曹丕臨終時，令司馬懿與曹真等為輔政大臣，輔佐魏明帝曹叡。明帝時，司馬懿屢遷撫軍大將軍、大將軍、太尉等重職。明帝崩，托孤幼帝曹芳以司馬懿和曹爽。曹芳繼位后，司馬懿先是遭到曹爽排擠，遷官為無實權的太傅。公元249年，司馬懿趁曹爽陪曹芳離洛陽至高平陵掃墓，起兵政變并控制京都。自此曹魏軍權政權落入司馬氏手中。
263年司馬昭滅蜀。266年2月8日，司馬炎逼迫魏元帝曹奐禪位即位為帝，國號晉，建都洛陽，史稱西晉 。280年，西晉滅孫吳而統一天下，但是和平穩定的局面只維持了短短的十一年（280年滅吳統一結束東漢末期和三國時期總共96年的大亂到291年八王之亂開始了長達298年的五胡十六國及以后的南北朝紛爭）。晉惠帝繼位后朝廷漸亂 ，領有軍權的諸王紛紛爭權，史稱八王之亂。晉朝元氣大傷后，內遷的諸民族乘機舉兵，造成五胡亂華的局面，大量百姓與世族開始南渡。
311年六月，晉懷帝被漢兵俘虜到平陽，劉聰封他為“會稽郡公”，享受三司禮儀。313年初，劉聰大宴群臣，席間，命令晉懷帝穿上青衣行酒令取樂，致使晉朝的故臣悲憤不已，大聲痛哭。劉聰十分不高興。二月，劉聰就將晉懷帝和晉朝的舊臣10多個人一舉殺害。晉懷帝被害的消息傳到長安之后，太子司馬鄴舉哀服喪，并且于四月即皇帝位，即孝愍皇帝，改元建興。當時的長安城里住戶不超過100，公私加起來也只有車4輛，文武百官既沒有官服，也沒有印綬。316年，漢軍在大司馬劉矅的統領下，向長安發起攻勢。九月，漢軍攻陷了長安的外城。在內無糧草、外無援兵的情況下，愍帝決定向漢軍投降。晉愍帝親自光著上身，乘著羊車出城向漢軍請降。漢帝劉聰降愍帝為光祿大夫，封懷安侯。到此為止，西晉共經歷司馬炎、司馬衷、司馬熾、司馬鄴四帝，歷時52年（265～316）而覆亡。北方從此進入五胡十六國時期 。
時任丞相的瑯琊王司馬睿受到王氏和中朝勛臣的一致擁戴，于公元317年三月在建業稱帝，改建業為建康，史稱東晉，據有中國南方的領土。漢地世族及平民陸續南遷，形成北方僑民和南方土著聚居的局面。東晉初期，皇權衰落，朝廷大權主要由世族掌握，由于軍權外重內輕，朝廷控制力弱，不少方鎮心懷野心，先后發生了王敦之亂、蘇峻之亂及桓溫專政 。雖然部分士族當權者有恢復之心，前后發動幾次北伐，但是朝廷擔心野心家借此擴張勢力，大多消極支持。
383年，前秦出動舉國之師，意圖滅亡東晉。面對亡國之禍，東晉君臣一心，憑借淝水之戰奠定勝局 。謝玄等將領乘勝追擊，成功的收復大批失土，致使前秦滅亡，引發了北方軍事和政治格局的變化。然而，東晉后期又發生孝武帝兄弟朋黨相爭及桓溫之子桓玄作亂。平民負擔沉重，爆發了孫恩盧循起義。譙縱在蜀地自立。最后劉裕崛起，平定諸亂，憑借軍事力量奪得帝位，進入了南北朝時期 。
