王清任在《醫林改錯》中稱“記臟腑后，兼記數癥，不過示人以規矩”。書中共載有方劑33首，是其數十年臨床經驗的總結，相當大一部分使用逐瘀活血法，其以逐瘀或活血命名。其所創立的血府逐瘀湯、通竅活血湯、膈下逐瘀湯、少腹逐瘀湯、身痛逐瘀湯、補陽還五湯等，都有顯著的療效，至今仍被廣泛應用于各種疾病的治療。其用藥也非常考究，證不同，方不同，用藥量也不同，配伍方法更不同，并注重祛邪不忘扶正，注重運用黃芪，形成了自己特有的用藥體系。
(一)注重病位，分部用藥
王清任的逐瘀系列方劑的重要特點之一，即是按照病位，分部用藥，這為后世醫家根據不同病位辨證施治提供了一定的借鑒。“在外分頭面、四肢、周身血管；在內分膈膜上下兩段，膈膜以上，心肺咽喉，左右氣門，其余之物皆在膈膜以下”。對瘀血在頭面的立通竅活血湯，取老蔥、鮮姜、黃酒辛散
升騰，載諸藥上達巔頂；瘀在胸中血府的立血府逐瘀湯，以柴胡、桔梗、枳殼、牛膝調暢胸中氣機，使清升濁降，各得其所；瘀在肚腹的立膈下逐瘀湯，以香附、烏藥疏肝理氣，順氣降逆，開胸利膈；瘀在少腹的立少腹逐瘀湯，以當歸、川芎配干姜、肉桂，有生化湯之意，并以小茴香為向導，引藥下行，直趨下元，溫經散寒。對于瘀在肩臂腰腿，兼風濕的立身痛逐瘀湯；瘀在皮外、膚里，兼瘟毒的立通經逐瘀湯；瘀在會厭，兼瘟毒的立會厭逐瘀湯；瘀在津門，兼瘟毒的立解毒活血湯。
王清任在治療時也根據癥狀所出現的不同部位分別用藥施治。如其根據“頭發脫落”、“眼疼白珠紅”、“耳聾年久”、“紫印臉”等判定瘀血在頭面，治用通竅活血湯，以桃紅四物湯為基礎，配伍麝香、老蔥、鮮姜、黃酒等辛散走竄之品，使諸活血藥向上、向外走竄分布，使之與病情、病位更加相符。根據“胸痛”、“胸不任物”、“心跳心慌”等判定為瘀血在胸中血府，治用血府逐瘀湯，以大量活血化瘀藥配伍行氣解郁之柴胡、桔梗、枳殼，柴胡、枳殼一升一降，寬胸行氣，且柴胡與桔梗為伍，載藥上行，可引諸藥直達胸中“血府”。根據脅下“積塊”、“痛不移處”、“臥則腹墜”等判定為瘀血在膈下，治用膈下逐瘀湯，以諸活血化瘀藥為主配伍理氣止痛之香附、烏藥、枳殼、延胡索，方中烏藥疏散凝滯，偏走胸腹，可引諸藥直趨膈下肚腹。
(二)注重補氣，重用黃芪
補氣活血法是王清任對氣血理論突出的貢獻。他特別重視元氣在瘀血證治中的主導作用，認為元氣之虛是血停留為瘀之本，因此治療氣虛血瘀證的關鍵是大補其氣，而后方“能使周身之氣通而無滯，血活而不瘀”，但“若專用補氣者，氣愈補而血愈瘀”，因此，在大補其氣的同時應配伍活血之藥，補氣以治其本，活血以治其標，而達“通開血道”，“氣通血活，何患疾病不除”之目的。其組方用藥重補輕活、少補多活，主張用大劑量的黃芪、黨參等補氣藥配伍活血化瘀藥，使元氣足，瘀血散，開創補氣活血法之先河。
《醫林改錯》中以黃芪命名或為君藥的方劑多達11首。黃芪之用，獨創一格。如“人斗毆破傷，流血過多，氣散血亡，漸至抽風，古人立名日破傷風…若明白氣散血亡之義，即用黃芪半斤，黨參四兩，大補其氣”。重用黃芪以補氣固攝；若“素常虛弱，用力太早，及胎兒欲出已無力，令兒停住，產戶干澀，產亦艱難。”則用古開骨散，以四兩黃芪大補元氣，鼓動胎體順利下行。
他認為半身不遂是“虧損五成元氣之病”，“正氣虧虛，氣血瘀阻”。此看法雖有失偏頗，但也有獨到的見解，抓住了氣虛血瘀型偏癱的關鍵。他以補陽還五湯治療氣虛血瘀所致的中風。方中重用黃芪四兩，扶正益元，使氣能行血；歸尾、赤芍、川芎、桃仁、紅花、地龍則最多用兩錢。通過大補元氣，使元氣充足，氣能行血，以達到通利血脈的作用。補氣為主，活血居次，標本同治。這種配伍方法為后世醫家治療中風開拓了新的領域，具有重要的指導意義。
