陰陽和五行在時空運動變化中，既是可分的，又是統一的整體。二者自成體系，又互為系統。陰陽中有五行，五行中有陰陽。“五行即陰陽之質，陰陽即五行之氣。氣非質不立，質非氣不行。行也者，所以行陰陽之氣也。……天地者，陰陽對恃之定體，一二三四五六七八九十者，陰陽流行之次序。對峙非流行不能變化，流行非對峙不能運行，此五行以流行于天地中而為用也。”以上說明五行出于陰陽，太極之下的陰陽之氣，必然分出五行之氣（即四時五方之氣）。陰陽在交錯變化的情況下，必須參以五行的方法才能具體揭示萬物之間的的規律。由此可見，陰陽是五行的基礎，五行是陰陽的具體化。它們二者互為補充，從而形成一個內蘊生克之機，穩定的、動態的自控自調節系統。進而言之，陰陽學說是研究宇宙萬物最一般、最普通的動因和規律，即用陰陽相對統一、消長變化來揭示客觀世界的本質、生成、發展、變化等普遍規律。五行學說則深入研究宇宙萬物的系統結構，其特點是以四時五方為樞機來揭示宇宙萬物的功能變化結構規律。陰陽五行都是從宇宙本原上、氣的層次上、功能結構上、整體關系上來研究和把握宏觀和微觀世界。因此陰陽五行之間既相對獨立，又不可分割。
陰陽五行理論的確立，是人類信息科學史上的偉大創舉。正是由于陰陽五行學說的完善，才使我國古典醫學早在先秦、兩漢之際就達到了輝煌燦爛的水平，至今還與現代醫學并駕齊驅、交相輝映。
五行就是木、火、土、金、水。古代圣人經過高度概括，將木、火、土、金、水比喻成宇宙萬物的五種基礎物質，并由太極陰陽變化而來。張景岳說：“其實之初，只一太極，一分為二，二分為四。天得一個四，地得一個四，又各有一個太極行乎其中，便是兩個五行而已。”后來，便根據河圖的天地生成數，安排為“一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土”的次序，并總結出：“水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土爰稼穡”的功能特性。中醫以五者的不同特性作為事物的歸類方法，來推演事物間的相互聯系及其變化，解釋人體臟腑的生理病理現象。五行學說，像陰陽學說一樣，作為中醫學的基礎理論，在維護人體健康方面發揮著極為重要的作用。
五行與八卦作為自然界的五種或八種物質要素，都是源于自然，系統歸納，抽象而成。五行中的水與火和八卦中的坎卦之水離卦之火相同；五行中的土和八卦中的艮山及坤地其意類似；五行中的木和八卦中的巽風、震雷亦有關聯；五行中的金和八卦中的乾兌之性可以比附。所以說兩者可以相互包容，從自然分類上是相互一致的。
另外，五行與八卦，均有一定的方位及四季配屬，其順序又均按照五行相生，從而構成文王后天八卦的方位。五行八卦的配屬如下：
水 → 坎卦
木 → 震卦、巽卦
火 → 離卦
土 → 坤卦、艮卦
金 → 乾卦、兌卦
五臟的功能活動不是孤立的，而是互相聯系著的，它們的某些功能之間存在著資生與克制的關系。
1．五臟之間的資生關系：
(1)肝氣疏泄利于心血運行，就是肝資生心（木生火）。
(2)心的陽氣推動血行以養脾，就是心資生脾（火生土）。
(3)脾運化水谷精微以養肺，就是脾資生肺（土生金）。
(4)肺清肅下降，利于腎主水納氣，就是肺資生腎（金生水）。
(5)腎藏精以滋養肝之陰血，就是腎資生肝（水生木）。
2．五臟之間的克制關系：
(1)肝氣條達，可以疏泄脾臟的壅郁，以利于脾主運化功能的發揮（木克土）。
(2)脾主運化，一方面運化精微，使腎精充足，另一方面又運化水液，以制止腎水泛濫以保證腎主水功能的正常進行（土克水）。
(3)腎的精液充足，可以使心陰充足，以抑制心火亢烈（水克火）。
(4)心的陽氣，可以克制肺氣宣降太過，以保證肺主氣功能的正常進行（火克金）。
(5)肺氣肅降，可以抑制肝陽上亢，以利于肝主疏泄功能的發揮（金克木）。
