唐代盛行以多重寶函用作瘞埋佛骨舍利的成套容器，甘肅涇川大云寺、陜西臨潼慶山寺、江蘇鎮江甘露寺的塔基都出土了以金棺銀槨為主的成套舍利容器。
法門寺出土了四枚佛指舍利，按發現順序，稱為特級一號、二號、三號和四號，其中三號為真身舍利，均用四組成套的金銀玉石寶函供養。 一號八重寶函
最先發現的一號舍利出土于法門寺地宮后室的八重寶函，共8層，為唐懿宗賜贈。
在曼荼羅展廳可以看到復原的出土場景，八重寶函擺放在后室北壁下正中，盒蓋上是菩薩像，兩側各立一名石雕護法天王，另有四個銀瓶分立后室四角，各類皇室供奉器物以佛教密宗的格局圍繞著寶函布放。八重寶函做工精細，造型優美，世所罕見，代表了晚唐皇室金銀器的最高工藝水平，體現了佛教密宗思想和密宗文化藝術，2002年列入首批禁止出國展覽文物目錄。關于八重寶函，地宮入口發現的唐代物帳碑上有非常詳盡的記載：
寶函一幅，八重，并紅錦袋盛。第一重真金小塔子一枚，并底襯共三段，內有銀柱子一枚。第二重珷玞石函一枚，金框寶鈿真珠裝。第三重真金函一枚，金框寶鈿真珠裝。第四重真金钑花函一枚，以上計金四十七兩二分，銀二分半。第五重銀金花钑作函一枚，重四十兩二分。第六重素銀函一枚，重四十九兩三錢。第七重銀金花钑作函一枚，重六十五兩二分。第八重檀香縷金銀棱裝鉸函一枚，銀鎖子及金涂鎖子七具，并鑰匙鉞鏈子等，共計銀一十六兩四錢。
八重寶函最外層為檀香木銀棱盝頂寶函，唐人稱為檀香縷金銀棱裝鉸函，出土時已殘朽，故只存七重。
第七重，鎏金四天王盝頂銀寶函，唐人稱為銀金花钑作函。
函體以平雕刀法刻畫東方持國天王、南方增長天王、西方廣目天王，北方多聞天王。四天王形象栩栩如生，持弓執箭，眾多神將、夜叉侍立，氣勢威嚴。
考古人員當時看到如此精美的寶函，已經認定真身舍利就在其中，差一點就沒發現腳下的秘龕，說明唐人隱真示假的方法還真管用了。第六重，素面盝頂銀寶函，唐人稱為素銀函。
通體光素無紋，素凈，不加絲毫雕刻繪描而渾然生輝，出土時有絳黃色綾帶封系。函蓋與函體在背后以鉸鏈相接，是八個寶函中最特別的一個。第五重，鎏金如來說法盝頂銀寶函，唐人稱為銀金花钑作函。函件正面有如來，四周有兩菩薩，四弟子，二金剛力士，二供奉童子。外壁鑿有如來及觀音畫像，或飾以雙鳳翔，配以蔓草紋，或刻上金剛沙彌合什禮佛的圖景，造型逼真而細膩，場景豐富生動，人物眾多，工藝精湛。
第四重，六臂觀音盝頂純金寶函，唐人稱為真金钑花函。外型和雕飾都與第七重寶函相近，也是如來和觀音像，還有金剛沙彌合什禮佛，但是這個寶函是實打實的純黃金做的，不同于外面三重寶函銀地鎏金，更顯貴重。第三重，金筐寶鈿珍珠裝純金寶函，唐人稱為真金函。
從名字上就可以知道也是純金雕鑄的，函身鑲滿紅寶鈿、綠寶鈿、翡翠、瑪瑙、綠松石等各色寶石，名符其實的金鑲玉。
第二重，金筐寶鈿珍珠裝武夫石寶函，唐人稱為珷玞石函。
以武夫石磨制而成，也是通體以珍珠、寶石嵌飾，雕出花瓣圖案。雖比第二重小，但珍珠更加密集，奢華程度有過之而無不及。第一重，寶珠頂單檐四門純金塔，唐人稱為真金小塔子，即佛指舍利所藏立之所。
