方證相應，源于仲景。《傷寒論》以方名證，如“桂枝證”、“柴胡證”、“柴胡湯證”、“柴胡湯病證”等提法凡十一處，是為“方證”一詞之起源。今所存大論三百九十七法，皆病下系證，或證中含因，因中示機，或證因并列，因機互陳；其證下列方，方隨證出，藥隨方列者，凡二百六十一條。論中第三百一十七條通脈四逆湯方后注“病皆與方相應者，乃服之”[1]之語，可謂“方證相應”之肇源。然其書出不久，即因戰亂散佚，后經晉·王叔和撰次整理之《傷寒論》條文，證論載于書前而方藥列于篇末，甚不利于檢閱學習也。
及至唐代，孫思邈搜集仲景舊論，精研數十載，始發現此弊，于是遵仲景原意，將《傷寒論》重新整理編撰，按病分證，證下列方，方隨證立，證并方呈，所謂“方證同條，比類相附”，醫者但視方證相符，便可按證施方，甚是方便。如孫氏于其著作《千金翼方·卷九》一篇序文中云：“舊法方證，意義幽隱，乃令近智所迷，覽之者造次難悟，中庸之士，絕而不思，故使閭里之中，歲致夭枉之痛，遠想令人慨然無已；今以方證同條，比類相附，需有檢討，倉卒易知。”[2]即是當時情況。后世醫家，凡學仲景書者，皆仿此“方證同條”之法，孫氏可謂“方證相應”之功臣也。
至宋·劉元賓采擷《傷寒論》主要方劑，撰《傷寒括要》二卷[3]，編次傷寒證候三十一種，均以方名證，每證名下編排是方所治條文，下列方劑，其書突破六經框架，使方證相應，更便于臨證檢索應用，亦為“方證相應”做出貢獻。
比劉氏稍晚之醫家朱肱亦從學仲景而著《類證活人書》二十二卷[4]，其書簡稱方證為“藥證”，如書中“藥證說”云：“所謂藥證者，藥方前有證也，如某方治某病是也”，臨證“審知某證者某經之病，某湯者某證之藥”，提出“須是將病對藥，將藥合病，乃可服之”，并主張“仲景傷寒方一百一十三首，病與方相應，乃用正方，科有差別，即隨證加減。”朱氏除注重方證相應外，亦強調審證求因，并主張方與證間除有的對之癥侯外，還需有的對之病機，兩者皆相符合，方可應用，若“科有差別，即隨證加減”，對“方證相應”及臨證加減之法做出了明確闡述。又如張蕆為該書所作序文中云“得此書者，雖在崎嶇僻陋之邦，道途倉卒之際，據病可以識證，因證可以得方，如執左契，易如反掌。”亦可作為“方證相應”之詮注。
與劉、朱同時代之孫奇、林億、高保衡等，亦注重“方證相應”，其所校《傷寒論》沿用藥王“方證同條”之法，并在其后校正之《金匱要略方論·序》中提到“嘗以對方證對者，施之于人，其效若神”，“今又校成此書，仍以逐方次于證候之下，使倉卒之際，便于檢用也。”[5]三賢治學嚴謹，卓見不凡，是得“方證相應”之奧妙者。此二書后經明·趙開美公翻刻印刷，始得流傳至今，即今之所見宋版《傷寒論》也。
至金·成無己著《傷寒明理論》四卷[6]，書中“藥方論”部分選《傷寒論》方二十首，均先詳論主治，后按方證別注君臣佐使，詳析各自配伍，更引《內》、《難》理論加以闡發，亦為“方證相應”之一員。
至清代，柯琴著《傷寒來蘇集》八卷[7]，其書《傷寒論注》部分“證因類聚，方隨附之”，匯集六經諸論，集成一帙，以經類證，以證名篇，以方名證，方證隸于六經脈證之下，于每一基本湯證后又列相關類證，如變證、壞證、疑似證等，皆加以注釋，并分經闡述本證主治、變治、隨癥治逆等法。柯氏云“仲景之方，因病而設，非因經而設，見此癥便與此方，是仲景活法”，充分體現仲景“方證相應”之學術思想。
又有清·尤怡著《傷寒貫珠集》八卷[8]，將《傷寒論》原文逐條注解，并以六經為綱，以治法為目，以方類證，提綱挈領，調理通達，不囿古人，其法分為正治法、權變法、斡旋法、救逆法、類病法、明辨法、雜治法及溫法、清法、下法等十余類，于每法之下各列相應方證，使方從法出，法隨證立，各證各選相應方藥，隨證治之，實用性極強，尤氏可謂運用“方證相應”之巧者。
