引起消化不良：豆腐中含有極為豐富的蛋白質，一次食用過多不僅阻礙人體對鐵的吸收，而且容易引起蛋白質消化不良，出現腹脹、腹瀉等不適癥狀。
促使腎功能衰退：在正常情況下，人吃進體內的植物蛋白質經過代謝變化，最后大部分成為含氮廢物，由腎臟排出體外。人到老年，腎臟排泄廢物的能力下降，此時若不注意飲食，大量食用豆腐，攝入過多的植物蛋白質，勢必會使體內生成的含氮廢物增多，加重腎臟的負擔，使腎功能進一步衰退，不利于身體健康。同理，腎病患者也不宜多吃豆腐。
促使動脈硬化形成：美國醫學家指出，豆制品中含有極為豐富的蛋氨酸，蛋氨酸在酶的作用下可轉化為半胱氨酸。半胱氨酸會損傷動脈管壁內皮細胞，易使膽固醇和甘油三酯沉積于動脈壁上，促使動脈硬化的形成。
導致碘缺乏：制作豆腐的大豆含有一種叫皂角苷的物質，它能促使人體內碘的排泄過盛，長期過量食用豆腐很容易引起碘缺乏，導致患上碘缺乏病。
促使痛風發作：豆腐含嘌呤較多，嘌呤代謝失常的痛風病人和血尿酸濃度增高的患者多食豆腐易導致痛風。
豆腐+海帶=預防碘缺乏
專家主張將海帶或其他含碘高的海產品與豆腐為伍。因為豆腐中含有一種皂角苷的物質，此物雖可防止能引起動脈粥樣硬化的氧化脂質產生，卻會引起體內碘的排泄，長期食用易引起碘的缺乏。若海帶與豆腐同煮，就兩全其美了。
豆腐+魚頭=提高鈣吸收
豆腐雖富含鈣質，但若單食豆腐，人體對鈣的吸收利用率頗低。若為豆腐找個含維生素D高的食物同煮，借助維生素D的作用，便可使人體對鈣的吸收率增高。例如魚頭燒豆腐，此菜不僅味道鮮美，而且搭配得非?？茖W。因為魚頭內的維生素D可提高人體對豆腐中鈣的吸收利用率。
