腸道微生物是一種奇特的存在，人和人之間的基因組相似度達到99.9%，但體內微生物組相似度只有10%。人體腸道中的細菌總數驚人的龐大，菌群過于復雜，據推測，一個正常成人體內，腸道內的細菌總重量可達1-1.5千克，包含的細菌數量則可以達到10^14個。而一個成年人自身的細胞數量為10^13個，也就是說，居住在我們腸道內的細菌數量，是人體細胞總數的10倍！有益的腸道細菌不僅可為機體提供少量的維生素,還可促進機體無法自己完成的一些代謝過程的順利進行,有時還可保護機體免受外來入侵物質的攻擊。
據報道，近時間一項研究發現經典降糖藥物二甲雙胍降血糖的機理可能與腸道微生物有關。研究發現二甲雙胍可能通過豐富在人類身上具有抗炎作用的人體腸道物種粘蛋白、多種與短鏈脂肪酸等改變了腸道微生物的組成，進而產生降糖作用。而且研究發現2型糖尿病患者不論來自哪個國家，他們所含的能夠產生短鏈脂肪酸（具有健康促進作用）的細菌水平都較低。研究人員正在調查，是否缺乏產生脂肪酸的腸道細菌的某些組合是引發2型糖尿病的因素之一。
腸道微生物由于數量龐大，菌群復雜，在人體內的作用至今不完全明確，早前研究就發現腸道細菌具有各種奇特的作用。
1.腸道微生物導致肥胖
越來越多的證據開始表明，人體腸道中的細菌或其他微生物，甚至是病毒可以影響人的體重。研究者們發現，那些腸道中微生物善于分解食物的人比較容易發胖，因為勤快的微生物消化食物時讓你得到的卡路里比那些低效率不能有效消化食物的微生物更高，這就讓易肥胖者的身體將得到更多的熱量。
2.腸道細菌能提高人的智商
英國一名科學家通過實驗發現，腸道細菌竟能提高人的認知能力，助人“漲姿勢”、提智商。對于這項研究，美國一名神經精神病專家認為，腸道微生物組的確對人類的行為有很大的影響。他說：“這種說法非常驚人。毫無疑問，基于我們的了解，腸道微生物組很有可能讓人變得更聰明。”
3.腸道細菌能影響人的情緒，甚至行為模式
有證據顯示，腸道菌群的結構變化甚至可以影響機體的行為模式。一直以來，情緒的研究都離不開大腦神經系統。現在研究發現，病原微生物能夠影響宿主的大腦和行為，甚至誘發精神疾患。控制人類以及某些哺乳動物情感的五羥色胺、多巴胺以及多讓人情緒愉快的激素，95%是在腸道里面合成的，情緒的很大部分受腸道神經系統影響。因此，腸道有人類“第二大腦”之稱。
例如，在世界十大醫療疾病負擔中排名第四的抑郁癥就與腸道密切相關，因為微生物失調導致色氨酸減少，相應的影響人行為的神經遞質五羥色胺減少（色氨酸是五羥色胺的前體），從而引發抑郁。而且，應激性生活事件是引起抑郁的一個重要因素。各種形式的應激，不管是心理社會的還是生理物理的，都能夠改變腸道菌群，引起乳酸桿菌和雙歧桿菌數量減少，特別是雙歧桿菌對應激尤其敏感。
