自從公司注冊資本實繳登記制改為認繳登記制后，對于股權轉讓原值的確認，特別是轉讓未實繳出資的股權，如何確認其取得股權的原值，也就成了征納雙方爭議較大的問題。
萬利有限公司股東劉先生于2015年11月將其持有的該公司的25%股權（股東約定認繳現金資本300萬元，劉先生占25%應出資75萬元，實繳0元）以人民幣0元轉讓給黃女士。萬利有限公司注冊資本300萬元、實繳資本0元，2015年10月《資產負債表》列報：所有者權益100萬元（實收資本為0元，未分配利潤為100萬元）。
對于劉先生本次轉讓股權的個人所得稅問題，有兩種意見：劉先生認為，其本次轉讓股權收入為0元，實繳資本也是0元，無轉讓所得，也就無需繳納個人所得稅。而主管稅務機關認為，對于劉先生本次轉讓股權，應核定其轉讓收入征收個人所得稅。
國家稅務總局2014年第67號公告發布的《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》（以下簡稱“稅總67號公告”）對個人轉讓股權的個人所得稅計算問題作了相應規定。
第十一條規定，對于申報的股權轉讓收入明顯偏低且無正當理由的，主管稅務機關可以核定股權轉讓收入。第十二條規定，申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額的，應視為股權轉讓收入明顯偏低。第十四條規定，對于需要核定股權轉讓收入的，主管稅務機關應依次按照凈資產核定法、類比法以及其他合理方法核定股權轉讓收入。
第十五條和第十六條規定了“以現金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值”等六種確認個人轉讓股權原值的方法。
就本案而言，萬利有限公司2015年10月《資產負債表》列報的凈資產（所有者權益）為100萬元，劉先生擁有目標公司25%的股權，所對應的凈資產份額為25萬元（100萬元×25%=25萬元）。劉先生以0元轉讓其所有的股權，明顯低于其所有的股權對應的凈資產份額，且不符合“稅總67號公告”第十三條所列股權轉讓收入明顯偏低行為“視為有正當理由”的四種情形中的任何情形之一。因此，應按“稅總67號公告”的相關規定核定其本次股權轉讓收入并計算其轉讓所得。
關于股權轉讓的收入，“稅總67號公告”第十四條規定的依次核定股權轉讓收入的三種方法中，第一序列為凈資產核定法，即股權轉讓收入按照每股凈資產或股權對應的凈資產份額核定。本案中應按劉先生轉讓股權對應的凈資產份額25萬核定其股權轉讓收入25萬元。
關于取得股權的原值，“稅總67號公告”第十五條規定，對于以現金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認個人轉讓股權的原值。本案中劉先生為認繳現金出資75萬元（300萬元×25%=75萬元）取得相應股權，但因其出資額并未實際到位即實繳出資為0元，也即取得股權時實際支付的價款為0元，因此其所轉讓股權的原值（不考慮轉讓費用）為0元。
據此，劉先生本次轉讓股權，應以股權轉讓收入減除取得股權時的原值和合理費用后的余額為應納稅所得額（股權轉讓所得），按“財產轉讓所得”繳納個人所得稅5萬元。具體計算如下：
應納稅所得額=100萬元×25%－0元=25萬元；
應繳個人所得稅=25萬元×20%=5萬元。
對于股權轉讓行為，應當按照公平交易的基本原則確定股權轉讓收入。轉讓方因股權轉讓，在轉讓當期或后續期間獲得的各種形式及名義的現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益等均為股權轉讓收入。同時，現行稅收政策對違反公平交易原則或不配合稅收管理的納稅人規定了稅收保障措施，即由主管稅務機關依規定的核定方法順序核定股權轉讓收入。
秉承計稅基礎相銜接的原理，取得股權的原值應按照納稅人取得股權時的實際支出進行確認。特殊情形下，按轉增額或原持有人的股權原值或稅務機關核定的前次轉讓方股權轉讓收入進行確認。從而使得整個轉讓環節前后銜接，避免重復征稅。
在認繳登記制實行后，應按股東所轉讓股權份額與其認繳出資取得的全部股權份額的比例與實際繳付出資額之積計算所轉讓股權的原值。
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