地處塔吉克斯坦、吉爾吉斯斯坦和三國交界地帶的費爾干納盆地人口稠密，其面積只占中亞面積的5%以下但當地卻居住著約1300萬的人口，該地區人口總量約占中亞總人口的五分之一。盆地核心地帶包括隸屬于烏茲別克斯坦的納曼干州、安集延州和費爾干納州；隸屬于塔吉克斯坦的粟特州以及隸屬于吉爾吉斯斯坦的賈拉拉巴德州、奧什州和巴特肯州。
15世紀初帖木兒以費爾干納盆地的撒馬爾罕為首都建立了領土從德里到大馬士革、從咸海到波斯灣的大帝國。在昔班尼王朝統治初期，撒馬爾罕是汗國統治的中心，后來在阿卜都剌汗時期，首都遷到了布哈拉，從那個時期開始汗國通常被稱作“布哈拉汗國”。1710年，烏茲別克人沙魯赫建立以費爾干納盆地的浩罕為首都的國家，稱為浩罕汗國。浩罕汗國位于費爾干納盆地中心和西部，地理位置重要，物產豐富。1876年沙俄吞并了浩罕汗國，改名為費爾干納省，直屬于突厥斯坦總督府。18世紀中期費爾干納盆地在浩罕汗國統治期間，給中亞帶來連年戰亂的準噶爾部被清政府平定，新疆重歸統一的同時清政府也消除除了準噶爾部對中亞地區造成的長期威脅，1758年浩罕可汗額爾德尼比也承認了中國的宗主權。之后浩罕汗國得到了很大發展和擴張，額爾德尼比將分散的安集延、納曼干等地聯合起來，成為費爾干納地區統一的統治者。浩罕汗國也因此成為布哈拉汗國和希瓦汗國之后的中亞第三大汗國。
因為費爾干納地區地處邊遠地區為盆地地形，四面環山較少受到布哈拉汗國內亂的影響，當時很多人遷居此地。得益于當時發達的農業、作為東西方交通樞紐區位優勢所帶來的經濟效益以及相對穩定的環境，來自四面八方的人匯聚在面積不大的費爾干納盆地，多民族的匯聚帶來多種文明的交匯和碰撞，因此摩擦也是不可避免的，除烏茲別克族、吉爾吉斯族、塔吉克族之外，俄羅斯族、哈薩克族、烏克蘭族、韃靼族、阿塞拜疆族、土耳其族、朝鮮族、亞美尼亞族、德意志族、東干族、維吾爾族等百余個民族散見于費爾干納盆地。
19世紀下半葉面對沙俄的入侵，當時中亞的布哈拉、希瓦均投降沙俄成為其附屬國,由于浩罕民眾抵抗最為頑強，沙俄則采取軍事手段將該國從歷史版圖中抹去，在原屬浩罕的土地上成立了費爾干納省。十月革命后,在蘇聯對中亞民族進行劃界的過程中，原本統一的費爾干納盆地為塔吉烏所分割。蘇聯解體后，費爾干納盆地被獲得主權國家地位的塔吉克斯坦、吉爾吉斯斯坦和烏茲別克斯坦三國的國界線分隔開來，形成復雜的隸屬關系，費爾干納盆地有多塊飛地，如吉爾吉斯斯坦的奧什州就有屬于烏茲別克斯坦和塔吉克斯坦的飛地，塔吉烏三國在費爾干納盆地的很多邊界都相互交叉犬牙。盆地內許多村莊成為跨界村，民族跨界而居，族際矛盾時有發生。
同時受到新航路的開辟、海上國際交通的發展、國際貿易路線和世界經濟中心的轉移等其他因素影響，陸上絲綢之路的交通地位日趨衰落，費爾干納盆地作為歐亞大陸東西方交通樞紐的作用漸漸減弱，從1850年開始處于歐亞大陸中部四周環山且交通不便的費爾干納盆地逐漸淪為國際貿易的邊緣區。
相對封閉的地理位置為伊斯蘭極端主義提供了適宜的發展空間。費爾干納盆地地理環境四面環山本身較為封閉，也正是因為如此，致使其長久以來選擇一種自給自足的經濟形式，重視農業以及畜牧業的發展。與外界聯系的減少和著重發展農業經濟結構單一使得當地經濟發展較為落后，勞動力需求也較少，但這無疑與當地人口稠密且年輕勞動力較多的現實相矛盾。失業率高、生活水平低下以及對政府缺失信心很容易讓當地人被極端分子所利用。生活在費爾干納盆地的人們因為缺少與外界交流缺少客觀全面的認知很容易受伊斯蘭極端主義者鼓動對伊斯蘭教的信仰出現偏執和政治化傾向，從而為伊斯蘭極端主義在這一地區的生存和發展提供了沃土。蘇聯解體前一些伊斯蘭激進主義者利用費爾干納盆地相對孤立的地理位置，將費爾干納盆地作為其進入中亞的大本營。極端主義分子依托費爾干納盆地復雜的地理條件，游刃有余地穿梭在飛地之間，活躍在疏于防衛的山高溝深山谷地區，不斷地在塔吉克斯坦、吉爾吉斯斯坦和烏茲別克斯坦三國政府疏于管理的地區制造動蕩。費爾干納盆地成為恐怖組織得天獨厚的庇護所和根據地，恐怖組織在該地大量招募、發展組織成員，從事恐怖主義活動。
費爾干納盆地民族眾多且宗教成分復雜，蘇聯解體后，費爾干納盆地一些地區成為塔吉烏三國權力真空地帶，加之當地經濟發展緩慢失業率居高不下，民族矛盾尖銳，恐怖主義組織流竄于此地，民族、邊界沖突和恐怖主義活動加劇了地區的緊張形勢，費爾干納盆地逐漸成為中亞地區的小“巴爾干”，安全形勢不容樂觀。1989年蘇聯解體前期，烏茲別克族和梅斯赫特土耳其青年人之間的群毆事件引發了一場大規模的民族沖突，根據官方數據，這次沖突導致了103人死亡，1000多人受傷，超過700座房屋被毀，經過蘇軍的介入事件才得以中止；1990年的“奧什事件”也造成了超過300人死亡，1000多人受傷的局面；在1992年開始的塔吉克斯坦內戰中有7萬多人死亡，100多萬人成為難民；1999年塔吉克斯坦的武裝游擊隊進入吉爾吉斯坦的巴特肯州，并控制多名在吉的外國人作為人質，以此要求吉政府放行，允許其取道吉爾吉斯斯坦到烏茲別克斯坦，在獲取贖金后釋放了人質。2000年，恐怖分子進入巴特肯地區引發騷亂，吉烏兩國政府軍隊介入，與恐怖分子進行持續數月之久的對抗之后局勢得以穩定，從1999年8月22日至10月25日，共有27名吉爾吉斯斯坦公民死亡，2000年大約33名吉爾吉斯斯坦士兵遇難。2005對于費爾干納盆地而言是劇烈動蕩的一年，2005年3月吉爾吉斯斯坦爆發了革命，由于吉國內一直以來的南北矛盾，阿卡耶夫政權被推翻；同年5月烏屬費爾干納盆地爆發“安集延事件”，在此次事件中數百人死亡。
中亞重大事件大多發生于費爾干納盆地，費爾干納盆地集中反映了中亞的安全形勢的變化。目前費爾干納盆地問題集中表現為經濟發展滯后、恐怖主義活躍、民族關系緊張，該地區的動蕩嚴重影響了中亞及包括中國在內的周邊地區的穩定和發展，同時也影響了“絲綢之路經濟帶”在中亞地區的順利推進。