王清任注重補氣，但又反對妄用補氣，認為“專用補氣者，氣愈補而血愈瘀，血瘀氣更不能外達于皮膚”。所以“七八天痘瘡作癢”，他主張“用補氣破血之劑，通開血道”，創助陽止癢湯，以黃芪補氣扶正，托毒外出，鼓舞正氣向外透達，同時配伍諸活血之品，助正氣順利外達，以解“作癢不止”。
(三)注重劑量
王清任用藥不拘一格，不僅靈活，而且具有獨創性。他所創制的方劑，注重藥的藥味、分量，常根據不同的病情使用不同的藥量，有時同一種中藥劑量變化很大，甚至在同一首方劑中，藥物劑量之間也有很大的差別；或服藥付數與平常不同。此外，他還提出小兒年齡不同，采用的藥量也不同，或服藥付數不同。
他非常注重藥物劑量變化對治療效果的影響，明確指出：“古人原有沒竭散，始而用之，有效有不效，繼而加倍用之，胎衣立下。藥味要緊，分量更要緊。”在《醫林改錯》一書中，黃芪的劑量大則八兩，小則八錢。同一首方中，藥物劑量的比例變化也很大，如補陽還五湯中重用黃芪4兩為君，而其他六種活血藥每味僅用一至二錢，總量僅有7.5錢，黃芪用量是其他活血藥總量的五倍多。而在治療產后抽風的黃芪桃紅湯中補氣藥黃芪的用量是八兩，活血藥桃仁和紅花的用量分別是三錢和二錢。這種明顯的劑量差別充分體現了王清任重視元氣、注重補氣活血的學術思想。
他對方中每一味藥物的劑量都高度重視，如通竅活血湯中的“藥引”黃酒，他明確強調：“方內黃酒，各處分量不同，寧可多二兩，不可少。”對于病情嚴重者，可加服數。如黃芪甘草湯“病重一日兩服”。對于小兒，因年齡不同采用不同的藥量，或不同服藥付數。如通經逐瘀湯“指四五歲而言。若一二歲，分量可減半；若八九歲，分量可加一半。”可保立蘇湯“此方分量，指四歲小兒而言。若兩歲，分量可以減半。若一歲，分量可用三
分之一，若兩三個月，分量可用四分之一。”通竅活血湯“大人一連三晚吃三付，隔一日再吃三付。若七八歲小兒，兩晚吃一付，兩三歲小兒，三晚吃一付。”
對于某些疾病的治療，不能因為癥狀的消除而停藥，要看其中的虛實，仍需鞏固治療。如可保立蘇湯“余治此癥，一日之間，常有用兩付三付者，服至不抽，必告知病家，不可因不抽，遂不服藥，必多服數服，氣足方妥”。補陽還五湯“若此方愈后，藥不可斷，或隔三五日吃一付，或七八日吃一付，不吃恐將來得氣厥之癥。”
(四)善用藥對
《醫林改錯》中王清任善于并喜于使用藥對，使藥方更有效于疾病的治療。全書使用了桃仁-紅花、當歸-川芎、黃芪-黨參、黃芪-防風等藥對，以桃仁-紅花、當歸-川芎最受推崇。
《醫林改錯》23首活血化瘀方劑中，共使用了17種活血化瘀藥。這些藥物，按照使用頻率依次排列為：桃仁、紅花、當歸、赤芍、川芎、沒藥、五靈脂、穿山甲、大黃、牛膝、血竭、丹皮、延胡索、蒲黃、乳香、土鱉蟲。17種藥共使用79次，而桃仁、紅花兩味共使用25次，占活血化瘀藥總使用次數的31.6%。桃仁-紅花則出現在足衛和榮湯、助陽止癢湯、會厭逐瘀湯、急救回陽湯、血府逐瘀湯、膈下逐瘀湯、補陽還五湯、解毒活血湯，通經逐瘀湯、通竅活血湯、身痛逐瘀湯、黃芪桃紅湯等12方中。當歸-川芎出現在少腹逐瘀湯、止瀉凋中湯、血府逐瘀湯、膈下逐瘀湯、補陽還五湯、身痛逐瘀湯等6方中。
(五)選用“藥引”，增強療效
王清任是一位善于選擇和使用“藥引”的醫家，選擇不同的引經藥，精心配伍，使藥物直達血瘀病所。如在通竅活血湯、蜜蔥豬膽湯、抽葫蘆酒、小茴香酒及刺猬皮散等諸方中，他都以黃酒為“藥引”煎服、沖服或調服，目的在于通過黃酒滑利走竄，溫通血脈之性，強化方中其他活血化瘀藥的作用。除黃酒外，王清任還選用其他不同的藥物作為“藥引”，如在加味止痛沒藥散中，選用清茶作“藥引”調服；在龍馬自來丹中，選用鹽水或紅糖水作“藥引”調服，均能起到增強方劑整體治療效果的目的。
