噶爾丹建立準噶爾汗國之后，不斷擴張，試圖重建蒙古帝國。為了達到目的，他和俄國結為了同盟，一起對喀爾喀蒙古發動了進攻，導致喀爾喀三部淪陷，沙俄成功占據了恰克圖以北的布里亞特地區。噶爾丹的東征嚴重威脅到清朝的統治，迫使清朝在尼布楚談判中對沙俄做了妥協，使中國徹底失去了貝加爾湖地區。為了摧毀噶爾丹的野心，康熙皇帝發動了反擊，將外蒙古正式納入了清朝版圖。
喀爾喀蒙古，也稱為漠北蒙古。明朝中期，著名的達延汗統一了蒙古高原，將蒙古的部落合并為了左右兩翼，6個萬戶，分別是左翼的察哈爾部、兀良哈部和喀爾喀部，右翼鄂爾多斯部、土默特部和永謝布部。喀爾喀部位于漠北地區，主要由內五部（喀爾喀河以東）和外七部（喀爾喀河以西）組成。
達延汗去世后，內喀爾喀帶領部落南遷，成為了漠南蒙古的一支，到清朝稱為“內札薩克”。而外喀爾喀在札賚爾琿臺吉的帶領下繼續鎮守漠北。到了明朝后期，喀爾喀蒙古重組為了土謝圖、札薩克圖、車臣三部。他們的領地“東西延袤五千里，南北三千里”。
1635年，皇太極征服了漠南蒙古，獲得了蒙古汗國的玉璽，被推舉為大汗。于是皇太極派遣使者到漠北招撫，喀爾喀三部都表示臣服于清朝，皇太極規定喀爾喀每年貢“白駝一，白馬八，謂之九白之貢”。這些都說明了喀爾喀蒙古名義上已經歸屬于清朝。
但是清朝沒有在喀爾喀駐軍，這也給漠北局勢添加了變數。1640年，衛拉特和喀爾喀蒙古各部在漠北會盟，頒布了《喀爾喀—衛拉特法典》，確立了團結一致對外的方針。此次聚會的目的就是團結蒙古各部以對付清朝和俄羅斯。
1646年，喀爾喀蒙古策動漠南蒙古蘇尼特部逃入喀爾喀，引起了清朝的重視。隨后，清朝派遣多鐸北上征討蘇尼特部，喀爾喀派遣聯軍來對戰，喀爾喀聯軍失敗。此戰，標志著喀爾喀—衛拉特聯盟的瓦解。1655年，清朝又在喀爾喀設置八札薩克，分左右翼，加強了對喀爾喀蒙古的控制。
喀爾喀三部
此后，準噶爾部很快強大起來，不斷在對外擴張，試圖恢復蒙古帝國的版圖。俄羅斯也不斷在西伯利亞擴張，并侵入了貝加爾湖以東和黑龍江地區。而喀爾喀三部卻發生了內亂。1662年，扎薩克圖汗旺舒克被殺，其兄綽墨爾根自立為汗，難以服眾，各部紛紛逃到土謝圖汗部。
俄羅斯在蒙古地區的擴張
1670年，康熙帝廢除綽墨爾根，立旺舒克之弟成袞為薩克圖汗。但是土謝圖汗拒絕歸還部眾，雙方矛盾尖銳。為了調和雙方矛盾，康熙于1686年派遣理藩院和西藏大喇嘛噶爾亶西勒圖赴漠北，舉行了庫倫會盟。在會盟上，清朝調節了各方的矛盾，并將喀爾喀八旗改編為十四旗，以加強對外蒙古的控制。
清朝整合喀爾喀各部，使其成為抵御準噶爾東進和沙俄南下的堡壘，這又使得沙俄和準噶爾迅速聯合了起來。庫倫會盟時，噶爾丹派遣車臣烏巴什到漠北單獨進行了會盟，繼續挑撥蒙古各部的關系。
1687年，噶爾丹和沙俄聯合對喀爾喀蒙古發動了進攻，攻破了喀爾喀三部，沙俄占據了恰克圖以北的地區。當時清朝正派遣使者到尼布楚和沙俄談判，然而噶爾丹的東征使得清朝使團被迫回到北京。噶爾丹占據了漠北，使清朝在談判中陷入了被動。
噶爾丹東征后，俄國不斷唆使各部投降沙俄，試圖占領整個蒙古地區。關鍵時刻，大喇嘛哲布尊丹巴堅決反對投降沙俄，而是主張投歸清朝，得到了喀爾喀王公的擁護。于是，喀爾喀各部南下投清，康熙帝將他們安置在了內蒙古各個地區，并提供了大量的救濟。噶爾丹擊潰喀爾喀后更加囂張，他追擊喀爾喀部進入了內蒙古，其前鋒已經到達了呼倫貝爾一帶。
面對噶爾丹的瘋狂東進，康熙皇帝決定反擊。首先，康熙決定拆散俄準聯盟。噶爾丹在東征之前就已經和俄國初步建立了軍事同盟，他曾經在1690年給俄國戈洛文寫信說：“如今，蒙古人已被你我擊潰。”而戈洛文則希望噶爾丹繼續和俄國聯兵東進。當時漠北都流傳著噶爾丹是根據沙皇的諭旨發動戰事的傳言。而噶爾丹的軍隊的確裝備大批的火炮、火器，主要是俄軍提供的。
