甲型肝炎病毒主要經糞-口傳染,也可通過血液和分泌物傳染.在潛伏期糞便中有病毒排出,而且常在臨床癥狀出現后幾日,大便中即停止排出病毒.因此當臨床確診時,傳染期已過.這種病毒通常通過水和食物傳播而流行,特別是在不發達國家更常見.食用污染水中的貝殼類動物也可導致該病流行.散在發生的病例常常是由于人與人的接觸性傳染所致.大多數受染者無明顯的臨床癥狀.人群抗HA調查表明,該病毒感染很廣泛,而且隨著年齡,經濟狀況,地理條件及其他因素而異.在某些國家,75%以上的成年人幾乎都感染過甲肝病毒.

乙型肝炎病毒通常是經過腸道外途徑傳播,其典型的傳播途徑是輸入污染的血及血制品.對獻血者作HBsAg的常規檢查已使輸血后HBV感染大大降低,吸毒者共用針頭的傳播仍是一個重要問題.腎透析和腫瘤治療單位的患者感染此病毒的風險增加,而且醫務工作者接觸血液時也易受感染.另外,這種病毒也可在異性戀和同性戀者以及被囚禁者(如精神病患者和罪犯)中擴散,但傳染性遠低于甲型肝炎病毒,而且感染的方式也不清楚.昆蟲叮咬在傳播中的作用仍不清楚.許多散在發生的急性乙型肝炎病例沒有明確的傳染源.抗乙肝病毒表面抗原的調查表明,盡管乙肝病毒不像甲肝病毒那樣廣泛傳播,但未發現的乙肝病毒的感染也很常見.

慢性乙肝病毒攜帶者是世界范圍的乙肝病毒傳播源,其流行性隨地理環境和其他因素不同而有很大的差異,北美和北歐＜0.5%,而在遠東地區則＞10%. 母嬰垂直傳播也是擴散的部分原因,這種情況尤見于高發區

HBV與很多肝臟疾病有關,從亞臨床型的攜帶者到急性肝炎,慢性肝炎,肝硬化,甚至肝細胞肝癌.它還和許多原發的非肝臟疾病,如多結節性動脈炎,其他膠原血管疾病,膜性腎小球腎炎,混合性冷球蛋白血癥,幼年型丘疹樣肢皮病有關,但病毒所起的作用還不清楚,但在部分患者體內發現含有病毒抗原的免疫復合物在組織中沉積.

輸血后肝炎中至少有80%是由HCV引起的,在散發性急性肝炎中占很大比例.許多慢性肝炎,原因不明的肝硬化,與HBV無關的肝細胞肝癌皆由HCV引起.HCV常常通過輸血或吸毒而發生血行感染,也可以經過性傳播或母嬰垂直傳播,但較HBV要少見.一部分看似健康的人是HCV的慢性攜帶者,他們有亞臨床型的慢性肝炎,甚至肝硬化.HCV的流行隨地理位置和其他流行病學因素如吸毒等而異.

HCV與混合性冷球蛋白血癥,皮膚卟啉癥(大約60%~80%的卟啉癥患者有HCV感染,但僅有少數HCV病人發生卟啉癥),腎小球腎炎及其他免疫性疾病的發生有關,其機制不明.另外,25%的酒精性肝病患者也有HCV感染,這種相關性的原因不明,因為酒精和藥物的濫用僅與一部分病人有關.HCV可能與酒精協同作用,加重酒精導致的肝損害,反之亦然.

HEV偶爾與非發達國家急性肝炎的流行有關,這種流行性與HAV相似,自發性發生的病例也有,可能通過腸道傳播.一些散在的急性和慢性肝炎的原因仍無法解釋,無疑是由HGV或其他未知的非-甲-戊型肝炎引起.

甲型肝炎病毒感染約2~6周的潛伏期,乙肝病毒感染約6~25周,丙肝病毒約3~16周.盡管甲型肝炎在兒童和年輕人常見,但各型肝炎在所有年齡組均可感染發病。