毫無疑問，菌藻調控的理論已經逐漸被廣大水產養殖戶所接受。無論是養殖水體、底部環境甚至是養殖品種的體內微生態環境，都需要一定數量的有益菌進行調控。目前國家農業部所批準的使用的有益微生物菌種有芽孢桿菌、乳酸桿菌、酵母菌、嗜菌蛭弧菌和脆弱擬桿菌六大類微生物。其中光合細菌、芽孢桿菌、乳酸菌又是市場上使用最廣的產品。下面就這三大菌在實際養殖中的應用做詳細說明。
光合細菌
光合細菌又被稱作菌中之花，雖然被叫做光合菌，但事實上它不能產生氧氣，同時它也不釋放氧氣。其主要功能是通過吸收水體中的小分子有機物、氨氮、硫化物等有毒物質，從而使水體中好氧微生物活動減弱，降低氧氣消耗并達到凈化水質的作用。
※使用注意事項
1、避免和消毒劑同時用。
2、搭配能分解大分子有機物的菌種（比如芽孢桿菌）效果更好。
3、光合細菌本身蛋白含量高，水體蟲子較多不易使用。
4、幾乎無副作用，每月定期使用3-5次會有意想不到的效果。
通威復合芽孢
芽孢桿菌是休眠體，目前水產養殖常用的是枯草芽孢桿菌和地衣芽孢桿菌，均屬于好氧細菌。主要作用體現在以下幾點：
1、能在水體中迅速生長為微生物群落與有害菌進行營養競爭。
2、分解大分子有機污染物，迅速把糞便、殘餌、等物質分解為能被藻類直接利用的無機鹽類，從而改良水質底質。
3、能在養殖生物的腸道中產生蛋白酶和淀粉酶，同時抑制有害菌生長，從而提高餌料轉化率。
※使用注意事項
1、注意增氧，溶解氧充足是提高芽孢桿菌分解效率的首要條件。
2、使用前充分活化（碳源或者直接用紅糖）。
3、先用通威底改改良底部環境再使用芽孢桿菌效果會更好，但不可以同時使用。
通威乳酸菌
乳酸菌是綠色環保、無毒害的“廣譜抗菌藥”，目前被認為最安全的菌種，其主要被用在調節生物體內微生態環境，如下：
1、降低腸道內PH值，從而抑制有害菌的生長。
2、乳酸菌正常代謝既可直接提供必需氨基酸、維生素等直接可吸收營養物質。
3、代謝產物為乳酸和有機酸類，有助于鈣、鐵、維生素的吸收。
4、中和動物體內有毒物質，特別是弧菌死亡帶來的毒素。
5、抑制藍藻，清除藍藻毒素。
6、在有氧和無氧的環境下都可以分解水體中的有害毒素，促進有益菌落的生長。
※使用注意事項
1、生長環境偏酸性，pH偏高的池塘不易直接使用。
2、清瘦水體配合黃金肽+培藻素素使用效果更佳
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