作為中醫現代化的重要組成部分，中藥現代化的主要方向就是要創制現代化的新藥。從近半個世紀的中藥現代化歷程來看，這種現代化的新藥又分兩類，一類是具有現代化藥劑型的中成藥，比如復方丹參滴丸、清開靈注射液等；一類則是直接從單味中藥或者復方制劑中解構出單體化合物，并通過結構修飾，將其開發成為能夠用于治療疾病的新藥，比如青蒿素、黃連素等。青蒿素不僅以其治療瘧疾的確切效果為世界各國臨床醫生所使用，更以其主要發明人屠呦呦教授被授予諾貝爾醫學獎而為中國人所熟知。由于青蒿素是從中藥材青蒿中分離出來的藥物，許多分不清中西藥類別的人士就將其視為中藥，并認為青蒿素的研制成功是中醫藥領域現代創新的重大成果。如果說青蒿素是中藥，那么從麻黃里提取出來的麻黃素、從黃連中提取出來的黃連素是不是中藥？從中藥中解析單體化合物能成為中藥現代化的主要研究方向嗎？
在回答上述問題之前，我們首先要清楚中藥與西藥的各自定義以及本質區別。只有給出中藥分類的判定標準，才能準確地判定青蒿素、麻黃素以及黃連素這些源于中藥的化合物是不是中藥。按照教科書的定義，中藥就是來自于天然，采用性味歸經、升降沉浮、毒性、功能主治等中藥理論進行詳細描述，并在中醫理論指導下應用于臨床治療和養生保健的藥物。西藥則是相對于中藥而言，一般通過化學合成方法制成或從原生自然物中分離制成，并采用分子結構、理化性質、藥理毒理、適應癥以及毒副作用、不良反應等西藥理論完整表達，在西醫理論指導下應用于臨床治療和預防的藥物。對比中西藥各自的定義，我們不難判定包括青蒿素在內的中藥提取化合物都應屬于西藥。青蒿素的抽象內涵是由西藥理論來表達和規范的，而且始終是在西醫臨床上應用，具備所有西藥的共同特征。
從中西藥所使用的藥物形態差異可以看出，中藥一般是直接以原生的整體形態入藥，而西藥則是以建構的單體化合物實體入藥。那么西藥為何必須將原生的動植物材料破壞掉，通過從中解析出次級或者更加低層級形態的化合物單體，才能將這些化合物單體開發成療效確切的藥物，而不是直接像中醫那樣將原生態的植物整體入藥，用于臨床治療疾病？其實，西醫西藥的發展并沒有脫離其理性主義文化的母體，受制于原子主義和理性主義兩大特征，還原思維和邏輯建構貫穿著西藥誕生與發展的全過程。從古希臘自然哲學開始，西方哲學就否定人類視野直觀到的自然物，認為這些時時刻刻都處在變化過程中的自然現象是靠不住的，必須將其還原成為靜止和不變的本體狀態，才能認知這些事物的本質，這就是西方文化原子主義的根源。古希臘原子主義歷經恩培多克勒的四元素說、德謨克利特的原子論，導向近代歐洲的唯物主義哲學的物質概念，始終主宰著西方理性主義文化的方向。尤其是歐洲近代化學家在原子論的主導下通過解析自然物分離出更低層級的化合物，便開啟了西藥的現代用藥歷史。西藥的藥物形態恰是西方還原思維的產物，還原思維決定了西方人否定自然物原生態入藥，必須從中分離出有效的單體化合物。
屠呦呦教授從中藥青蒿中分離青蒿素并對分離單體進行重新建構是嚴格按著西藥研發的思路和理論進行的，與其他傳統西藥的分離與重新建構的過程并沒有本質的區別。唯一不影響藥物屬性的區別就是屠呦呦教授在研發過程中受到了晉代醫學家葛洪所著《肘后備急方》的啟發。青蒿素經過結構修飾之后制成特定的劑型，并完全通過西藥的理論描述，一直用于西醫臨床治療瘧原蟲感染引起的瘧疾。從臨床反饋來看，瘧原蟲對青蒿素的耐藥性已經開始出現，而耐藥性正是西藥的特征。由此可見，即使青蒿素是在中醫典籍的啟示下從中藥材中解析出來，也改變不了化學藥物的屬性。豈止是青蒿素，所有那些從中藥材與中藥中解析出來的單體化合物做成的制劑都是化學藥物，而不是中藥。從原生植物中解析出單體化合物入藥本來就是西藥研發的主要途徑，但在中醫藥古典文獻的啟發下，有目的地選擇中藥材去提取有生物活性和治療作用的化學藥物，屬于中國化藥學界研發新藥的獨特的優勢，浩如煙海的中醫藥文獻為廣大研究中藥材的化學分析技術人員提供了豐富的資源。
受科學主義意識形態的影響，醫政管理部門與中醫主流學界都將從中藥中解析單體化合物作為中藥現代化的主要方向。這種戰略意識的本質還是以西藥理論為標準，即現代化的中藥就應該有現代西藥那樣的研制方法和實體形態。對科學主義的篤信遮蔽了中醫主流學界對這種思路正確與否的反思，導致人們在這條錯誤的西化路徑上越走越遠。中藥的本質就是其原生形態下由自然界賦予的自然屬性，比如四氣五味，一旦被解構還原成單體化合物，就異化成為了非本質的他者。這種現代化不是中藥的發展，而是中藥的廢除。幾千年積累下來的無以計數的中藥品種，最后被現代化成為為數不多的具有耐藥性的化藥，這難道就是我們所要的現代化嗎？發展中醫中藥本來是為了更好地防治疾病，如果這種異化性的現代化發展方向違背了中醫藥自身發展規律和文化特征，也就喪失了其初始被賦予的意義。
要想對某種事物做出準確的判斷，必須要遵守該事物所內涵的本質和文化特征，決不能根據自我意識中的非理性情感對其進行曲解。不管從中藥中解析出來的化合物具有多么顯著的防治疾病的作用，它們都是不折不扣的西藥。這種研發方向屬于西藥范疇，而不是中藥范疇。如果中醫主流學界還在受制于科學主義的意識形態，繼續強化這條“中藥現代化”的路徑，或許達到廢醫派所提出的“廢醫廢藥”的目標真的會為期不遠。
