肖特基二極管能不能代替普通二極管（題主說的普通二極管，我的理解是PN結二極管），這個要看二極管的應用場合，有些應用是可以的，有些不可以。
二極管在應用中一個是不能損壞，另一個是電路的預期功能和性能不能改變。
在應用中，二極管承受的應力，如電壓、電流、損耗等不能超過器件的可承受能力。肖特基二極管的反向耐壓一般沒有PN結二極管高，因此需要特別注意耐壓的問題，并留一些余量。
肖特基二極管的反向漏電流比較大，所以在電路中要關注漏電流增大后的影響，特別是在環境溫度較高時，漏電流會升高非常多。這時要分析漏電流變大后對電路功能有沒有影響。
另外，肖特基二極管的一個特點是前向電壓比較小，一般只有0.2V左右，而一般信號級的PN結二極管的前向電壓為0.7V左右，如果電路的功能實現用到二極管的前向電壓值的話，改為肖特基二極管后性能可能變化。
以上是我根據經驗列出的幾條需要關注的地方，希望有幫助。
口口木的筆記 2019-2-24
