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瑪瑙的種類繁多，可依據顏色，條帶特點和包裹體來細化分類。
1瑪瑙依據整體色調，按顏色主要分為紅瑪瑙，藍瑪瑙，紫瑪瑙，綠瑪瑙，白瑪瑙，黑瑪瑙等品種。
紅瑪瑙，指紅顏色的瑪瑙，紅瑪瑙分東紅瑪瑙，西紅瑪瑙，南紅瑪瑙以及戰國紅等。
東紅瑪瑙是指顏色不正，經過加熱處理后的瑪瑙，又稱“燒色瑪瑙”。料脆，顏色沉悶，缺乏清亮感，有火劫紋。
西紅瑪瑙是指天然的紅色瑪瑙。古代出土的瑪瑙大多屬西紅瑪瑙，主要自西方進貢給中國，也有稱西周時期出現的紅瑪瑙，故名。顏色深紅，透明度高。
南紅瑪瑙：顏色艷麗，潤澤渾厚。產自中國西南部地區的一種以紅色系顏色為主的瑪瑙。
戰國紅瑪瑙：紅色為主，不同顏色瑪瑙色層疊加在一起，變化多端，分界清晰。因形質，色彩及紋路與戰國時期出土的紅縞瑪瑙相同，稱為戰國紅瑪瑙。戰國紅也是一種縞瑪瑙。
紫瑪瑙，屬于瑪瑙中比較罕見的顏色，多數呈單一的紫色，顏色有淡紫到深紫。優質的紫瑪瑙色澤光亮。
藍瑪瑙：藍色主要由含銅的硅孔雀石所致。藍，灰藍，紫藍色并具有淡藍色或白色紋帶。藍白色的條帶界限十分明顯。
綠瑪瑙，主要由其中細分的綠泥石等綠色礦物致色。顏色多為淺綠，灰綠，褐綠，暗綠色，具有深淺不同的綠色條帶。常夾雜著白色，黃色帶條。綠瑪瑙自然界較少，市場上的綠瑪瑙多數為人工染色產物或綠玉髓的誤稱。
黑瑪瑙：黑，黑灰色，褐黑色，其中常間雜白，灰白色條帶。黑色主要由有機物質所致。
白瑪瑙：白，灰白，草灰色。由顏色和透明度變化的條帶狀構造。價格低廉。
2按條帶（紋理構造）分類:依據條帶的不同,瑪瑙主要有帶狀瑪瑙、縞瑪瑙、纏絲瑪瑙等品種。
帶狀瑪瑙：指具有較寬平行紋帶的瑪瑙。紋帶通常為單色的不同深淺，或為兩種顏色相間排列，多色者少見。根據顏色的不同，可細分為多個顏色品種。其中,漆黑色夾一條白色色帶者稱“合子瑪瑙”。帶狀和纏絲經常在同一塊瑪瑙上出現。
縞瑪瑙：指顏色相對簡單，條紋清晰的瑪瑙，也稱條紋瑪瑙。縞瑪瑙常見黑、白或紅、白條紋相間排布，分別可稱黑白縞瑪瑙和紅白縞瑪瑙。縞瑪瑙瓷感強，透明度低。戰國紅就是一種紅縞瑪瑙?？c瑪瑙中最名貴的是具不同深淺和透明度的紅、肉紅、磚紅色紋帶的紅瑪瑙。
纏絲瑪瑙：紋帶十分細窄的縞瑪瑙。
3按包裹體（部分構造和質地）分類：依所含包裹體種類、形態以及由其導致的特殊光學效應，瑪瑙主要有苔蘚瑪瑙，火瑪瑙、虹彩瑪瑙、水膽瑪瑙等品種。
苔蘚瑪瑙：內含苔蘚狀、樹枝狀包裏體的玉髓稱苔蘚瑪瑙，又稱苔紋瑪瑙、苔瑪瑙。體色一般為白、灰白、淡灰藍、黃色，半透明至亞透明，內含物多為綠、暗綠色綠泥石鱗片，陽起石纖維及黑、褐色鐵錳氧化物樹枝晶。其中內含物狀如流水中飄逸水草的也稱水草瑪瑙，具顯著鐵錳氧化物樹枝晶的又稱柏枝瑪瑙。
火瑪瑙：含有豐富氧化鐵內包含物，呈層狀，層與層之間有薄層赤鐵礦物質，當光照射時，產生薄膜干涉現象，出現五顏六色的暈彩。火瑪瑙體色通常為橙黃或黃棕色，微透明至半透明。
虹彩瑪瑙：指透射光下觀察顯示光譜色彩虹效應的細紋帶瑪瑙。這種瑪瑙要有較好的透明度。體色白、淺灰白，紋帶細微，加工成薄片。細紋帶猶如衍射光柵對入射光衍射，從而產生虹彩效應。
風景瑪瑙：又名城砦瑪瑙。當瑪瑙中的不同顏色、花紋以及不透明雜質等相互組合，形成了人物、動、植物圖案或云海、日出、山水等畫面時，就形成了“風景瑪瑙”。
水膽瑪瑙：內有含水或水溶液的封閉空洞的瑪瑙稱水膽瑪瑙。作為珠寶應用的水膽瑪瑙，其水膽應肉眼可見，不能只是晃動時汩汩有聲而不可見，這就要求洞璧透明或半透明。
按包裹體分類還有曲蟮瑪瑙以及比較罕見的云瑪瑙，閃光瑪瑙等。這些圖片只在專業珠寶類書籍看到過，沒看過實物，也找不到圖片。在此略過?，旇н€有其它的一些特殊品種：阿拉善瑪瑙，雨花石，天珠等。