塔頂為金質蓮花朵捧托金珠頂，四面檐角翹起，并有四扇小金門，兩兩相對通透，就是一座袖珍的唐代佛塔。塔頂是活動的，把塔頂揭下來，就能看到純金方臺的塔座正中，立著一小銀柱，用以套置佛指舍利影骨。柱底還有一墨書小字“南”，大概就是南無阿彌陀佛吧。1987年5月5日凌晨，考古人員打開了一重又一重的八重寶函，發現了佛骨舍利，后來編號為一號舍利。
當時考古人員欣喜若狂，但很快發現這是一枚羊脂玉舍利，是影骨。不過這也是非常珍貴了，趙樸老用“影骨非一亦非異，了如一月照三江”來總結，四個舍利都是舍利。 二號靈帳銀棺 第二枚舍利，被稱為特級二號，1987年5月9日凌晨發現于地宮中室的漢白玉雙檐靈帳內，不過很快發現是由漢白玉做成的，也是隱真用的影骨。目前，這件漢白玉雙檐靈帳，與三枚影骨，共同保藏在法門寺修復好的地宮中，在曼荼羅展廳中有實景復原。
靈帳由盝頂帳檐須彌座和禪床組成，四周用肉雕或浮雕手法刻鑿出忍冬寶相花檐飾、天蓋帳幕蓮結柱及佛幡、佛鈴、寶珠串飾，須彌座沿滿飾流云、蔓草或破式寶相花。座腰每面刻六個力士面首，禪床四周的壺門內有高浮雕的密宗各色造像，較已知的臨潼慶山寺青石寶帳色澤更鮮麗，高貴華美。
靈帳蓋內有“大唐景龍二年戊申二月已卯朔十五日，沙門法藏等造白石靈帳一鋪，以其舍利入塔，故書記之”的發愿文。據文獻記載，法藏是武則天、唐中宗時期的洛陽僧人，深受武則天和唐中宗及韋皇后的尊寵。長安四年（公元704年），法藏奉命來法門寺迎舍利，四年后他又奉還舍利，造靈帳供養，并將唐中宗和韋后的頭發入塔供養舍利。當時皇帝皇后的頭發應該就是安置于這個靈帳之內。
漢白玉靈帳內，也發現了一套寶函，分別是盝頂鐵函、木盒和鎏金雙鳳紋銀棺。出土時，外面的鐵函已經銹得不成樣子，木盒更是爛沒了，只有絲綢包裹的銀棺仍完好如初。不過很遺憾，這件鎏金雙鳳紋銀棺很難見到，我去了三次法門寺都沒展出，查了一下資料，近年來似乎只在國家博物館展出過一次，只能找些資料圖看看。
三號五重寶函 真身舍利，也就是佛陀的靈骨，第三個被發現，稱為特級三號，1987年5月10日早晨8時，出土于地宮后室地下秘龕中的五重寶函。在曼荼羅展廳可看到地宮后室北壁下的秘龕復原。
三號舍利經檢驗為骨質，性狀特征與志文碑記載完全一致，而且在五重寶函中發現有一件“奉為皇帝敬造釋迦牟尼佛真身寶函”，因此確定這就是隔絕塵世1000多年的佛祖真身舍利。
這套寶函用絲綢包裹，最外面的第五重是鐵函，銹蝕嚴重，2010年時還曾見到，現在已經不展出了，估計損壞更厲害了。真身舍利顯然是被刻意放在這個不起眼的鐵函之中，然后再隱藏到地面下的秘龕里，而且也沒在物帳碑中記錄。經歷過多次法難的佛門弟子采用這種隱密的方式來保藏真身靈骨。
鐵函之內，是也用絲綢包裹的第四重鎏金四十五尊造像銀寶函，上面還放著兩枚碩大的水晶珠，以及二枚雕花白玉指環、二枚雕花金戒指、一串寶珠、數條繡花綢絹。
這兩枚水晶珠，一個如臺球大小，一個如乒乓球大小，應為佛指真身舍利的感應舍利，體現著靈骨、影骨和感應舍利“三位一體”的佛舍利體系。兩枚水晶珠一直沒有展出過，大概被佛門密藏了。寶函正面右側欄界內有“奉為皇帝敬造釋迦牟尼佛真身寶函”鏨文。這是唯一一件有唐代皇帝銘文的的器物，也確定這套寶函里是真正的真身靈骨。寶函外底另有“大唐咸通十二年十月十六日遺法弟子比丘智英敬造真身舍利寶函永為供養”鏨文。可見這個寶函是在公元971年專為唐懿宗盛放真身舍利而造，是名副其實的真身寶函。
