在我們體內，棲息著超過5萬種、多達1000兆個腸道細菌，腸道菌群可以稱作人類的第二基因庫。這些菌群除了幫助人類消化吸收營養，還有意想不到的其他作用。
1協助營養物質的消化吸收以及形成排泄物
腸道菌群主要存在于大腸中，而在胃和小腸中非常少。傳統觀點認為大腸是吸收水和礦物質的場所，碳水化合物、蛋白質則主要在小腸吸收，但是現在已經明確，通過結腸中的厭氧菌代謝，結腸對小腸未吸收的碳水化合物、蛋白質進一步消化，在利用能量和氮方面發揮著重要作用。
2維持免疫功能
腸道相關淋巴組織占據了身體整個免疫系統的70％-80％。
腸道菌群對免疫系統的作用是多方面的，既可對固有免疫反應，又可對適應性免疫反應;既可對黏膜免疫系統發揮作用，又可對全身免疫系統發擇作用。其作用可以歸納為:①促進出生后腸道黏膜免疫系統和全身免疫系統的發育成熟②刺激腸道分泌SlgA:3③參與口服兔疫耐受的形成，包括對無害食物和腸道菌群的耐受;④均度因子合成和釋放而調節腸道免疫炎癥反應，并且通過抑制腸道黏膜過度生成炎癥因子降低系統全身性免疫應答反應。
3清除有害物質
胃腸道不僅是消化食物、傳輸和吸收營養物質的場所，而且是機體非常重要的屏障。腸道屏障是指腸道能防止腸腔內有害物質如細菌和毒素進入體內其他組織器官和血液循環的結構和功能的總和。正常人體腸道屏障是由生物屏障、機械屏障、化學屏障、免疫屏障等構成，而腸道菌群在保護腸道屏障方面的作用有：1.構建生物屏障2.維持和保護機械屏障3.激活和維持腸道免疫屏障。
4合成各種維生素
腸道厭氧菌可合成多種維生素如維生素B1、維生素B2、維生素B12、維生素A、維生素E、維生素K等，腸道微生物能合成維生素K及B族維生素已經是肯定的事實?，F已證實，腸內脆弱類桿菌和大腸桿菌能合成維生素K。乳酸桿菌和雙歧桿菌能合成多種維生素，如煙酸(尼克酸)、葉酸、維生素B1、維生素B2、維生素B6、維生素B12。
5合成荷爾蒙（激素）
腸道細菌具備強大的內分泌功能。目前已知腸道細菌可以分泌上千種分子，包括次級膽酸、三甲胺、兒茶酚胺、短鏈脂肪酸，神經遞質類分子如多巴胺、5-羥色胺(5-HT)、γ-氨基丁酸(GABA)、色氨酸、乙酰膽堿、去甲腎上腺素等，可以把它當作人體最大的內分泌器官；這些小分子信號物質進入血流再作用于遠處的其他細胞來發揮作用，可以全方位地影響人體健康。
6合成快樂物質（血清素、多巴胺）的前體物質
血清素是一種可以讓心靈安定、得到治愈系的滿足感，并帶來“穩定的幸福感”的物質。而多巴胺則是一種可以讓心情激動、提升對喜愛之物的欲望，并帶來“暢快的幸福感”的物質。為我們帶來幸福感的，就是大腦分泌的這兩種物質。而且，這兩種快樂物質都是在腸道中產生的，更準確地說，腸道制造的是血清素和多巴胺的前體物質。合成血清素的前體物質是5-羥基色氨酸，而合成多巴胺的前體物質是左旋多巴，這些前體物質會被輸送到大腦。當它們進人大腦之后，就會形成血清素、多巴胺，被頻繁使用。人體中的血清素含量約為10毫克，100％的血清素都是在腸道中制造，其中90％的血清素會留在腸道中，8％會被血小板吸收，大腦中存在的血清素只有2％。如果腸道菌群失調，患抑郁癥的風險就會增加。
7促進腸道蠕動
腸道菌群的功能這么多，可想而知擁有和保護好良好的腸道菌群是多么重要，而一旦腸道菌群長期失調，其所導致的后果絕不僅僅是排便問題，事實上腸道菌群的失調與腫瘤、抑郁、炎性腸病、肥胖、糖尿病、過敏等多種疾病有密切的關系。
