宗祠中舉行的最隆重的儀式是對祖宗的祭祀。大多數宗族每年舉行春秋兩祭。也有此宗族只舉行春祭，也有的宗族實行四時祭祀即每年春、夏、秋、冬各祭一次，具體時間無統一規定，多在民間傳統節日。如：清明、夏至、秋分、冬至進行。遇有子孫科舉、或晉升官爵、或受朝廷的恩榮賞賜，也可開祠堂特祭。在祠祭日的前夕，有關執事人員應清掃宗祠，布置祠內的享堂，并按照本族的祭規準備好各色祭品。祭品不應過奢，但也不得數量不足，或質量稍次。大祭前執事的子孫應先期練習祭儀，“務令駿奔嫻熟，贊唱清朗”，不得在祭祀時弄出差錯。并有明確分工：有主祭人、分祭人、司贊、司祝、司爵、司筵、糾儀等執事人員，分別負責主持、司儀、讀祝詞、管祭品、祭器、糾察紀律等。在祠祭日，合族成年男子都應與祭。即便散居到數十里、數百里以外，每年或每兩三年也須與祭一次。族眾于祭日的清晨務必風雨畢集，不得遲到。與祭者必須身著禮服，衣冠整肅，不得蓬頭赤足，或身著短衣小帽。同時，不少宗族除禁止婦女入祠與祭外，還禁止孩童與祭。這是唯恐小孩不懂事，會吵鬧、搗亂，破壞祭祀的肅穆氣氛。祭祀開始后，族眾應依照輩份來列隊，不得先后羼越。在按祭規行禮時，不得草草敷衍，也不得亂言、戲謔、喧嘩。
祭祖的原則是“必豐、必潔、必誠、必敬”。其中最根本的是“敬”，就是對冥冥之中的祖先心存敬畏，虔誠信奉，“事死如事生”。祭祀祖先最主要的禮儀是“三牲、三獻”與“尸祝”。“三牲”是指牛、羊、豬三種供品，也稱“太牢”，古代只有帝王、圣賢才能享用。二品以上官員可用豬羊各一只，五品以上用羊一只，五品以下人家，只用豬一只，豬羊供品，統稱“少牢”。三獻是“初獻、亞獻、終獻”三道上供程序。“尸祝”，是指代替死者受祭象征死者的人，稱為“尸”，對“尸”致祝辭和為鬼神傳話的人為“尸祝”。“尸”一般由臣下或晚輩充任，后世改為用神主、畫像來代替。
祭祖的大致程序是：①主祭人向祖宗神位行禮；②族長離開享堂，迎接犧牲供品；③初獻，在供桌上擺放筷子、匙勺、盞碟；④宣讀祝辭；⑤焚燒明器紙帛；⑥奏樂；⑦族人拜祖；⑧二獻，上羹飯、肉；⑨三獻：上餅餌菜疏、果品；在初獻、二獻、三獻之間，都有上香、禮拜等儀式；⑩撤走供品；⑾族人會餐(古人稱為享胙)，分發供品(也稱散胙)。
但在實際祭祖程序中，三牲、供品、祭器擺放都是事先陳設整齊，屆時由主祭人帶領族人跪拜、致詞。程序上大為減化。
祭祖的經費開支，一般由族田、族產公共收益中支出，若有不足部分則由族人捐助或攤派。
宗祠，除祭之外，還是處理族中重大事務和族人糾紛的場所，多由族長主持，約集眾人，按族規家法進行處置，因而宗祠也就成為行使族權的場所，具有宣揚教化倫理、凝聚約束族人的重要功能。
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