根據企業會計準則的規定，如果企業存在子公司，除非企業本身是投資性主體，否則均需要編制合并財務報表。即，在現行企業會計準則下，整套通用目的的財務報表（法定報表）應當包括母公司個別財務報表和合并財務報表。實務中，被審計單位出于各種目的，僅要求注冊會計師對其母公司個別財務報表出具審計報告，而不要求對其合并財務報表出具審計報告，盡管其擁有子公司。這種情況下，注冊會計師可能面臨三種選擇：1. 由于被審計單位未遵循企業會計準則編制合并財務報表，出具非無保留意見審計報告；2. 將僅包含母公司個別財務報表的財務報告視為特殊目的編制基礎編制的財務報告，按照《中國注冊會計師審計準則第1601號——對按照特殊目的編制基礎編制的財務報表審計的特殊考慮》出具審計報告；3. 將母公司個別財務報表視為整套通用目的財務報表的一部分，按照《中國注冊會計師審計準則第1603號——對單一財務報表和財務報表特定要素審計的特殊考慮》出具審計報告。
下面就上述三種選擇逐一進行分析。
一、因未編制合并財務報表出具非無保留意見的審計報告
這種處理方法的邏輯在于：因為被審計單位聲明遵循了企業會計準則，企業會計準則要求擁有子公司的被審計單位編制合并財務報表，而被審計單位僅編制了母公司個別財務報表，因此不符合企業會計準則的規定，應當出具非無保留意見的審計報告。但這種處理方法可能并不為被審計單位所接受，所以筆者不建議在實務中采用。
二、將母公司個別報表視為按特殊目的編制基礎編制
根據《中國注冊會計師審計準則第1101號——注冊會計師的總體目標和審計工作的基本要求》規定，財務報告編制基礎分為通用目的編制基礎和特殊目的編制基礎。通用目的編制基礎，是指旨在滿足廣大財務報表使用者共同的財務信息需求的財務報告編制基礎，主要是指會計準則和會計制度。特殊目的編制基礎，是指旨在滿足財務報表特定使用者對財務信息需求的財務報告編制基礎，包括計稅核算基礎、監管機構的報告要求和合同的約定等。
如果被審計單位雖然擁有子公司，但并未編制合并財務報表，可以視為其在企業會計準則的基礎上，對企業會計準則這一通用目的編制基礎進行了修改，刪減了關于編制合并財務報表的強制要求，從而形成了特殊目的編制基礎，用于滿足財務報表特定使用者（比如銀行、上一級母公司）對財務信息的要求。
如果采用這種處理，注冊會計師應注意四點：1. 提請被審計單位在財務報表附注中清晰披露其這一特殊目的編制基礎，不能聲明遵循了企業會計準則；2. 通常理解，在企業會計準則基礎上進行修正的特殊目的編制基礎不屬于公允性編制基礎，因此注冊會計師在審計意見中不應當采用“公允反映”的表述；3.在審計報告中應當增加強調事項段，提醒審計報告使用者關注財務報表按照特殊目的編制基礎編制；4.由于采用特殊目的編制基礎編制的財務報表是為了滿足特定使用者的需求，因此，注冊會計師還應對審計報告的分發和使用進行限制，以降低審計報告被不當使用而產生的風險。
三、將母公司個別財務報表視為整套通用目的財務報表的一部分
在這種處理方法下，被審計單位仍被視為遵循企業會計準則，即采用通用目的編制基礎編制報表。如上所述，在企業會計準則下，整套通用目的財務報表（法定財務報表）應當包括母公司個別財務報表和合并財務報表。母公司個別財務報表是上述整套報表中的一部分，因此注冊會計師對母公司個別財務報表出具審計報告可以適用《中國注冊會計師審計準則第1603號——對單一財務報表和財務報表特定要素審計的特殊考慮》（以下簡稱1603號審計準則）。
需要注意的是，盡管在這種處理方法下，母公司個別財務報表仍被視為按照通用目的編制基礎編制，但由于僅是整套財務報表中的一部分，多數情況下僅是為了滿足特定使用者的需求，因此，建議在審計報告中增加關于報告分發和使用的限制段落，以降低審計報告被不當使用而產生的風險。
