在官制上，清朝仿效明朝，設立總督制度。清朝的地方總督統管一省或兩三省的軍政大權，如四川總督、湖廣總督、兩廣總督、兩江總督等。總督一般是正二品，如加授兵部尚書（國防副部長），督察院右都御史（監察部部長）銜的是從一品，另兼大學士銜者為正一品。總督中最重要的是直隸總督，它直接關系京師安危，李鴻章、袁世凱都做過直隸總督兼北洋大臣。兩江總督地位僅次于直隸總督，管理江蘇、安徽、江西三省，曾國藩曾做過兩江總督。
但是，人們往往不注意的是，清朝還有個身系國家安危的漕運總督。漕運總督雖然不統領地方，但它的級別待遇并不低，和其它總督一樣品級為正二品，如加尚書銜就為從一品，簡稱督漕、總漕。從順治二年（1645）5月起，清政府就設立漕運總督，駐淮安，管理魯、豫、蘇、皖、浙、贛、湘、鄂八省的漕運工作，負責江南八省的糧食征收工作，由水路轉運京師。
漕運總督設“總漕部院衙門”，衙址設于江蘇淮安，權威并不亞于其它地方總督。漕運總督有親轄武裝部隊和水師營，能轄制最高為從二品的武職官佐，并節制魯、豫、蘇、徽、贛、浙、鄂、湘八省漕糧事務，被尊稱為“漕臺”或“漕帥”。漕運總督不受部院節制，向皇帝負責，可專折奏事。為什么漕運總督這么受重視？這主要有以下幾點原因:
第一，京師百萬，仰食江南。從隋唐開始，京師人口激增，軍民人口百萬之巨，越來越多地依賴于江南供給。秦漢時定都長安，取關中及四川祿米即可供給開銷。可是唐宋之時，氣候變化，再加上關中及中原地區的生態破壞嚴重，這一地區已經不再適合作為都城。于是，都城就離運河越來越近，以便依賴大運河之力，將江南糧食運入京師。唐朝糧食短缺時，君臣曾就食洛陽；宋朝干脆以水運方便的開封為都；明清的定都北京，亦有借助運河漕運的考量。
第二，咽喉命脈，關乎國運。正因為江南地區成為關乎國家穩定的基礎，所以漕運就成了明清兩朝帝國的生命線。明末，在談及開封的重要性時，周騰蛟上言:“汴城不守無河南,河南無保無中原,中原不保則河北之咽喉斷,而天下之大勢甚可憂危也。”同樣，吳三桂造反后，統帥吳國貴召集諸將開會，就將戰略目標（“舍棄云南而不顧，北向以爭天下：以一軍圖荊州，略襄陽，直趨河南；一軍下武昌，順流而下，經略江北。勿畏難，勿惜身，寧進死，勿退生，拼死決戰，剜中原之腹心，斷東南之漕運，即令不能混一，黃河以南，我當有之。” ）之一定在切斷清朝的漕運上！后來鴉片戰爭中，正是由于英軍攻至南京附近，揚言攻城并切斷漕運，清政府被迫屈服。
第三，人事利害，盤根錯節。漕運不僅涉及大量人口就業，同時在官員間又形成了盤根錯節的復雜關系。漕運總督節制八省漕糧，每省又設立負責漕運的督糧道（正四品）監稽收糧、督押糧船，最后一次糧船由漕運總督親押至通州，向皇帝述職后回任。為監督漕運，明清都設置巡漕御史，不受漕運總督節制，直接向皇帝專折密奏，甚至有權彈劾總督。但這樣的監督，仍是腐敗叢生。漕糧裝運、征收、行船次序、期限管理及至運送時間、航行里數都有繁雜的制度，各省有船幫，胥吏勾結，正糧之外有“耗米”、“耗費”，橫收暴斂。各級官僚路上設卡，雁過拔毛，又可以借口漕船出事，推卸責任。承擔漕糧、漕運的老百姓苦不堪言，但漕運官員卻視之為盤剝百姓的肥差，形成了龐大的利益集團。
鑒于漕運弊端不少，屢有人提出以海運代漕運。但一者，海運風險高，運糧者容易借機逃亡，船又容易受氣候、風浪、海盜、倭寇等襲擾；二者，漕運關系社會穩定，靠漕運過活的普通民眾、纖夫、船戶等越來越多，驟然改革影響社會安定。更重要的是，龐大的利益集團阻止改革。史載，漕運最盛之時，僅從天津至通州北運河上，一年要通過漕船兩萬余艘，護漕官弁達12萬人次，還有商船一萬余艘，這中間要牽扯多少利益關系！
一直到光緒三十年，技術進步，海運已可取代漕運，節省政府大量開支，這時河運全停，漕運總督才被裁撤。不過這時期，清王朝已經行將就木了。其中的一個重要推手就是包括“青幫”在內的幫會組織。“青幫”又名“漕幫”，“糧船幫”，“清幫”等，徒眾以幫政府漕運為業，人數頗眾。清政府利用“青幫”來幫助自己對付反清復明的“洪門”，所以青幫得以半公開化。不過誰想到“漕運”廢止后，失業的青幫人員調轉槍口，開始對會清政府？誠可謂“斷人財路，如殺人父母”，這也是改革之所以艱難的一個重要原因。
