抗食管癌中藥也同其他中藥一樣有一定的不良反應，只是發生概率較低。常見不良反應有以下幾種。
抗食管癌中藥引發的不良反應中，最常見的就是過敏反應，輕者表現為皮疹、蕁麻疹、紅斑、皮膚黏膜水泡，嚴重者出現剝脫性皮炎、過敏性休克等。
常見的藥物為蜈蚣、僵蠶、丹參等。蜈蚣的化學成分主要有蛋白質、脂肪酸、氨基酸、酶和膽甾醇等，其中活性物質絕大部分為蛋白多肽類，少數為小分子化合物或多糖類。研究表明，蜈蚣毒性主要是由組胺樣物質、溶血性蛋白質及多肽毒素等引起，可引起變態反應、溶血反應、神經毒性、肝腎毒性、過敏性休克和心肌麻痹，并可抑制呼吸中樞。臨床應用蜈蚣制劑常量治療時，部分患者可出現灼熱感、頭脹、頭暈、面孔潮紅。
劑量過大可引起中毒，中毒潛伏期為30分鐘到4個小時，主要表現為惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、全身無力、不省人事、心跳及脈搏緩慢、呼吸困難、體溫及血壓下降等。另外，抗食管癌類中藥內的動植物蛋白、多肽等可直接使人體致敏，從而刺激機體產生相應的抗體或致敏淋巴細胞，使機體呈敏感狀態。
患者臨床表現主要為抽搐、神志模糊、昏迷、麻木、眩暈等，嚴重時會出現死亡。患者中毒后會出現中樞神經興奮表現，若藥物用量較大則會導致患者出現心律失常，引發室顫。
常見的藥物如山豆根、附子等。
山豆根的有效成分為多種生物堿和黃酮類化合物，其中所含的苦參堿（含量最高，推測是主要的毒性化學成分）、氧化苦參堿與金雀化堿有類似煙堿樣作用，中毒后可致有機磷農藥中毒樣臨床癥狀，即惡心、嘔吐，重者可致肌肉痙攣或全身抽搐，甚至呼吸停止而死亡。附子的主要成分為烏頭堿，對中樞神經系統可產生先興奮后抑制作用。其中毒的機制主要是：①興奮迷走神經，表現為出汗、流涎、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、心動過緩、血壓下降、瞳孔縮小、大小便失禁及肺水腫；②對周圍神經的損害，表現為口舌及全身麻木、緊束感，嚴重者運動失靈；③心臟損害，表現為各種心律失常。
患者臨床可表現為肝功能異常、黃疸、蛋白尿、血尿、腎功能減退等。
王麗哲通過實驗研究發現：在藥典法定劑量內，細辛、威靈仙、北豆根水煎劑對腎臟功能及組織結構無影響；而以上藥物大劑量長期單用可引起腎臟功能及組織結構的改變。部分中藥可引起全身性過敏反應或溶血反應，而致急性過敏性間質性腎炎及腎功能衰竭，如水蛭、蜈蚣等引起患者溶血性反應而損害腎功能，表現為大量血尿。
另外，全蝎的主要活性成分為蝎毒素，可引起全身中毒反應，引起肝腎損傷。黃藥子的有毒成分為薯蕷皂苷、薯蕷毒皂苷，久服可引起肝功能損害。研究表明，黃藥子對肝臟的損害屬于對肝細胞的直接毒性作用，是藥物或其代謝產物在肝臟內達到一定濃度時干擾細胞代謝的結果。
患者服藥后可出現惡心、嘔吐、腹瀉、食欲不振、便秘等表現。常見的藥物有北豆根、急性子、水蛭等。其中，北豆根含山豆根堿、漢防己堿等有毒成分。
臨床出現的腸道反應，多為大便次數增多，一般反應為食欲減退或嗜睡，少數患者有腹脹、腹痛。嚴重者有全身中毒癥狀，如頭暈、惡寒、昏迷、心跳加快、血壓下降、肺水腫、呼吸抑制，甚者因呼吸衰竭而死亡。
急性子中所含的化學成分主要有甾醇類化合物，長期應用急性子，少數患者出現喉干、惡心、食欲不振等，但減量或停藥后可消失。水蛭如用量不當，也會產生毒性。水蛭的中毒量為15～30g，中毒潛伏期約1～4小時，中毒時可出現惡心、嘔吐、子宮出血，嚴重時可引起胃腸出血、劇烈腹痛、血尿、昏迷等。
患者可出現咳嗽、胸痛、呼吸困難、呼吸衰竭表現。如生半夏對口腔、喉頭和消化道黏膜有強烈的刺激作用，可致上述部位腫脹、疼痛、失音、流涎、呼吸困難，甚至窒息。
抗食管癌中藥對血液系統的不良反應表現為白細胞減少、粒細胞缺乏、彌散性血管內凝血（DIC）、過敏性紫癜和再生障礙性貧血等，嚴重者可引起死亡。
蜈蚣含組織胺樣物質、溶血性蛋白質、亮氨酸、蟻酸、脂肪油、膽固醇等。因含有的組織胺樣物質、溶血性蛋白質可引起溶血反應，故服用本品易出現頭昏、乏力、尿呈醬油色等溶血性貧血癥狀。
半夏因含有β-谷甾醇、揮發油、膽堿等有毒成分，對局部有強烈的毒性，生用或過量易引起舌、咽、口腔麻木和腫痛、流涎、張口困難等，嚴重者可窒息。
威靈仙含有的原白頭翁素具有刺激性，可使皮膚發泡、黏膜充血。
治療食管癌的黃藥子、山慈菇、皂角莢等均屬于皂苷類藥物。其中黃藥子、山慈菇具有很強的毒性，可對局部產生強烈的刺激，常引起廣泛心臟出血。
三七具有活血化瘀、止血定痛的作用，目前廣泛應用于食管癌的治療中。有文獻報道，三七皂苷對大鼠具有心臟毒性作用，皂苷類成分是三七的主要生物活性成分，大劑量的三七總皂苷有可能導致心肌的損傷，從而影響左心室順應性，改變心臟的收縮和舒張功能，引起大鼠左室內壓和左室壓力變化速率下降。
因此，大劑量使用三七時應監測患者的心臟功能。常用處理方法：對使用有毒中藥的患者，用藥前告知可能出現的不良反應，及時發現，盡早處理。對長期服用中藥的患者，就診時應注意詢問有無不良反應，定期檢查血常規、肝功能、腎功能等，出現異常應停止藥物服用，查明原因，立即就醫。患者及醫務人員不可過度追求治愈，治療劑量應循序漸進，有毒類藥物避免長時間應用，造成毒性蓄積。
