明朝時內閣有擬詔建議等權利，一定程度上輔助皇帝減少失誤和對皇權有一定的制約（只限于抉擇時的建議）；而清朝，內閣則實為皇帝純粹的傭仆，基本沒有權利，只是皇帝的秘書，因為清朝的君主專制帶到頂峰，沒有一個機構或者個人能阻礙（反抗）皇權（除武裝起義等），這一點清朝的軍機處表現得最為突出。
清初內閣不能和明朝，尤其是晚明內閣相提并論，它始終受到皇帝和保守滿洲貴族的嚴密監督和控制，下面兩個現象尤其值得重視：
一是內閣票擬權力受到嚴格限制。票擬是內閣權力之所在，票擬范圍的大小反映了內閣在朝廷地位的高低。清初內閣從一開始，其票擬權就頗為有限。先是言官本章“是與不是必須封進聽旨定奪”，閣臣不得過問。
不久，多爾袞又以“陳奏本章，照顧明例，殊覺遲誤”，為借口，規定：“今后部院一切疏章，可即速奏候旨遵行”，所謂“速奏”，就是“徑詣宮門陳奏”，而不是先送到內三院票擬，這就剝奪了內院對大批部本的預知權，部分恢復了關外奏議不經票擬的傳統。
順治十年（1653年），又規定：“今后凡系機密及參劾本章，俱著實封進呈”，內院由此喪失了對機密奏疏首先了解的權力。
順治十三年（1656年）規定科道以及在京各官奏折不必先送內院，而是“徑詣宮門”，順治十七年（1660年）又定：“其通政司所封各項本章，向來選送內閣發譯，今后著該衙門自行封進，聯覽過后發譯。如系密本，亦著該衙門不拘時封進。”這樣就剝奪了內閣參與重要機務的權力，將它變成了處理日常政務的官僚衙門，而不是像馮銓和洪承疇所設想的中樞輔政機構。
二是大學士的票擬直接聽命于皇帝。清初的票擬和明朝不同，不是閣臣根據自己對問題的理解提出處理意見供皇帝采納，而是揣摩皇帝的旨意起草諭旨，不可絲毫專擅。當時，大量題本由皇帝首先閱看，然后，再由內閣根據皇帝旨意擬旨，最后獲皇帝認可后下達執行。
順治十七年（1660年）五月，順治帝令：“今后各衙門及科道各官本章，俱著于每日午時進奏，候聯披覽，次日發下擬旨，以便詳閱批發。”更重要的是，和明朝“天子與閣臣不常見，有所諭，則令內監先寫事目付閣撰文”的情形不同，“世祖章皇帝親政之初，即日至票本房，大學士在御前票擬”。
《順治實錄》曾有這樣的記載：（順治十年（1653年）十月）在“太和門內擇一便室，令大學士、學士等分班入直，本章或親批，或于上前面批，若有更改之事，即面奏更改。”大學士在御前票擬，當然只能老老實實做皇帝的秘書，而不享有任何政務裁決權，故說：清初“內閣大學士沿明制主票擬，然一一皆秉上裁，大學士無權也。”
連順治皇帝也不得不承認：“爾等（大學士）職司票擬，一應章奏有成規者，爾等不過照例擬旨，凡有改正者，皆聯親裁，未能俾爾等各出所見佐聯不隸，是皆聯不能委任大臣之咎，以致爾等俱未獲盡展才猷。”這種狀況在一定程度上倒符合了明清時期設立內閣的本意，即閣臣之職，“專一視草代言，故其官謂之制誥。”
