后確認比對。
只找到幾個基因對吧，還有一些根本沒啥名字，那我們就選一個ARRDC4，這個從邊上的表達圖可以看出來，是表達差異比較明顯的。那這個基因有啥研究沒有呢？我們要用另外一個牛逼的數據庫來看看。這個數據庫一般人我也不告訴他，叫做Ｐ××××××（此處打碼）。
搜一下這個數據庫里的數據，發現，研究ARRDC4這個基因的就9篇文章。然后可以在這個數據庫里搜索到與之相關的基因，疾病，藥物通路等等內容。
先看看和什么疾病相關，主要是一些雜七雜八的基本，比如什么“空泡性肌病”啥的，但也有可能有和腦相關的疾病，比如“緘默癥”，好吧，不管是啥，相關的通路涉及比較多的就是賴氨酸降解通路。
接著做了一下基因間的相互關聯性分析。
好了，看上去就真的有戲了不是么？接下去做什么？做實驗啊！你光是挖掘到了這樣的數據，不稍微驗證一下，難道就真的當真了么？要有相關的實驗驗證才能往下繼續的哦！否則連一點前期工作都沒有呢……都沒有呢……沒有呢……有呢……呢……
…華麗麗的分割線…
李莫愁博士：GEO上有好多閑置芯片可以挖掘挖掘，大家有時間也可以自己去試試看。反正閑著也是閑著，今天木有事，先去刨刨地兒！挖來了再分析基因可能的功能什么的，就簡單了。至于神師兄說的那個數據庫，其實不用也行，用GoPubmed配合蛋白互作軟件也一樣能做初級的基因功能分析噠。不過關鍵的關鍵，還是要有預實驗驗證來作為支撐啊！不能隨便找個基因，都不做驗證，這樣寫出來，即使中了也完不成呢！！！好啦，今天就策到這里吧。
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