銀寶函造型方厚，以銀鑄成，涂以金漆，四壁及頂上雕有四十五尊形相各異的神佛菩薩的造像，美輪美奐，令人目眩，為金剛界大曼荼羅壇場圖。曼荼羅是梵文Mandala的音譯，意譯為壇場。密宗以高度組織化的密咒和儀規為根本修習方法，修法前必須建造曼荼羅，而且要求壇場布置精致，法器都是非金即銀。
地宮文物陳設方式，是目前世界上考古發掘中發現最早的曼荼羅密宗儀規。文獻也記載有多位密宗高僧被封為國師，從地宮布局和文物造型紋鉓，可以看出李唐皇室確實與佛教的密宗關系密切。
銀寶函內是第三重的漆木函，但出土時已經朽爛散開了。
在漆木函里發現了第二重的嵌寶水晶槨子，唐人用純潔的水晶為真身靈骨做槨。不過水晶槨子出土時除有大面積的斑紋和水沁，還可能曾受人為破壞，因此殘損比較嚴重，一般都以復制品展出。水晶槨子里就是第一重的玉棺，里面安放佛祖真身舍利。
真身靈骨出土時，玉棺里浸滿了水，因此靈骨有些發軟，玉棺也有一層泛黃的水沁，展出的這件玉棺太光亮了，也是復制品。曾有一次展覽展出了原物，但非常可惜當我去時，展覽還在但這兩件文物已經先撤了。
不過恰如趙樸老所說“影骨無一亦非異，了如一月映三江”，從復制品身上也能看到唐人對佛寶的虔誠、崇敬和工藝水平巧奪天工吧。法門寺地宮出土的寶函多為唐懿宗咸通年間所造，但秘龕五重寶函中的鐵函、檀香木函和水晶槨具有盛唐風格，曼茶羅壇銀寶函和白玉棺則有晚唐風格。因此，五重寶函可能是拼湊的一套，盛唐時期的三件可能是唐高宗顯慶五年迎佛骨時，唐高宗和武后所賜九重寶函中的三重，其余毀于會昌法難。
法門寺地宮內出土的《大唐咸通啟送岐陽真身文志》碑上有關于真身舍利的記載：“長一寸二分，上齊下折，高下不等，三面俱平，一面稍高，中有隱痕。色白如雨稍青，細密而澤，髓穴方大，上下俱通。”三號舍利為骨質，顏色、形狀和裂縫特征都與《志文碑》所記吻合，又存于有皇帝敬奉真身鏨文的寶函，因此被確認佛陀的真身靈骨。佛指舍利實測長40.3毫米，寬17.55至20.11毫米。
按一般說法，佛指舍利為佛陀涅槃火化后留下的左手中指第二截骨舍利。依身體比例換算，佛陀的身材應遠高于常人。
四號浮圖銀棺 第四枚舍利，于1987年5月12日，在位地宮前室的彩繪浮雕漢白玉阿育王塔內發現，稱為特級四號。
阿育王塔里套放銅浮屠和鎏金伽陵頻迦鳥紋銀棺，銀棺內為佛指舍利影骨。
彩繪浮雕漢白玉阿育王塔，用整塊漢白玉雕成，由塔剎、塔蓋、塔身、塔座四部分組成。塔剎銅鑄，為葫蘆狀。塔蓋為九層棱臺，由上而下逐漸變大，宛如一個小的金字塔。塔身四面通體彩繪，每面中心各雕一門，門兩側各雕一尊菩薩像。門上竟然連門鎖都做出來了，太精致了，不過更精致的還在后面。阿育王塔的基座是典型的須彌座，這在現在的故宮和佛寺中的大殿經常能看到。仔細看，每一面須彌座的束腰處雕有三個金剛力士獸面，而且每面的表情都不一樣，大概象征了人間的喜怒哀平。銅浮屠由模鑄成形，平面呈方形，分為塔基、塔身和塔剎三部分。
浮屠亦稱浮圖，最早是佛陀的另一種譯稱，后來泛指存放佛陀及僧尼遺體的佛教建筑，自唐代后改稱為塔。中國古代建筑以土木為主，因此難以挺過戰爭和災害，現存唐代木構建筑只有山西的三座佛殿，塔式建筑則只能在敦煌壁畫中尋找了。
