甲房地產企業開發某高檔住宅小區項目，分三期施工開發。一、二期是高檔住宅；第三期是公共配套設施幼兒園和社區文化活動中心，預計建設周期為2年，預算造價8500萬元。
目前該項目一、二期已銷售90%，符合土地增值稅清算條件。企業按要求對一、二期項目土地增值稅自行清算，并形成自查報告上報主管稅務機關。稅務機關審核后發現，三期幼兒園和社區文化活動中心工程目前還未開工建設，但企業清算一、二期的土地增值稅時，按一、二期的建筑面積分攤扣除了幼兒園和社區文化活動中心的預算成本8500萬元，一期扣除5500萬元，二期扣除3000萬元。稅局對一、二期住宅土地增值稅清算時分別扣除的5500萬元和3000萬元不予認同，企業粗略一算，若不允許扣除，會多交土地增值稅3000多萬元。對此，企業感到既委屈又無奈。
企業冤嗎？讓我們看看在土地增值稅清算時，“公共配套設施”的扣除是如何規定的。
《土地增值稅暫行條例》第六條規定，計算土地增值稅的扣除項目包括“新建房及配套設施的成本、費用”。《土地增值稅暫行條例實施細則》第七條第（二）款規定，開發土地和新建房及配套設施(以下簡稱房地產開發)的成本，是指納稅人房地產開發項目實際發生的成本(以下簡稱房地產開發成本)，包括土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發間接費用。
《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）第四條“土地增值稅的扣除項目”第（一）款規定，房地產開發企業辦理土地增值稅清算時計算與清算項目有關的扣除項目金額，應根據土地增值稅暫行條例第六條及其實施細則第七條的規定執行。除另有規定外，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、費用及與轉讓房地產有關稅金，須提供合法有效憑證；不能提供合法有效憑證的，不予扣除。
第四條“土地增值稅的扣除項目”第（三）款規定，房地產開發企業開發建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場（庫）、物業管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、托兒所、醫院、郵電通訊等公共設施，按以下原則處理：1、建成后產權屬于全體業主所有的，其成本、費用可以扣除；2、建成后無償移交給政府、公用事業單位用于非營利性社會公共事業的，其成本、費用可以扣除；3、建成后有償轉讓的，應計算收入，并準予扣除成本、費用。
第四條“土地增值稅的扣除項目”第（四）款規定，房地產開發企業的預提費用，除另有規定外（但目前沒有給予規定），不得扣除。
根據以上規定，甲房地產企業建造的幼兒園和社區文化活動中心作為一、二期高檔住宅小區項目的公共配套設施，要想在土地增值稅計算中扣除，必須是實際發生的公共配套設施成本，即滿足建成后產權屬于全體業主所有的公共配套設施所發生的成本、費用。注意，這里強調“建成后產權”，換句話說，如果沒有建成，也就無所謂產權，也談不上成本、費用的扣除問題。此外，實際發生的公共配套設施扣除還要取得合法有效憑證，無法提供合法有效憑證的，不能扣除。最后，預提的成本費用不得扣除，這本是“成本實際發生且取得發票”的應有之意，不過為了和房地產企業所得稅的規定相區別，做了進一步強調。《國家稅務總局關于印發<房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法>的通知》國稅發[2009]31號第三十二條規定，公共配套設施尚未建造或尚未完工的，可按預算造價合理預提建造費用。此類公共配套設施必須符合已在售房合同、協議或廣告、模型中明確承諾建造且不可撤銷，或按照法律法規規定必須配套建造的條件。可見，所得稅上公共配套設施滿足一定條件可以預提計入成本。這與以上公共配套設施的土地增值稅規定是不同的。如果在所得稅上公共配套設施有預提成本，需要在計算土地增值稅時予以調整排除。
在確定了公共配套設施可以在計算土地增值稅扣除后，才需要考慮在不同清算項目的分攤問題。
國稅發[2006]187號第四條“土地增值稅的扣除項目”第（五）款規定，屬于多個房地產項目共同的成本費用，應按清算項目可售建筑面積占多個項目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。《國家稅務總局關于印發<土地增值稅清算管理規程>的通知》（國稅發[2009]91號）第二十四條的規定，審核公共配套設施費時應當重點關注：“……多個（或分期）項目共同發生的公共配套設施費，是否按項目合理分攤。”由此可見，如果發生的公共配套設施費是多個（或分期）項目共同發生的，要按可售建筑面積占比法或其他合理方法進行分攤，分攤后據以扣除。
就甲公司來說，三期幼兒園和社區文化活動中心工程雖說是一、二期高檔住宅小區項目的公共配套設施，但目前還沒有開工建設，成本費用沒有實際發生且不可能取得合法有效憑證，企業一廂情愿的在項目間分攤，必然面臨稅局的調整，依據以上分析，稅局要求企業補繳3000多萬元的土增稅是有稅法依據的。
甲公司的“命運”是悲催的，但悲催的“命運”后有其原因。
如果甲房地產公司在房地產開發的全過程中，都有稅務專家給予指導，就可避免這3000多萬元的稅款，但我們的企業家在請稅務專家顧問時往往異常“吝嗇”，而在補繳稅款時又不得不表現出極其“大方”。
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