Association of two polymorphisms rs2910164 in miRNA-146a and rs3746444 in miRNA-499 with rheumatoid arthritis: A meta-analysis.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24824381大家好，我在去年五月分時，一時興起，找了個SNP的meta分析來做，當時都不知道什么是SNP，到今天收到文章接受的消息時，我還是很激動．我今天開此帖將我的學習經歷，資料（所發文章所有數據）進行分享．并且把統計學過程重復一邊．(用ＳＴＡＴＡ軟件進行)，希望可以幫助到在進行SNP meta分析的同學． （我把我在snp meta學習中的資料也上傳了。）
第一部分： SNP與meta分析
單核苷酸多態性性( single nucleotide polymorphism, SN P)是指在染色體基因組水平上單個核苷酸的變異引起的DNA 序列多態性, 而其中最少一種等位基因在群體中的頻率不小于1%。它包括單堿基的轉換, 顛換、插入及缺失等形式。例如, 一個SNP 可以將一個DNA 序列: AA GGCTAA 變為ATGGCTAA , 其中發生了A→T的顛換。
SNP 在基因組內可以劃分為兩種形式: 一是遍布于基因組的大量單堿基變異; 二是基因編碼區的功能性突變．
SNP可能會引起編碼蛋白的結構或功能異常，從而導致疾病的易感性，程度等增加或降低．而由于作用效能是其使某些臨床結局加重還是減輕需要通過病例對照分析來發現．但是往往由于這些病例分析研究的樣本量，人種，人群基線資料等的差異會造成結果的不統一．因此就需要用meta分析來(1)．增加樣本量增加檢驗效能探索其真實效應．(2)．亞組分析來識別混雜因素對與效應之間的關系．(3).探索異質性來源來發現影響效應的因素．從而在一定程度上使問題得到清晰的解決．
在此階段，我當時遇到的問題：
1. 什么是SNP？ 我是學臨床的，根本不知道這個東西．我從生化書，百度，中文相關文獻等很快對SNP進行了一個大體的認識．之后就是在讀別人文章的過程中會發現，同一個ＳＮＰ表述方式竟然不一樣．接著下一個問題就來了．
2. 如何表示SNP？ 當時我去問過搞基礎的老師，也在DXY中發帖提問，得到了正確的解答．我在2013年6月分時發帖子提問的：
關于SNP的命名 - 丁香園論壇一個microRNA-499的SNP.命名如下:
1. miR-499 3746444 (A>G)
2. miR-499 3746444 (T>C)
3. rs3746444
這三個意義都一樣嘛?
其中第一個與第二的區別是什么? 是不是可以這樣理解: A=T,C+G.所以前兩個其實一樣.
對于第一個和第二個中 (A>G), (T>C)表達什么意義?
答案：1，2的意思是一樣的，區別是正義鏈和反義鏈。3的意思是基因組上的這個位點是個snp。指的是基因組上的序列。
第二部分：選題
在我個人看來，ＳＮＰ的meta分析是很容易上手的。選題也不難，但是，正是因為選題也不難且容易實施，所以大家都爭著去做，這就會造成無題可做。
首先，定向：骨科。
由于基因多態性是個老問題了，但是microRNA比較新。我本人也在大三時寫過microRNA與炎癥的一個中文的綜述。因此，將題目定在microRNA多態性與RA的關系。在眾多的microRNA，與炎癥有關的有microRNA-146a。因此定向到microRNA-146a與RA的關系。
同樣，我和大多數人一樣，首先想到的是microRNA多態性與腫瘤，但是大家都能想到的，我們就不要去擠。我查后，發現microRNA多態性與腫瘤的文章就有近十個。其中只有一個是國外人做的。國外那個做了所有的腫瘤，而國內的那幾個，針對性的做了某些腫瘤。國外的那個文章涵蓋了所有國內的那幾個文章了。可以看到，ＳＮＰmeta的灌水程度有多深了。我好像聽說過疾病大致分為兩類，一類是腫瘤性的，一類是免疫性的。當腫瘤性的被瓜分完了的時候，我轉向了免疫性的。恰恰在Embase中發現有人做了microRNA多態性與免疫性疾病的meta分析。其中包括了RA，但是他納入的文獻比較少，只有三個，而且目前又有了3個新的研究，所以我就把題目定在了：
Association of Two Polymorphisms rs2910164 in miRNA-146a and rs3746444 in miRNA-499 with Rheumatoid Arthritis: A Meta-analysis.
