隨著腫瘤的前瞻性臨床測(cè)序在癌癥治療中的應(yīng)用，迫切需要一種臨床支持工具，能夠?qū)⑴c特定突變事件相關(guān)的臨床證據(jù)提煉成標(biāo)準(zhǔn)化且易于解釋的格式。目前已經(jīng)有很多這樣的數(shù)據(jù)庫(kù)，比如：OncoKB，My Cancer Genome和CIVIC等，在這里給大家詳細(xì)介紹另一個(gè)好用且仍在更新的癌癥基因數(shù)據(jù)庫(kù)-CKB。
杰克遜實(shí)驗(yàn)室臨床知識(shí)庫(kù)(CKB)是一個(gè)半自動(dòng)/手工管理的數(shù)據(jù)庫(kù)(https://ckb.jax.org/)，與基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(如COSMIC或cBioPortal)不同，其更側(cè)重于存儲(chǔ)來(lái)自患者臨床樣本的基因組數(shù)據(jù)，進(jìn)而可用于癌癥基因組變異的大規(guī)模分析。
杰克遜實(shí)驗(yàn)室80多年來(lái)在基因發(fā)現(xiàn)方面發(fā)揮著重要作用，從最早將癌癥確定為一種遺傳疾病研究，到今天精確醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的工作，為改善人類健康做出了很大的貢獻(xiàn)。
CKB數(shù)據(jù)概述:
CKB知識(shí)庫(kù)包含基因/變異注釋、治療、診斷/預(yù)后信息以及與腫瘤相關(guān)的臨床試驗(yàn)，不僅收錄了有關(guān)體細(xì)胞基因變異對(duì)蛋白功能影響的最新信息，還通過(guò)循證醫(yī)學(xué)證據(jù)將變異與靶向治療聯(lián)系起來(lái)。此外，CKB整理了臨床試驗(yàn)患者包括基因組改變(基因型特異性)的入組標(biāo)準(zhǔn)，目前CKB的公共訪問(wèn)版本包含85個(gè)常見(jiàn)驅(qū)動(dòng)基因。
CKB中的數(shù)據(jù)關(guān)系
CKB分子譜包含一個(gè)或多個(gè)基因變異，包括任何單核苷酸變異、插入、缺失、重復(fù)、拷貝數(shù)變異和/或表達(dá)變化。單核苷酸變異、小插入或缺失以及重復(fù)的命名遵循HGVS命名法。CKB還包含了“higher order variants”以適應(yīng)未指定的變異，如EGFR mut、EGFR act mut(用于EGFR激活突變)和EGFR exon 19 deletion。另外更復(fù)雜的分子譜可以包含來(lái)自多個(gè)基因的變異，如“KRAS G12D + PTEN dec exp + TP53 R306*”。
這些分子譜通過(guò)“分子檔案反應(yīng)”鏈接到有效的證據(jù)注釋，這些注釋由已發(fā)表的文獻(xiàn)整理而成。可以清晰地查詢到復(fù)雜分子譜與治療反應(yīng)之間的關(guān)系（圖1a）。尤其是復(fù)雜分子譜的概念的引入，使治療效果數(shù)據(jù)與多個(gè)基因組變化同時(shí)關(guān)聯(lián)，可以快速準(zhǔn)確地評(píng)估復(fù)雜的癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)，可能有助于簡(jiǎn)化臨床決策。例如EGFR E746_A750del和MET擴(kuò)增，在一項(xiàng)臨床研究(證據(jù)來(lái)源)中被證明具有該復(fù)雜突變的肺腺癌(腫瘤類型)患者對(duì)奧希替尼(治療)具有耐藥性(反應(yīng)類型) （圖1b）。
圖1
數(shù)據(jù)分布情況
對(duì)CKB中有效性證據(jù)的分析顯示， 9271個(gè)證據(jù)中有31%與復(fù)雜的分子結(jié)構(gòu)有關(guān)，其中，87.3%的證據(jù)系基于臨床前研究(圖2b中藍(lán)色條形圖之和)，12.7%來(lái)自臨床研究或臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)(圖2b中橙色條形圖之和)。在所有與復(fù)雜分子譜相關(guān)的證據(jù)中，55.1%與陽(yáng)性反應(yīng)類型相關(guān)(表明分子譜與治療反應(yīng)之間存在陽(yáng)性關(guān)聯(lián)的證據(jù))，44.9%與陰性反應(yīng)類型相關(guān)(圖2b)。
圖2
腫瘤中經(jīng)常存在復(fù)雜的基因變異，但目前大多數(shù)與癌癥相關(guān)的療效數(shù)據(jù)都顯示為在單個(gè)相關(guān)改變的背景下，因此很難判斷在腫瘤這種復(fù)雜的變異情況中的治療效果，然而該CKB數(shù)據(jù)庫(kù)，整理了各種復(fù)雜場(chǎng)景的證據(jù)解釋，并將可能影響治療效果的機(jī)制可視化，相信將能夠?yàn)榕R床決策或科研提供很大的幫助。
杭州蓮和醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)所有限公司 蓮和是清華啟迪科技服務(wù)集團(tuán)旗下子公司，專注于腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療領(lǐng)域的技術(shù)研發(fā)與基因檢測(cè)服務(wù)，服務(wù)網(wǎng)絡(luò)遍布全國(guó)22個(gè)省市。蓮和研發(fā)中心位于北京亦莊開(kāi)發(fā)區(qū)，設(shè)立杭州檢驗(yàn)所，憑借優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品和服務(wù)，獲得了國(guó)內(nèi)數(shù)百家腫瘤專業(yè)醫(yī)療機(jī)構(gòu)的高度認(rèn)可。 蓮和醫(yī)療檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室嚴(yán)格按照ISO15189：2012及CAP標(biāo)準(zhǔn)建立完善的質(zhì)量管理體系，并積極參加外部能力驗(yàn)證活動(dòng)，以滿分成績(jī)通過(guò)2018年美國(guó)病理學(xué)家協(xié)會(huì)CAP- PT能力驗(yàn)證以及衛(wèi)生部臨床檢驗(yàn)中心（NCCL）2017、2018年多次高通量測(cè)序室間質(zhì)評(píng)，并在歐洲分子基因診斷質(zhì)量聯(lián)盟（EMQN）組織的多項(xiàng)考核中取得優(yōu)異成績(jī)。 憑借強(qiáng)大的研發(fā)實(shí)力和技術(shù)優(yōu)勢(shì)，蓮和醫(yī)療與全國(guó)近300家三級(jí)甲等醫(yī)院及腫瘤專科醫(yī)院機(jī)構(gòu)建立了精準(zhǔn)醫(yī)療業(yè)務(wù)合作；支持、參與國(guó)內(nèi)各大型醫(yī)療科研30余項(xiàng)，受到廣泛關(guān)注。
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