中國北方草原上，蒙古族有兩種來源，草原百姓（東部蒙古）和林中百姓（西部蒙古）。南宋時期，東部蒙古崛起，成吉思汗建立了龐大的蒙古帝國，此時西部蒙古成為蒙古帝國的一部分，被劃分為四個萬戶。
明朝時期，元朝的后裔稱為本部蒙古，即韃靼，西部蒙古這一部分稱為瓦剌。明朝初期，韃靼和瓦剌都曾臣服，幾十年后，瓦剌入侵，土木堡之戰俘虜了明英宗。
明末清初，本部蒙古分化為漠北蒙古和漠南蒙古。清朝采用和親、封王的辦法分化拉攏，使這兩部分蒙古成為滿清的盟友，進行了有效控制。
明朝時期，瓦剌部在蒙古韃靼部打擊下，向西遷移改稱為衛拉特部，下分為準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部和杜爾伯特部四部，也稱為漠西蒙古。分布地區北至額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游地區，南至天山，東到阿爾泰山和蒙古杭愛山分界線，西包巴爾喀什湖地區。
十七世紀，準噶爾部統一了漠西蒙古4部，并征服了察合臺汗國，建立準噶爾汗國。其疆域北接額爾齊斯河、鄂畢河、葉尼塞河上游，南到西藏阿里地區，西包巴爾喀什湖，東至蒙古薩彥嶺及色愣格河流域，面積達500萬平方公里。
清朝建立初期，準噶爾汗部稱臣。康熙十年（1671年），準噶爾部首領噶爾丹，不斷用兵擴張地盤妄圖統一全蒙古，重建大蒙古汗國?？滴醵拍辏?690年），噶爾丹率精銳騎兵3萬打到離北京僅700里的內蒙古烏蘭布通，嚴重威脅到清朝的安全?？滴趸实塾H率大軍與準噶爾軍隊決戰，清軍憑借大炮轟擊，大敗準噶爾軍隊。
康熙三十五年（1696年），準噶爾部集合3萬騎兵進犯，康熙皇帝率10萬清軍分路出擊，在昭莫多地方（今蒙古國烏蘭巴托東南）將準噶爾軍隊阻截包圍，幾乎全殲噶爾丹的精銳部隊。此后，康熙時期，又多次與準噶爾作戰。
雍正十年（1732年）額爾德尼昭之戰后，清朝與準噶爾之間暫時和平。然而直到乾隆時期，準噶爾部依然不斷擴張，成為清朝的最大外患。
乾隆十年（1745）準噶爾汗王去世后，上層為爭奪汗位內亂不斷。1753年，達瓦齊在姑父阿睦爾撒納的幫助下奪得準噶爾汗位。得到汗位后，達瓦齊和阿睦爾撒納不和，阿睦爾撒納戰敗率殘兵2萬人降清，衛拉特蒙古多個部落先后歸附清朝。
準噶爾的內亂使清朝掌握了準噶爾內部情況，乾隆二十年（1755年）2月，清朝發兵5萬兵分兩路， 直搗伊犁。清軍征達瓦齊途中，準噶爾“大者數千戶，小者數百戶，攜酮酪，獻羊馬、絡繹道左，行數千里，無一人抗顏者”。汗王達瓦齊兵敗被押送至北京，乾隆免死加恩封為親王，入旗籍，賜地京師，從而初定了準噶爾部。
清朝分封衛拉特諸部汗王， 以分化其勢力。此時，阿睦爾撒納又起兵反叛，殺死留駐伊犁的清朝官兵，企圖統一衛拉特蒙古。乾隆二十一年（1756年），清朝出兵平叛，阿睦爾撒納不敵四處流竄，1年后死在俄羅斯。
乾隆二十二年（1757年），清軍完全控制了天山南北兩路。然而剩余的準噶爾人仍堅持抵抗，使清軍損兵折將。乾隆皇帝認為其“豺狼成性”，下令將叛亂部落盡行剿滅，“永絕根株”?！肚甯咦趯嶄洝泛汀镀蕉矢翣柗铰浴酚涊d，乾隆諭令前線將領：“必應全行剿滅，不得更留余孽”。
平定準噶爾后，清朝先將反叛首領押送到京師；然后將部眾從新疆伊犁押送東遷，在新疆巴里坤草原到甘肅肅州之間區域，分批進行屠殺，僅留下婦女兒童。清軍中有大量漠北蒙古和漠南蒙古人，他們對準噶爾人恨之入骨，成為這次屠殺的主力。幾十萬準噶爾人被殺，婦女兒童被分配，沒有參與反叛的部落被編入八旗，準噶爾蒙古人從此滅絕。
從康熙十年（1671年）開始，清朝經80多年征戰終于平定了準噶爾部蒙古，將西域納入中華版圖，稱為新疆。乾隆平定準噶爾部，擴大200多萬平方公里疆土，把此戰列為他一生10大功之首。
平定新疆后，準噶爾蒙古人從此滅絕，北疆人口匱乏。1762年、1763年，清朝分兩次調防張家口外察哈爾蒙古官兵至新疆，又將東歸的土爾扈特蒙古和碩特蒙古安置在新疆。1764年，滿族、達斡爾族、錫伯族等被從東北調遣到新疆伊犁、塔城一帶駐防。這以后，新疆漢族人口大量增加，成為農業開發的生力軍。
明初，幾十年時間征服了蒙古瓦剌和韃靼，但未能根除，整個明朝時期，蒙古都是大患。
滿清通過和親和封王征服了漠北和漠南蒙古；從康熙到乾隆，80多年時間終于根除了衛拉特諸部蒙古。從此，整個蒙古草原和新疆，都被清朝有效統治。
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