回交育種是培育新品種的一種常見方法，這種方法也是屬于雜交育種。那么，為什么要進行回交育種呢？
為了培育出更加優良的品種，往往需要通過雜交的方法。例如，在普通的小麥中，有的是矮桿、抗倒伏能力強、但產量不高，有的是高桿、抗倒伏能力差、但產量高，為了結合小麥的優良性狀，需要對不同性狀的小麥進行雜交，以選育出高產抗倒伏的優良品種。
如果有一個品種擁有多種優良性狀，只是有一兩種性狀還有缺陷，可以通過回交來快速改進該品種。回交是讓子一代與具有多種優良性狀的親本進行雜交，這樣的親本被稱為輪回親本。回交所得到的后代還可以繼續與輪回親本進行回交，這樣的過程可以一直持續下去。經過多次回交，可以快速去掉輪回親本的個別缺陷，所以回交育種更容易改良品種性狀。
回交育種在農作物培育方面應用較廣，小麥、棉花、大豆、玉米等農作物都有通過這樣的方法來培育出優良品種。同樣地，回交育種也能應用于動物，由此可以選育出具有多種優良性狀的品種。
不過，與植物相比，動物的回交會有所區別。在生物學中，近親繁殖容易產生不良后代，因為很多遺傳病是隱性基因控制的，只有一個隱性基因并不會發作。但如果近親繁殖，更有可能出現純合型的致病隱性基因，從而導致發病，這就是所謂的近交衰退。
由于植物更加容易適應基因缺陷，即便出現染色體異常也不會有影響，所以植物的近親繁殖更容易得到優良品種后代，回交育種更容易成功。然而，動物的近親繁殖生出畸形后代的可能性更高，所以在回交時需要盡量避免近親繁殖，可以讓子一代與擁有親本性狀的品種進行回交，這不只是考慮倫理問題。
人類為了選育出討人喜歡的寵物，往往會讓寵物回交。通過不斷回交，很容易誕生具有基因缺陷的品種，例如，折耳貓的耳朵折疊是因為先天軟骨發育不全所致，這是一種基因缺陷。折耳貓不僅耳朵有缺陷，而且肋骨還出現了變形，導致呼吸道變窄，讓它們無法順暢呼吸。另外，它們的關節也存在異常，通常無法正常走路，但寵物的一些性狀深受人們喜愛，所以寵物進行回交育種比較普遍。
另一方面，在自然界中，沒有人為干預，動物也會出現近親繁殖的現象。動物在繁殖時，主要通過分泌化學氣味來互相吸引彼此，這就容易出現包括回交在內的近親繁殖現象。例如，在一個小丑魚種群中，都會有一只像蟻后那樣的雌魚。當雌魚死亡之后，種群中的一只雄魚會轉變為雌魚，并與種群中的其他雄魚交配，這其中也包括它自己的后代。對于大部分動物而言，種族延續才是最重要的事情，更高層次的自我意識很難出現。
