中藥的毒性包括廣義的毒性和狹義的毒性。古人認為：藥物都有偏性，這個偏性被稱為毒，所以有的書籍把中藥稱謂毒藥，這是廣義的毒性。例如張景岳在《類經》里就曾說到：“藥以治病，因毒為能。所謂毒者，以氣味之有偏也，凡可辟邪安正者，均可稱為毒藥”。而中醫的治療原則是“治病求本、以偏糾偏”，就是利用藥物的偏性，來糾正人體陰陽的偏勝偏衰的矛盾，以達到陰陽平衡、延年益壽的目的。

狹義的毒性是指中藥本身的毒性，使用不當容易對人體造成傷害，甚至死亡。在《中國藥典》2015版中，“性味與歸經”項下，有“有大毒”、“有毒”、“有小毒”的表述。有大毒系指毒性劇烈、治療劑量與中毒劑量相近，使用不當會致人中毒或死亡的藥品，國務院出臺《醫療用毒性藥品管理辦法》，對有大毒的中藥進行特殊管理。而有毒和有小毒的藥品沒有強制性的要求，《中國藥典》也只是說:作為臨床用藥的警示性參考。

附《中國藥典》2015版有毒中藥名單：

有大毒(10種)：馬錢子、馬錢子粉、川烏、草烏、巴豆、巴豆霜、斑蝥、天仙子、鬧羊花、紅粉、有毒（42種）：制川烏、制草烏、白附子、附子、半夏、天南星、制天南星、硫黃、雄黃、洋金花、甘遂、狼毒、千金子、千金子霜、蟾酥、輕粉、干漆、土荊皮、山豆根、仙茅、白果、白屈菜、朱砂、華山參、全蝎、芫花、蒼耳子、兩頭尖、苦楝皮、金錢白花蛇、牽牛子、香加皮、臭靈丹草、常山、蜈蚣、罌粟殼、蘄蛇、京大戟、三顆針、木鱉子、商陸、蓖麻子。

有小毒（31種）：丁公藤、九里香、土鱉蟲、大皂角、川楝子、飛揚草、小葉蓮、水蛭、艾葉、北豆根、地楓皮、紅大戟、兩面針、吳茱萸、苦木、苦杏仁、金鐵鎖、草烏葉、南鶴虱、鴉膽子、重樓、急性子、蛇床子、豬牙皂、綿馬貫眾、綿馬貫眾炭、紫萁貫眾、蒺藜、榼藤子、鶴虱、翼首草。