球形有包膜的RNA病毒，直徑50nm，病毒基因為單股正鏈RNA，鏈全長約為10kb。
HCV存在著許多基因型，在世界不同地區主要分為6個基因型，用數字1~6表示；50個亞型，用英文字母表示。
我國常見的丙肝基因型為1b和2a，其中以1b為主；6型主要見于香港和澳門地區。
丙型肝炎是由于感染丙型肝炎病毒而導致肝臟發生炎癥壞死和纖維化的一種傳染病，部分丙型肝炎患者可以發展為肝硬化甚至肝癌，故此病對患者健康影響極大。
HCV基因型與其致病性、肝細胞癌（HCC）發生、干擾素（IFN）、DAAs療效有一定關系。 肝硬化及肝癌患者HCV-1b型明顯高于慢性肝炎。另外慢性肝炎的HCV-1b型發現率高于無癥狀獻血員及ALT正常的個體。但未發現HCV基因型與肝病嚴重度、死亡率及肝癌發生率之間有關。
HCV-1b型復發丙型肝炎其肝病較其他基因型為重。由于每一基因型均可分布在各期肝病中，因此HCV基因型不能作為評價肝病嚴重程度的一個指標。但是與療程及治療方案有一定的關系，具體可以參考下圖：
