東漢末年，曹操、劉備、孫權三大軍事集團漸成鼎足之勢。220年，曹操之子曹丕取代東漢稱帝，定都洛陽，國號魏。劉備、孫權也相繼稱帝。劉備仍用漢的國號，定都成都，史稱蜀漢，簡稱蜀。孫權定國號吳，定都建業。魏國國力較強，在三國鼎立局面中略占上風。蜀、吳兩國則加強了對南方少數民族地區的控制。263年，曹魏權臣司馬昭發兵滅蜀。266年，司馬昭之子司馬炎代魏稱帝，國號晉，史稱西晉。司馬炎即晉武帝。280年，西晉滅吳，完成統一。
自東漢以來，西、北邊陲的一些少數民族不斷向內陸遷徙。到西晉，內遷的民族主要有匈奴、羯、氐、羌，還有活動在長城邊緣的鮮卑。他們受到官府和漢族地主豪強的剝削壓迫。晉武帝死后，繼承者惠帝天生弱智，一批宗王展開對中央權力的爭奪，由宮廷政變演化為內戰。內遷少數民族卷入其中，并且逐漸主導了局勢。316年，西晉被內遷匈奴貴族所滅。自此，中國歷史又進入一個比較長的分裂時期，起初是東晉十六國的割據，后來演變為南北朝的對峙。
317年，西晉宗室司馬睿在建康重建晉朝，史稱東晉。自三國、西晉以來，一些聲名顯赫的士大夫家族世代把持官位，享受政治、經濟等方面特權，形成一個特殊的社會階層，稱為“士族”。逃到南方的幾家北方高門士族先后執掌朝政，成為東晉政權的主要支柱。他們爭權奪利，勢力逐漸衰弱。420年，出身低級士族的武將劉裕篡奪皇位，國號宋。此后170年間，南方先后經歷了宋、齊、梁、陳4個王朝，合稱“南朝”②。4個王朝均定都建康，加上先前在此定都的吳和東晉，又統稱為“六朝”。
從西晉末年起，北方人民為躲避戰亂和民族壓迫大批流亡南下，帶來了先進的生產技術，也充實了勞動力資源。東晉南朝時期，南方土地大量開墾，農作物品種增加，產量提高。手工業方面，紡織、礦冶、陶瓷、造船、造紙等行業都有明顯進步。商業以長江沿岸最為活躍，番禺⑥則是主要的外貿港口。在江南開發的過程中，許多山區的少數民族也逐步與漢族相交融。
東晉北邊的疆域，大致到淮河為止。東晉、南朝之交，一度將勢力范圍擴展到黃河南岸附近，但隨后在軍事上漸處下風，又退回到淮河一線。到陳朝，只能保有長江以南，上游又丟掉了四川和荊襄，在南北對峙中處于明顯劣勢，覆亡大局已定。
東晉統治南方的時候，北方先后出現了一批割據政權。最主要的有15個，加上西南地區的成漢，合稱“十六國”。其中大部分由內遷少數民族建立。它們都采用了中原模式的國號、年號，學習漢族的典章制度。在長期混戰中，原有族群布局被打亂，各族彼此頻繁接觸，差異慢慢縮小，但民族隔閡仍然廣泛存在。4世紀下半葉，氐族建立的前秦統一北方，隨后大舉進攻東晉，前鋒被擊敗于淝水⑨。由于內部各族尚未交融，統治基礎脆弱，強大的前秦政權一敗之后迅速崩潰，曾經稍顯緩和的民族矛盾又加劇了。
4世紀末，鮮卑拓跋部建立的北魏強大起來，于439年統一北方。5世紀后期，北魏孝文帝拓跋宏在位，大力推動民族交融。他將都城從平城①遷到洛陽，遷到洛陽的鮮卑貴族一律將籍貫改為洛陽，死后不得歸葬平城；以漢族服飾取代鮮卑服飾，朝中禁鮮卑語，改說漢語；改鮮卑姓為漢姓，其中皇族拓跋氏改姓元；仿照魏晉以來漢族社會的士族階層，將新改姓的部分鮮卑貴族定為一等高門，并鼓勵他們與漢族高門士族通婚。這些改革措施順應了北方民族交往、交融的歷史趨勢，大大緩解了民族矛盾，促進了北魏的經濟發展和社會繁榮，為以后北方統一南方以及隋唐盛世的出現打下了基礎。
6世紀前期，北魏發生動亂，兩名皇族被軍閥擁戴，分裂為東魏和西魏，稍后又分別被北齊、北周取代。上述5個王朝合稱北朝。北齊、北周東西對峙，北周內政修明，逐漸占據優勢，滅掉北齊。不久，隋朝取代北周，統一全國，終于結束了長達數百年的分裂割據局面。
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