康熙為了給北征創造良好的國際條件，就在尼布楚談判中做了很大的讓步，承認了沙俄對尼布楚地區的占領。同時，康熙警告戈洛文，如果俄國幫助噶爾丹對付清朝，那么清朝就對俄國開戰。當時俄國正全力對付土耳其帝國，也不想和清朝發生戰爭，因此就選擇了袖手旁觀。
第二步，就是分裂準噶爾汗國。噶爾丹東征時，為了防止僧格的兒子叛亂，于是將他們屠殺。然而僧格的長子策妄阿拉布坦帶領5000人逃脫了噶爾丹的追擊，占據了準噶爾的本部地區。康熙得知后，立即派遣使者到達伊犁，和策妄阿拉布坦結為了聯盟。隨后策妄阿拉布坦表示臣服于清朝，并準備對噶爾丹作戰。
由于喀爾喀三部大量南遷，噶爾丹在漠北就無法推行“以戰養戰”。現在策妄阿拉布坦占據了準噶爾本部，使得噶爾丹的補給出現了問題，清朝和俄羅斯的官方史料都記載了當時蒙古高原出現了“人吃人”的情況。在這種情況下，噶爾丹企圖和清朝和解，提出“圣上君南方，我長北方”的請求。康熙皇帝哪肯對噶爾丹妥協，大戰在所難免。
第三，就是大規模調集軍隊和糧食，準備反擊噶爾丹。在康熙皇帝的布置下，從呼倫貝爾到甘肅，形成了一條漫長的防御線，每個地方都駐扎了精兵，使得噶爾丹無可趁之機。康熙規定每一個士兵要帶3個月的口糧，超出3個月的糧食由朝廷負責運輸。為了方便聯絡，康熙下令在蒙古修建驛道。經過精心的準備，反擊噶爾丹的時候終于到來。
康熙皇帝準備給噶爾丹來一個大包圍，然而駐守呼倫貝爾的阿喇尼等驕傲自大，竟然擅自帶領700人就追擊噶爾丹的2萬精銳，結果遭遇慘敗。此戰為烏爾會河之戰，是清準戰爭爆發了標志。
1690年七月初二，康熙帝下令各路大軍正式挺進漠北。烏爾會河之戰后，噶爾丹已經察覺到清朝大軍已經到來，于是帶領軍隊撤退。但是康熙皇帝卻假裝給噶爾丹寫信，假意對噶爾丹進行招撫，并給噶爾丹送去了一些食物。噶爾丹一時間產生了誤判，錯過了最佳的撤退機會。清朝的大軍則迂回包抄，切斷了噶爾丹的退路，最終將噶爾丹圍困在了遼西一帶。
噶爾丹退無可退，于是據守烏蘭布通城。烏蘭布通位于遼河上游，是一個片紅色的山巒，其南是陡峭的懸崖，其北也是難以逾越的關口。噶爾丹“覓山林深塹，倚險結營”，將大量的駱駝縛蹄臥地，背負箱垛，蒙以濕氈，建成了史上罕見的“駝城”。
烏蘭布通
清軍的主帥原本是康熙，然而康熙中途得病，于是讓福全統領全軍。到七月下旬，清朝各路共10萬大軍已經匯集下烏蘭布通附近，形成了“凡營盤四十座，連營六十余里，闊二十余里，首尾聯絡，屹如山立”的壯麗局面。八月一日，清軍對烏蘭布通發動了總攻，烏蘭布通之戰正式開打。清軍用火炮、火銃為前鋒，猛攻“駝城”，經過半天的激戰，“駝城”被攻陷，噶爾丹退守山頂。
此戰，清軍的傷亡也非常慘重，內大臣佟國綱也在戰斗中中槍陣亡。清軍傷亡較重的原因是沒有地利優勢，不習戰陣，隊形過密。當時的八旗軍隊的戰斗力已經下滑很多，缺乏早期八旗那種窮追猛打的狠勁了。噶爾丹退守山頂后，福全見地形易守難攻，就下令停止進攻，讓部隊暫時休整。
佟國綱雕像
噶爾丹見清軍有所松懈，就將計就計，假意和談，麻痹清軍。當康熙收到噶爾丹的和談消息時，就立即下令福全繼續進攻。然而為時已晚，噶爾丹趁清軍休整的時間帶領殘余軍隊沖出了包圍圈，逃到了漠北。此后，清軍不得不花更大的力氣調遣大軍遠征。
烏蘭布通之戰雖然未能全殲噶爾丹軍，但是卻基本消滅了噶爾丹的主要兵力。噶爾丹在逃亡漠北的過程中，饑寒交迫，部隊不斷逃亡，最終只剩下了幾千的軍隊。第二年，康熙皇帝舉辦了多倫會盟，將外蒙古劃分為了36個旗，標志著外蒙古正式納入到了清朝版圖。此后，噶爾丹只能游走漠北，失敗已經在所難免。
