應與男、女性淋病鑒別的疾病
(1)非特異性尿道炎：常有明顯的發病誘因，如插導尿管、尿道探子、泌尿生殖道或鄰近器官的炎癥等病史。分泌物涂片染色可檢出Gram陽性球菌。
(2)NGU：臨床癥狀與淋病類似，但較輕，潛伏期比淋病長，達1～3周，分泌物量少且呈漿液性，排尿困難極少見，無全身癥狀，取分泌物作檢查時常可發現衣原體或支原體。
(3)軟下疳：損害一般位于外生殖器部位，發生于尿道口、舟狀窩者有膿性分泌物，尿道口紅腫和劇痛，潰瘍處可檢出Ducrey嗜血桿菌。
(4)生殖器皰疹：為HSV引起，損害為集簇性水皰，一般位于外生殖器、肛周，偶見于宮頸，發生于尿道者可有少量分泌物及尿道刺痛或不適，常伴局部燒灼感，疼痛明顯，可反復發作。
(5)固定型藥疹：有服藥或注射用藥史，多由磺胺類、巴比妥類、水楊酸鹽類或四環素類等引起。常于外生殖器皮膚黏膜交界處發生紅斑、水腫、水皰、糜爛及滲出等，伴瘙癢或疼痛，尿道口無紅腫及外翻等。
(6)結核性尿道炎：可有尿道刺痛及少量分泌物，但無性接觸史，查不到淋球菌，可查見結核桿菌，伴有其他部位結核的癥狀。
與男性淋病鑒別的疾病
(1)包皮龜頭炎：常見于包皮過長或包莖者，多由包皮垢刺激及繼發化膿菌感染所致，包皮內葉、龜頭及冠狀溝紅腫，有較多的污垢及膿性分泌物，無泌尿道癥狀及尿道口紅腫、流膿等。
(2)尿混濁：尿液呈乳白色，靜置后有鹽類結晶的沉渣，不伴有自覺癥狀。
與女性淋病鑒別的疾病
(1)念珠菌性陰道炎：外陰及陰道口瘙癢，白帶較多，如水樣或凝乳狀，陰道黏膜紅腫、糜爛，可有白膜附著于陰道壁，取白膜涂片鏡檢可見菌絲及孢子。
(2)滴蟲性陰道炎：自覺陰道內有蟻行樣瘙癢，陰道分泌物常呈粉紅色泡沫狀，陰道黏膜多有出血，宮頸可有草莓狀突起物和點狀出血，陰道分泌物中可檢出滴蟲。
(3)細菌性陰道病：主要為頑固性白帶增多，呈灰白色，非化膿性，并帶有“魚腥樣”氣味，從陰道分泌物中可檢出Gardner桿菌和厭氧菌。
(4)幼女金葡菌性外陰炎：多見于學齡前或學齡期女孩，好發于夏季，外陰、肛周紅腫，有膿皰或膿性分泌物、伴疼痛或瘙癢，分泌物涂片可檢出Gram陽性球菌。
與GPID鑒別的疾病 有急性闌尾炎、感染性流產、盆腔子宮內膜異位癥、異位妊娠、卵巢囊腫蒂扭轉或破裂等。
