人體只有一個，關于人的科學也只有一個，因此，不管是中醫還是西醫，最終都要匯通如一，成為統一的醫學體系。可中西醫結合的實踐已經有很多年頭了，人們卻發現它們是兩個完全不同的醫學體系，根本無法有效地結合，這到底是為什么呢？
“公說公有理，婆說婆有理。”之所以會出現這種情況，只是因為公和婆看待問題的立足點不同。要想使他們在認識上統一，前提就是統一立足點，否則兩者永遠是格格不入的。中醫和西醫的矛盾也在于此，它們分別是由不同前提假設之上的科學體系發展出來的。如果無法統一立足點，中西醫永遠無法有效結合。
很多人總以為中國古代沒有科學體系，確實，科學這個名詞本義就是分科之學，如果拿這個定義來套，中國古代確實沒有科學體系。不過，如果把科學視為研究自然最普遍規律的學問，那么中國古代就存在一個完整的科學體系，因為中國的古人用統一的一種物質（氣）的有序（陰）和無序（陽）變換的規律解釋了自然界的一切。
自然界的物質不僅是統一的，而且是多樣的。如何來科學地解釋它，一直是思想家們所要解決的問題。在古希臘，一直存在兩種完全對立的學說，一個是一元說，最典型的就是赫拉克利特，他認為自然界的一切都是由生命之火的燃起與熄滅造成的，這和中國的氣一元論類似，把自然界的一切歸于同一種物質（氣）的聚散。另一種是原子說，它把自然界的一切都歸于少數幾種基本粒子的不同組合，西方科學就是在這個假設之上發展起來的。
顯然，你用幾種基本粒子的不同組合來解釋世界是科學！那我們用統一的一種物質的聚散來解釋世界難道就不是科學？現在的問題是，統一物質（氣）的聚（有序）散（無序）到底是一種什么樣的科學呢？其實，對系統科學有所了解的人都知道，它其實就是系統科學，因為物質（氣）從無序（陽）向有序（陰）轉化就是物質系統的產生，從有序（陰）向無序（陽）轉化就是物質系統的滅亡，陰陽學說本質上描述了物質系統產生、發展、壯大、衰退、滅亡的規律性。
科學之所以能夠稱之為科學，就是因為自然呈系統的秩序，科學的目的就是為了探索支配自然秩序的規則，用來指導人的生存。可西方科學發展以來，我們除了對物質基本結構的認識取得了巨大的進展，但對自然秩序形成的規則卻從始至終一無所知。更可笑的是，科學家們為了擺脫自然規律對人的束縛，開始否定必然性規律的存在，把自然界的一切建立在偶然之上。理性的人都知道，無限個偶然產生自然秩序的概率是零！或者說，不相信必然性規律的存在，自然秩序永遠解釋不了。最典型的例子就是科學家們發現機械力學對解釋自然秩序無能為力之后，也發展出了系統理論，可這個系統理論卻是建立在原子說假設之上，不相信自然內在的必然性，如此一來，不論科學家們用多大的力，都無法合理地解釋自然秩序的存在。
西方科學去發展系統論，是不得已而為之，因為從原子說推導不出系統論。而東方科學則不然。東方科學的前提假設是氣一元論，根據這個學說，萬物都是由同一種物質組織起來的，最初產生環境的不同使它們具有不同的個性，普遍聯系方式的不同使物質在自然界出現了層次。顯然，萬物歸一，自然規律一定不是具體的東西，而只可能是物質的組織原理，或者說系統的發展規律。中醫學就是建立在系統科學之上的。
過去我們搞中西醫結合，基本上都是用西醫去改造中醫。本來中醫是建立在系統之學之上的，它注重的是人與自然的關系，以及整體與局部的關系，而西醫是建立在分科之學之上的，它注重的是人體的基本構件。這是兩種完全不同的認識人體的方法，當然無從結合。
要想實現中西醫結合，方法只有一個，那就是在氣一元論假設之上對西方科學進行重建，從而形成一個完整的系統科學體系，唯有如此，才能夠真正地認識西醫精密儀器觀察不到的關系，從而理解中醫的科學性。比如，中醫的病因學就是建立在對人與自然關系以及整體與局部關系的正確把握之上的，西醫之所以與中醫矛盾重重，就是因為精密儀器觀察不到這兩種關系。如果通過系統科學的方法論認識到了這兩種關系，中西醫之間的矛盾就化解了。
事實上，隨著科學的發展，西方科學前提假設上的錯誤也逐漸顯現出來，而在一個錯誤前提假設之上建立的科學大廈就象建立在沙堆上，肯定最終要崩潰的。西醫的問題在哪？它最大的問題就是對病因認識上的錯誤，它造成了治療方法的錯誤。與西醫相比，中醫對病因的認識更科學，診斷方法和治療方法也更合理，西醫唯有在中醫的基礎上進行重建，才能夠實現真正的中西醫匯通。
