在司法實踐當中，由土地承包經營權糾紛引發的案件中有相當一部分被法院以超過訴訟時效駁回。由于訴訟時效的適用范圍和土地承包經營權的性質在立法上不是很明確，土地承包經營權是否適用訴訟時效的有關規定產生了不同的認識。
案例背景：１９８４年，北京市豐臺區花鄉四合莊村實行了聯產承包責任制，將該村集體所有的土地承包給該村村民。當時，村里未與村民簽訂土地承包合同，只用一張土地分配表記載了每戶農民承包到的土地情況。當時村里決定，到村辦企業去工作的村民不能再承包村里的土地。１９８６年至１９９３年期間，該村因為修建蔬菜大棚、集體花圃等，先后占用了一些農民的土地。對于被占用土地有地上物和青苗的村民，村里支付了一定的補償費；土地上沒有地上物和青苗的，村里沒給予補償。２００１年１０月，被占用土地和未分得土地村民中的３０戶村民，向北京市豐臺區法院提起訴訟，要求該村集體經濟組織返還土地或分配土地，并且提出了數萬元至數十萬元不等的補償費。
２００１年１１月，北京市豐臺區法院認為，３０戶村民的訴訟請求已過訴訟時效，不能予以支持，遂駁回了村民的訴訟請求。３０戶村民認為，土地承包經營權是物權，而訴訟時效的適用范圍是債權，故土地承包經營權不應適用訴訟時效，于是向北京市第二中級法院提出上訴。２００２年３月，北京市第二中級法院認為，原審判決并無不當，遂駁回上訴，維持原判。２００３年１１月，這３０戶村民向北京市豐臺區檢察院提出了申訴。在《民法通則》的“民事權利”一章中，規定了“土地承包經營權”這一“與財產所有權有關的財產權”的權利種類，成為中國民法上的一個新型的財產權利。在理論上，土地承包經營權被認為是最具有中國特色的法律制度之一，是在民法發展史上的一個前所未有的民事權利，其性質、內容、法律特征都有其新穎之處。然而，這種新穎性也使這一概念與民法上任何財產權的概念均不相同，在司法實踐中產生了不同的理解，其中最重要的問題就是土地承包經營權的性質。
應將土地承包經營權定位為物權還是債權，我國學界歷來就有物權說與債權說之爭。要準確把握土地承包經營權的法律屬性就必須從我國農村土地占有和使用關系的實際出發結合我國農村土地承包經營權歷史變遷的動態過程加以考察。筆者認為，現行農村承包經營權的性質，既有債權性質的成分，也有與物權性質相近似的因素。
■土地承包經營權具有一定的債權性質
第一，農村經濟體制改革開始時土地承包經營權是以債權形式出現的。這不僅是因為在集體經營制度向家庭聯產承包責任制制度變遷開始時，國家并沒有在法律上確立具有物權意義上的土地財產權利，更重要的是，在當時特殊的時代背景下，農民要保有自己的土地承包經營權必須完成約定的義務，只有如此才能最大限度地降低農地制度改革的成本。
第二，在家庭聯產承包責任制實行之初，是發包人投資并承擔風險、獲得收益，承包人經營管理并依約定獲取報酬，承包人僅僅負善良管理人的責任，土地承包人的權利、義務由承包合同規定。從這個意義上講，土地承包經營權基于家庭聯產承包合同而產生，土地承包人保有土地承包經營權要以對集體付出一定的對等義務為條件。
第三，土地承包經營權的穩定性和轉讓性等受到來自集體經濟組織的限制。承包人不能自主轉讓承包權，而須經發包人同意，這種轉讓方式完全是普通債權的轉讓方式。
第四，對土地承包經營權人的保護，要以合同為依據，并適用合同法的法理，受制于合同法規則。
第五，從土地承包經營權的連帶性上看，土地承包經營權連帶于聯產承包，屬于農村雙層經營體制的組成部分。農民以具有復雜意義的“聯產”為對價，取得土地這一生產資料的承包經營權，而發包人對作為承包經營的標的物的土地，仍有相當大的支配力。
第六，從承包人與土地所有人的關系上看，上述聯產承包合同關系，本質上為發包人與承包人之間的內部關系。因這種內部關系而取得的承包經營權實際上只有對人（作為土地所有人的集體）的效力，而并無對世效力。
■土地承包經營權也具有一定的物權屬性
第一，現階段我國農村土地實行集體所有制，而且這種集體所有制就其實質而言是一種社區所有制，土地承包經營權是農民基于其集體成員的特定身份所依法享有的權利。非經農民集體同意，社區以外成員不享有農村土地承包經營權，因此土地承包經營權是一種與農民社區成員身份不可分離的權利，是一種人身權。社區成員只有獲得了土地承包經營權，才能在一定程度上體現其土地所有者的地位。
第二，隨著農村經濟體制改革的深入進行，農村土地承包經營權已發生具有普遍意義的物權化演進傾向，主要表現在：承包經營權人對承包土地擁有直接占有、使用、收益和有限處分權，土地承包經營權越來越多地成為農戶進行土地轉讓、出租、轉包、入股等的產權基礎，從而具有物權的一般權能。由于我國相關法律并沒有對土地承包經營權進行具體明確的規定，農民的土地轉包、轉讓、出租、抵押、入股等都缺乏必要的法律依據，因此土地承包經營權還不是一種完全的自物權。《土地管理法》明確規定“土地承包期延長３０年”，使我國土地承包經營權期限已超過一般債權法規定的２０年最長租賃期限。
第三，土地承包經營權是《民法通則》第五章第一節所直接規定的權利，是具有排他性的財產權，而學界通常認為該節是對物權制度所作的規定。
因此筆者認為，土地承包經營權是在特定歷史條件下以債權形式出現的、具有一定自物權屬性的、且呈現具有普遍意義的、物權化變遷趨勢的、特殊的土地權利。
■目前仍應適用訴訟時效
訴訟時效的適用范圍為債權及其救濟權，既然土地承包經營權具有債權的性質，那么就有適用訴訟時效的必要性，以促進土地承包經營權人及時行使權力，避免法律上的權利義務關系與事實上的利益關系長期脫節，以穩定社會秩序。同時，也降低訴訟中的證明費用，從而降低訴訟成本。土地承包經營權具有的這種債權屬性，是理論上其適用訴訟時效的決定性因素，也是司法實踐當中土地承包經營權適用訴訟時效的依據。
當然在司法實踐中，由于許多地區沒有簽訂書面土地承包合同，土地承包經營權受到侵害的時效起點難以確定等等情況，對保護土地承包經營權人的合法權利不利。而當土地承包經營權實現完全物權化時，承包經營權人采用物權的保護方法行使物上請求權，則可以避免這一不利于土地承包經營權人的狀況發生，因為物上請求權通常適用于諸如土地承包經營權等各種繼續性的侵害行為。但是這有待于法律對此作出更為明確的規定，目前對關于土地承包經營權的糾紛仍以適用訴訟時效為宜。