（其中miRNA-499是在文章篩選時發現的，其往往miRNA-146a同時被研究，而且得益于我們檢索((((arthritis OR Polyarthritis))) AND (polymorphism OR polymorphisms)) AND (microRNA OR microRNAs.)，并沒有說明是哪一個miRNA，所以加入miRNA-499是合情合理的。同時，也增加了我們文章的內容）
到此為止，是我們題目的來源（里面有些表述不是很規范，希望大家理解）
第三部分：檢索
當時我不是很懂檢索，所以主要是模仿。檢索不一樣要看起來高端大氣、上檔次，只要在保證檢索全的基礎上準，是最好的了。
檢索按照“PICOS”原則進行。
Ｐ無限制，Ｉ可以當成是microRNA多態性，Ｃ microRNA野生型（不限制），Ｏ：ＲＡ Ｓ：Case-control（不限制）
檢索詞：microRNA(從以發表關于microRNA的高質量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式)
多態性(從以發表關于基因多態性的高質量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式)
ＲＡ(從以發表關于ＲＡ的高質量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式)
檢索詞語為：
一：microRNA，microRNAs.
二：polymorphism, polymorphisms
三：arthritis, Polyarthritis
檢索式為：
(microRNA OR microRNAs) AND (polymorphism OR polymorphisms) AND (arthritis OR Polyarthritis) （這是我們輸入的語言）
Pubmed對應的高大上的機器語言為
(("micrornas"[MeSH Terms] OR "micrornas"[All Fields] OR "microrna"[All Fields]) OR ("micrornas"[MeSH Terms] OR "micrornas"[All Fields])) AND (("polymorphism, genetic"[MeSH Terms] OR ("polymorphism"[All Fields] AND "genetic"[All Fields]) OR "genetic polymorphism"[All Fields] OR "polymorphism"[All Fields]) OR ("polymorphism, genetic"[MeSH Terms] OR ("polymorphism"[All Fields] AND "genetic"[All Fields]) OR "genetic polymorphism"[All Fields] OR "polymorphisms"[All Fields])) AND (("arthritis"[MeSH Terms] OR "arthritis"[All Fields]) OR ("arthritis"[MeSH Terms] OR "arthritis"[All Fields] OR "polyarthritis"[All Fields]))
檢索數據庫：
Pubmed Embase (因為ＳＮＰ是非ＲＣＴ，且有些偏向于基礎的研究，所以我沒有檢索cochrane, clinicaltrial.gov)
檢索結果
Pubmed:26
第四部分：文章篩選及全文獲取
這部分沒有什么要點可以說。但以理幾點要做到：
1. 會用endnote
2. 兩個人獨立重復進行
3. 對于引用文獻的篩選要認真，這里往往有意想不到的發現
下載文章：
1. 首先去pubmed中下載，如果下載不到，就到下一步
2. 去google搜索，有可能會找到ＰＤＦ版。如果下載不到，就到下一步
3. 有一個好的方法。在文獻所以的網頁一級網站后加 .sci-hub.org，就可以下載到全文了。這個是很好的方法，不受ＩＰ限制。如果下載不到，就到下一步
4. 找文獻下載群求助，如果下載不到，就到下一步
5. 如果下載不到，就到 ＤＸＹ求助 （要叮當嘛，不推薦首選）
6. 文獻傳遞 （時間48小時，兩個工作日，而且不一定傳遞得到，不建議首選）
初篩過程
二篩選后文章，6個 （見附件，由于附件只能上傳五個，所以我就上傳五個吧，）
第五部分：數據提取(在這里我們只展示數據部分，對于一些基線資料的提取也很重要，我們就不進行展示了)
casecontrol
study IDSNP HWEGG(TT)GC(CT)CCGG(TT)GC(CT)CC
