商標注冊申請的部分駁回是2002年9月15日起生效實施的《商標法實施條例》第21條第1款規定的，它取代了原《商標法實施細則》第16條第2款關于在實質審查程序中實施商標審查意見書制度的規定。
在實質審查程序中發給申請人《商標審查意見書》，只是商標局認為該商標注冊申請的內容可以修正而給申請人提供的修正意見，申請人如按要求如期修正，商標局則對該商標予以初步審定并予以公告；申請人未作修正、超過期限修正或者修正后仍不符合《商標法》有關規定的，則駁回申請，發給申請人《商標駁回通知書》。這就是說，商標局發給申請人《商標審查意見書》，只是實質審查的中間程序，而不是最終結果。
現行的部分駁回程序，則是商標局實質審查的最終結果之一，申請人如不服商標局的部分駁回決定，可以在自收到通知之日起15日內向商標評審委員會申請復審，由商標評審委員會做出復審決定。
依據部分駁回程序做出的審查結論，體現在商標局發給申請人的《商標部分駁回通知書》中，既包括應予駁回不予公告的內容，又包括可以初步審定予以公告的內容。對準予初步審定的內容何時公告，現行做法是：如果申請人在規定期限內沒有就商標局的部分駁回決定向商標評審委員會申請復審，商標局則將準予初步審定的內容及時公告；如果申請人不服商標局的部分駁回決定并在規定期限內向商標評審委員會申請復審，或者對商標評審委員會的評審決定還不服而向人民法院提起訴訟，則商標局對該商標注冊申請中可以初步審定的部分內容也暫不予以公告，而是等商標評審委員會的評審決定或人民法院的判決生效后再決定公告初步審定的內容。該內容可能僅僅是商標局部分駁回時保留下來的商品（或服務），也可能涉及商標評審委員會生效的決定或人民法院的判決予以初步審定的商品（或服務）。
為了使商標注冊申請人在既想讓商標局對準予初步審定的內容盡快公告，又想對商標局的部分駁回決定不服向商標評審委員會申請復審之間不太為難，筆者建議以后修改《商標法》或《商標法實施條例》時，在商標注冊申請程序中增加關于允許申請人對所提申請進行適當分割或分解的規定，即在一定條件下，當申請商標的指定商品（或服務）在兩個以上時，允許申請人將該商標注冊申請分解成兩個或兩個以上新的申請。目前不少國家的商標法中都有此項規定。筆者以為，有了商標注冊申請的分解程序，前述部分駁回程序中申請人面臨的非此即彼的兩難選擇將不會出現。
原先的《商標審查意見書》要求申請人按商標局的要求修正并及時回復商標局，現行的《商標部分駁回通知書》則無此要求。“不必回復”正是“部分駁回”優于“審查意見書”的重要標志，它不僅簡化了商標的實質審查程序，保證了審查程序的公正，而且大大減少了因審查意見書往返延時、申請人自作主張的修改、審查員的失誤等原因導致的諸多問題的發生，從審查程序上確保了商標實質審查質量和效率的提高，并為申請人合理地獲得商標權利奠定了基礎。
在商標注冊申請的實質審查中實施部分駁回至今已一年有余，但仍有不少申請人甚至代理人對此缺乏了解，以至于收到《商標部分駁回通知書》后無所適從，有的向商標局回函表示同意商標局的部分駁回決定，請商標局對初步審定的部分盡快予以公告，有的回函表示不同意商標局的部分駁回決定，還把《商標部分駁回通知書》寄回商標局，要求重新審查。其實，這樣做除了增加申請人自己的費用開支外毫無意義。
也許有人會問：申請人如果不回復商標局表示同意與否，商標局怎會及時知道申請人會否申請復審？這個問題在2001年底之前是存在的，但自我國商標注冊與管理自動化系統二期工程正式運行之后，這個問題已不復存在。所以，明確地說，申請人收到《商標部分駁回通知書》后，如果同意商標局的部分駁回決定，則不必回復表示同意，商標局的商標注冊與管理自動化系統會在設定的商標復審期限屆滿之后自動對準予初步審定的部分編排公告；申請人如果不服商標局的部分駁回決定，則應在收到通知之日起十五日內直接向商標評審委員會申請復審，不應將有關函件寄交商標局。
另外，有些申請人在《商標注冊申請書》的商標設計說明中聲明：“申請商標由中文及圖形組成，如任何一部分有在先權利，申請人同意部分駁回。”此舉說明申請人對現行的部分駁回程序存在錯誤認識。從《商標法實施條例》第21條的規定可以看出，部分駁回是針對指定使用的商品（或服務）而言的，對于申請商標本身并不存在部分駁回之說。如果申請商標屬于組合商標，那么，即使該商標中僅有某一部分與其他人的在先權沖突，只要雙方商標從整體上判斷屬于近似商標，而且不存在駁回部分商品（或服務）的可能，則該商標注冊申請只能被整體駁回。
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