2月底和3月初，作為重大專項哨點醫院之一的上海市(復旦大學附屬)第五人民醫院呼吸科主任揭志軍在診療過程中，發現一例不明原因重癥肺炎患者，他迅速啟動會診程序，并以課題標本形式將該病例的標本送至上海市(復旦大學附屬)公共衛生臨床中心病原應急檢測和生物安全部進行重點檢測。

　　接到這一標本后，復旦大學上海醫學院醫學分子病毒學重點實驗室主任袁正宏研究員和公衛中心實驗室主任胡蕓文副主任技師作為課題負責人和主要骨干帶領實驗室團隊，立即開展了病原學篩查和進一步的致病原鑒定。經過病原學篩查，未檢出新型冠狀病毒、SARS冠狀病毒和人高致病性禽流感病毒(H5N1)。于是他們推測此病毒不同于目前已知可感染人類的流感病毒，可能是一種新型流感病毒。隨即，實驗室又采用多種策略擴基因片段并進行序列分析，以搞清病毒基因序列特征和可能的來源。后根據獲得的核酸序列和反復的驗證，提示此病毒可能是一種以H9型流感病毒為基因骨架，同時含有多種流感基因片段的重配毒株。

　　取得此突破性進展后，他們在第一時間向上海市衛生局等匯報新型流感病毒研究情況及防控建議，得到上級主管部門的高度重視。

　　3月22日，上海市(復旦大學附屬)公共衛生臨床中心實驗室在上海疾病預防控制中心的配合下，向中國疾病預防控制中心送檢病例標本，實驗結果得到中國CDC的復核和確認。

　　3月29日，中國疾病預防控制中心從患者的標本中分離到H7N9禽流感病毒。3月30日，中國國家衛生和計劃生育委員會組織專家，依據病例的臨床表現、實驗室檢測和流行病學調查結果，最終診斷為人感染H7N9禽流感確診病例。

　　3月31日，國家衛生和計劃生育委員會正式通報此次人感染的H7N9禽流感病毒是全球首次發現的新亞型流感病毒，既往僅在禽間發現。

　　對于這次新發現的禽流感病毒，該論文表示，新的重配H7N9禽流感病毒的流行潛力不能低估。新型H7N9禽流感病毒還會在什么時間、什么地點以及如何出現，仍沒有科學的證據和解釋。由于目前該病毒感染造成的高病死率，作者提倡在加強保護措施的同時也要加快針對新H7N9禽流感病毒疫苗和抗病毒藥物的研發。最重要的是，由于流感病毒非常容易突變，因此要對該病毒的進化行為密切關注，尤其要嚴密監測可能在人之間的傳播。