Chatzikyriakidou, et al 2010miR-146acase:0.99
control: 0.50735310805314
Yang, et al 2011miR-146acase:0.98
control:0.5292895853011694
Yang, et al 2011mir-499case: 0.157
control:0.88159427182535
Jim ?enez-Morales, et al 2012mir-146acase:0.17
control:0.67102802823622966
Qian, et al 2012mir-146acase:0.53
control: 0.931665423510976
El-Shal, et al 2013mir-146acase: 0.98
control:0.07301038415119111
El-Shal, et al 2013mir-499case:0.34
control: 0.981139311167708
HASHEMI, et al 2013mir-146acase:0.93
cibtrol:0.555739864379
HASHEMI, et al 2013mir-499case:0.001
cibtrol:0.003463226742511
第六部分：數據分析（所有數據，見樓下）
因為是做ＳＮＰ，所以要有一點點遺傳相關的知識，下面是我們數據處理的一些設計好的遺傳模型
miRNA-146a rs2910164 G>C:
1. Allele model : C/G
2. Heterozygote model: GC/GG
3. Homozygote model: CC/GG
4. Dominant model: CC+GC/GG
5. Recessive model: CC/CG+GG
miRNA-499 rs3746444 A>G: T>C
1. Allele model : G/A
2. Heterozygote model: AG/AA
3. Homozygote model: GG/AA
4. Dominant model: AG+GG/AA
5. Recessive model: GG/AG+AA
按照上面的方法進行，我們就可以將數據分成四格表資料了，這樣就很容易看懂了，大家她好理解。
如下圖，上面的為原始數據，下面的為我們進行運算時所用的數據。紅色部分是我們進行miRNA-146a rs2910164 G>C: 1. Allele model : C/G
寫成a b c d 為：casealleleC casealleleG controlalleleC casecontrolG
這個在stata或RevMan中都可以進行meta合并了。
studyIDYearcaseGGcaseGCcaseCCcontrolGGcontrolGCcontrolCC
Chatzikyriakidou2010735310805314
Yang20112895853011694
Jim enez-Morales2012102802823622966
Qian20121665423510976
El-Shal2013301038415119111
HASHEMI20135739864379
studyIDcasealleGcasealleleCcaseCCGCcaseGCGGcontrolalleleGcontrolalleleCcontrolGCGGcontrolCCGC
Chatzikyriakidou19973631262138113367
Yang151265180123176304146210
Jim enez-Morales284136108182701361465295
Qian9714910781179261144185
El-Shal163271187133149341134230
HASHEMI1535547961655510146
作出的圖為：（其他模型可以類推進行，這里不一一寫出來）
到此為此，我們就大概說了一哈SNP的meta其中還一些亞組分析，敏感性分析，的統計部分，我沒有進行演示，這部分相對比較容易，重點是一些大的框架，我給大家列出來了。
此外，還有一些要用：哈溫平衡的檢驗，是ＳＮＰmeta分析中不可少的一部分，如果大家有問題也可以跟帖提問。
重點是走出第一步，只要敢去做就行，過程中遇到困難，都可以在園子里提問。對于文章數據的解讀、文章寫作方面，如果大家有問題，也可以問我。我就是這樣一步步在園子時學出來的。希望有心人能功有所收獲，歡迎大家討論。
鑒于園子里好多人都在求助STATA12.0 軟件，需要私信發我郵箱，我看到后，會第一時間發送的，希望大家能投票支持，謝謝。當年我也為了這個軟件惱火了很久。
