一、以肺脾腎為中心的三焦氣化系統
三焦氣化是指水谷精氣津液的生化、布敷、調節以及廢料的排泄等整個代謝功能而言的。所謂“上焦如霧，中焦如漚，下焦如瀆”，簡單明了而又形象化地描述了三焦氣化的全過程。這一功能關系到全身臟腑組織，其中尤以肺脾腎為主體。上焦氣化，主司津液精微的布敷，主要在肺；中焦氣化，主司營衛精血津液的生化，主要在脾；下焦氣化主要在腎，除了開竅于二陰，司決瀆排糟粕之外，腎又為三焦氣化的本源。肺脾腎三焦氣化正常，則水精四布，彌漫全身，若霧露之溉，為津為液，為氣為血，為汗為尿。從津液的角度講，全身所有體液包括血液在內，都是相互滲透溝通的。所以，《內經》提出精、氣、津、液、血、脈為一氣，均屬于三焦氣化的內容。后世之說：“汗血同源”、“大汗亡陽”、“多汗傷津”、“多尿傷陰”以及“利小便以實大便”等，皆本于此。
三焦氣化失常，津液停滯，則為濕濁，為痰飲，為水腫。主要是由于肺氣失于宣降，脾氣運化失職和腎的陽氣不足不能溫化蒸騰所致。這就是《難經》所云，三焦“氣之所終始也”，“主持諸氣”在病理上的休現。 其中氣之根在腎。故《內經》云: “ 其本在腎, 其末在肺, 皆積水也” 。 張景岳結合他豐富的臨床經驗, 在內經的基礎上又加了一句“其制在脾” 。 這樣, 以肺脾腎為中心的三焦氣化系統理論便更為完整了。
二、以心肝腎為中心的三焦相火系統
三焦屬少陽相火?；鹗侨松碇枤?，它體現了生命的能源，根于命門，及于全身。如劉完素云：“右腎屬火，游行三焦，興衰之道由于此，故七節之傍，中有小心，是言命門相火也?！睆垵嵐耪f：“三焦為相火之用，分布命門元氣，主升降出入?！眲?、張兩位醫家把三焦在相火方面的功用提到分布元氣、主一身升降出入、關系到人體興衰的高度，于此可見其重要性。此外，宋代錢乙還提出“肝有相火”之說；劉完素還提出“命門相火也”，及引《仙經》語云“心為君火，腎為相火”作補充。于此可見，心為君火在上焦，肝有相火在中焦，腎與命門為相火在下焦，三焦相火系統已初具輪廓。
此后朱丹溪又作了補充。他說“膽者肝之腑，膀胱者腎之腑，心包者腎之配，三焦以焦言”。其中心包為心之外圍，為君之相，又與三焦相為表里，故亦主相火，與心同主上焦；膽與肝相為表里，且與三焦同屬少陽，故亦主相火，與肝同主中焦。膀胱與腎相為表里，足太陽膀胱經“其脈連風府，為諸陽主氣”，并與三焦俱應腠理毫毛，與三焦相火關系密切，故與腎同主下焦。丹溪為三焦相火系統，充實了內容。
張景岳在君火相火關系方面作了承要補充。認為君火為神用，相火為根本，“故君火之變化于無窮，總賴此相火之栽根于有地，雖分之則一而二，而總之則二而一也”。又說:“命門有火候，即元陽之謂也，即生物之火也·····一陽之元氣必自下而上，而三焦之普濩乃各見其候”，強調了相火的重要性，指出了君火是由相火派生的，并突出了三焦之普濩，主要是相火的作用。至此，以心肝腎為中心的三焦相火系統已基木形成了。
三焦相火系統的主體心、肝、腎三臟在生理病理上有特殊的聯系。如李東垣說:“既脾胃氣衰，元氣不足而心火獨盛。心火者，陰火也，起于下焦，其系系于心，心不主令，相火代之。相火，下焦包絡之火，元氣之賊也?！崩钍系摹瓣幓稹笔遣±硇缘模陌l生牽涉到上、中、下三焦。上焦因心火亢盛；中焦因脾胃氣虛而肝火侮脾；下焦則為腎間陰火上沖。說明，君火相火可以相互影響，心火亢盛可以引動相火。這一點已由朱丹溪通過臨床實踐得以證實。他說:“主閉藏者腎也，司疏泄者肝也，二臟皆有相火，而其系上屬于心”；“心君火也，為物所感則易動，心動則相火亦動，動則精自走”。邪欲之念，引動心火，君火動則相火亦動，遂見遺精之癥。為此，朱氏諄諄以清心戒欲告誡世人。