與柯、尤同朝之徐大椿著《傷寒論類方》四卷[9]，系積三十年研究仲景之學而后悟之作，并反復修改七年，五易其稿，乃無遺憾。是書編排“不類經而類方”，將《傷寒論》方分為桂枝湯類、麻黃湯類、葛根湯類、柴胡湯類，梔子湯類、承氣湯類、瀉心湯類、白虎湯類、五苓散類、四逆湯類、理中湯類、雜法方類等十二類，于每類方劑之下，列該類方劑證治諸條，方以類從，證隨方列，重點論述各方證病機治法，并討論同類諸方隨證加減變化之異，使后之學者可以隨方求證，按證選方，尤便于臨證運用。徐氏在書中寫道：“此書非仲景依經立方之書，乃救誤之書也”，“蓋因誤治之后，變癥錯雜，必無循經現癥之理”，“不論從何經而來，從何經而去，而見癥施治，與仲景之意無不吻合，豈非至便之法乎？”“蓋方之治病有定，而病之變遷無定；知其一定之治，隨其病之千變萬化而應用不爽，此從流溯源之法，病無遁形矣”，“欲用古方，必先審病者所患之證，悉與古方前所陳列之證皆合，更檢方中所用之藥，無一不與所現之證相合，然后施用”。俱是對“方證相應”之精辟論述。又如其為尤怡《金匱要略心典》所撰序文中寫道：“仲景之方，猶百鈞之弩也，如其中的，一舉貫革，如不中的，弓勁矢疾，去的彌遠，乃射者不恨己之不能審的，而恨弓強之不可以命中，不亦異乎？”[10]亦是對“方證相應”之巧妙比喻。徐氏深刻揭示仲景“方證相應”學術思想，堪稱“方證相應”之大家。
與徐氏同時代之日本江戶時期古方派醫家吉益東洞亦服膺仲景之學，極力推崇“方證相應”，并在其著作《類聚方》[11]中明確提出“方證相對”一詞，認為《傷寒論》“惟方與證耳”，并指出：“醫之方也，隨證而變，其于證同也，萬病一毒，其于證變也，一病萬毒”，“視毒之所在，隨發其毒之證而處方”，“證異于毒之所在，則因其異而異其方。”東洞強調方證相對，方隨證轉，并結合實踐經驗，提出按方類證、定證定方、多方合用等診療原則。可惜其只述方證相對，不論病因病機與方藥醫理，如其在《方極·序》中云“夫仲景之為方也有法，方證相對也，不論因也”，諒非仲景原意。其后之醫家湯本求真著《皇漢醫學》一書[12]，更使“方證相對”成為漢方醫學之主流。
近代醫家如曹穎甫、陸淵雷、張錫純、祝味菊、惲鐵樵、包識生、范文甫等，在中醫危急存亡之際，亦竭力提倡“方證相應”，如陸氏云：“前賢述作，說理雖多逞臆，其憑證用藥則經驗所積”，“中醫之治療有特長，其理論則多憑空臆造，仲景不尚理論，正是識見勝人處，后人斤斤于風邪寒邪傷衛傷營之辨，而不在病證藥方上著眼對勘，皆非善讀仲景書者。”[13]前輩醫家們或謹遵古法，或衷中參西，皆各自對“方證相應”進行發揮演繹，積極開展方證研究，為保存中醫學術作出了巨大貢獻。
現代名醫如岳美中、吳佩衡、范中林、胡希恕、劉渡舟、葉橘泉等亦支持“方證相應”，如岳美中先生于早年臨證效失參半時重新研讀《傷寒論》與《金匱要略》二書后云：“見其察證候不言病理，出方劑不言藥性，從客觀以立論，投藥石以祛疾，其質樸之實驗學術，實逼近科學之堂奧，真是祛疾之利器。”[14]胡希恕先生亦提出：“方證是六經八綱辨證的繼續，亦即辨證的尖端。”[15]又如劉渡舟先生云：“經方為證而設，證之下必須有方，方之上亦必須有證”[16]，“認識疾病在于證，治療疾病則在于方，方與證乃是傷寒學的關鍵。”[17]諸前輩醫家臨證皆善用經方，在方證識別與古方今用方面總結了許多新的經驗，為繼承和發揚中醫學術做出了巨大貢獻。
當代醫家如鄧鐵濤、朱邦賢、謝鳴、高欽穎、熊興江、王階、馮世綸、張長恩、余國俊、黃煌、顧武軍、劉觀濤等亦皆提倡“方證相應”，或論證“方證相應”之內涵，或闡發“方證相應”之外延，分工合作，共同努力，使“方證相應說”更趨于系統科學，逐步走向完善具體。
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