好在出土的銅浮屠呈現了唐代塔剎建筑的風貌，從這點來說，銅浮屠在中國宗教史和建筑史上都具有重要的地位，因此2002年被列入首批禁止出境文物名錄。據記載，唐代法門寺的舍利塔是平面正方形的四層木塔，每層都有木質明柱為支撐的回廊。銅浮屠可以說就是唐代塔的最真實模型，把四個銅浮屠疊起來，大致就是唐代舍利塔的樣子。
1988年修建法門寺博物館時，即按照銅浮屠式樣，建造了博物館的主體建筑珍寶閣。銅浮屠內盛放鎏金伽陵頻迦鳥紋銀棺一枚，棺蓋為半弧形，前寬后窄，前檐探出較多。棺體前高寬，后矮窄。前檔板上刻著兩位坐佛弟子，兩側壁各鏨出兩只迦陵頻伽神鳥。棺體下有兩層臺座，上層臺座四周鏨出一圈仰蓮瓣，下層四周鏤空成壺門。
阿育王塔、銅浮屠和銀棺因無文字記載，均不知制作年代，但都具盛唐氣象，且阿育王塔身有多處砸損痕跡，可能為唐高宗、中宗時建造，在會昌滅法時受損，后重新彩繪妝修。銅浮圖和銀棺中的四號舍利為骨質，但與志文碑上記載并不吻合，而且此前已經發現了由更高規格秘藏的真身舍利，為又一枚影骨。
推測這枚影骨可能是法門寺僧眾為應對會昌法難而造的影骨，晚唐佛法重昌后，繼續為保護真身隨入地宮。 金石寶函 法門寺出土了10件寶函，除瘞埋四枚佛骨舍利的四組套函中的7件寶函外，還有3件以前迎送舍利所用的石函、金函和銀函。
地宮前室北部安奉第四枚佛指舍利的彩繪阿育王塔左側，放置有開元廿九年盝頂石函一件，為漢白玉質，由盝頂蓋與函體組成，函內有開元通寶銅錢153枚及佛幡一幅。
函蓋上銘刻“開元廿九年歲在辛巳二月癸丑朔三日乙卯建立”，這是法門寺眾多佛舍利容器中唯一的開元年間石函。史料未記載唐玄宗時期曾迎佛骨，但此函說明唐玄宗在開元年間也遵照“三十年一開”的傳統，供奉過法門寺佛指骨，因此具有較高的史料價值。
法門寺地宮還出土智慧輪壺門座盝頂銀函和智慧輪造盝頂純金寶函，銀函未展出，金函復制品。
金函正面鏨刻“敬造金函，盛佛真身。上資皇帝，圣祚無疆，國安人泰，雨順風調，法界有情，同霑利樂。咸通十二年閏八月十日，傳大教三藏僧智慧輪記。”
由此可知，這件寶函是晚唐時期密宗高僧智慧輪，為唐僖宗迎送法門寺舍利供養的金寶函。
佛寶光明 1988年11月9日，法門寺博物館正式對外開放，法門寺舉行盛大法會，四枚舍利共同展出，供僧眾和信徒們瞻禮。第三號舍利，也就是真身舍利突然大放光明，靈光在真身舍利上空繞涌，持續數秒，被相機抓拍下來。
1990年3月19日，香港寶蓮寺圣一法師到法門寺瞻禮舍利，在佛龕前與法門寺方丈澄觀法師、監院靜一法師同做祈禱法事，忽然舍利之上又有兩道金光閃現，攝影師立即搶拍下來。更神奇還是沖洗出照片后，照片上金光將三位法師與其他人隔開，三位法師的頭、身體、袈裟皆成透明，顯出身后地面的磚紋。當時相機只用膠卷，還留有底片，因此這兩次靈跡確真無疑，只是對靈跡有不同認識。佛教界認為歷來就有高僧舍利放光的瑞相，而且兩位法師修行已入佛門境界，身體顯琉璃體，故為透明。也有看法，認為升起的瑞光是當時拍攝的照相機閃光燈反光后在大氣中衍射的結果。法師身體透明是地板在相機里的曝光時間比法師出現的時候長，在底片里疊加出現了地板。
不管究竟如何，大家共同祝愿佛指舍利再次降世，給世界帶來和平、安定和繁榮。
世事應如六祖所謁：
菩提本無樹，明鏡亦非臺。
本來無一物，何處惹塵埃!
