1864年7月19日，在南京（太平天國天京）城外苦戰兩年多的湘軍吉字營統帥曾國荃用部將李臣典的土辦法，也即死對頭太平軍慣用的“穴地攻城法”，從城外挖地道至城下，趁夜偷運進3萬斤炸藥，將竹竿鑿通串聯，將導火索貫穿其中，點燃后炸塌了太平門，最前邊的湘軍突擊隊也被炸倒一片，后隊踏著同袍的尸體蜂擁沖入城中，天京陷落。歷史驚人相似，十幾年前太平軍也是用相同的辦法一舉攻克南京城的。
湘軍吉字營官兵殺入南京城后，在曾國荃的默許下，對南京進行了“燒、殺、搶”的政策。首先是縱火焚燒。太平軍殘余守軍大多在負隅頑抗，與湘軍進行殘酷的巷戰，一幢幢房屋、一條條巷道就成為他們依托的據點，湘軍為了避免重大傷亡，干脆施以火攻，城中到處燃起熊熊大火，硝煙四起，遮天蔽日。
史載，湘軍入城后，燒殺搶掠了3天3夜， 大肆屠殺城中軍民，大小街道上到處都是倒斃的僵尸，血水橫流，慘不忍睹。5天后，即7月24日，整個金陵城到處是殘垣斷壁，遍地伏尸，“尸骸塞路，臭不可聞”，昔日繁華的“六朝古都”儼然已是人間地獄。
曾國藩從安慶趕到南京后，看到遭受浩劫的金陵城以及慘烈的殺戮情形后，也認識到了問題的嚴重性。他在寫給清廷的一份奏折中說：
“三日之內，斃賊十余萬人，秦淮河尸首如麻，水帶赤色。凡偽王、偽王將、天將及大小頭目約有三千余名，死于敵軍之中者居其半，死于城河溝渠及自焚者居其半”。
據《清史稿》記載，被殺戮的天京軍民共計13萬多人，秦淮河上浮尸如麻，竟阻塞了河道，以至河水為之不流。據記載，天京太平軍防守力量被消滅殆盡后，曾國荃仍不張榜安民，繼續縱兵搶掠城中官衙、商鋪、民居，平民受害最深。湘軍將士將腦袋別在褲腰帶上與太平軍血戰這么多年，為的不就是升官發財嗎？在曾國荃的縱容下，他們各顯其能，無所不用其 極，有“剝取賊身囊金者”，“有發掘賊館窖金者”，即身上攜帶的，家中藏匿的，乃至秘密挖窖、掩埋的金銀財寶，無一幸免。
事件親歷者、曾氏兄弟的幕僚趙烈文在日記中曾這樣描述湘軍吉字營在南京城大肆搶掠得情形：
“蕭孚泗在偽天王府，取出金銀不貲，即縱火燒屋以滅跡（毀滅證據）”。
曾國藩聽趙烈文匯報后，親自到場驗看，發現趙所說句句屬實，甚至更嚴重：
“至偽天王府一看，規模俱仿宮殿之別，而焚燒無一存者”。
據記載，熊熊大火共持續了8個晝夜，要不是8天后突然降下大雨，大火不知要燒到何時方可熄滅。據當時在南京的比利時傳教士描述，經過這場大火，南京城幾乎被燒作一片廢墟，想找到一幢完整的建筑都難。曾國藩的女兒曾紀芬也曾這樣描述道：
“九月朔日，全眷赴寧（江寧，即南京），初十日入督署，亦偽英王（陳玉成）府也。方師之入城也，搜捕余黨，悉焚其巢穴，巨廈多為煨燼，洪秀全所居天王府更為無淪矣。惟陳玉成以先死，其府獨空，遂未被災，故暫以之為督署 ”。
據趙烈文說，精壯長毛除抗拒而被殺外其余死者寥寥，大多數被俘虜后為湘軍兵勇扛抬戰利品出城，或引領湘軍兵勇去挖掘窖金，得到財物后即被釋放。被殺戮的絕大多數是城中老弱婦孺 ——
“其老弱本地人民不能擔又無窖可挖者，盡情殺死，沿街死尸十之九皆老者，其幼孩不滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以上一人俱無。老者無不受傷，或十余刀，數十刀，哀號之聲達于四遠。其亂如此，可為發指 （能靜居日記） ”。
湘軍不僅殺人如麻，專殺老幼，因不能肩扛手提，不能指點窖藏，還大肆強擄和奸淫婦女，以至“婦女四十歲以下一人俱無”。總兵李臣典立下了破城第一功，但一個月后便一命嗚呼，據說是夜御十女，最終身子被掏虛，病重身亡 ——
“公恃氣壯氣盛，不謹疾之由 ”。
湘軍在南京城內燒殺搶掠了好幾天，城內死傷慘烈，隨后饑荒嚴重，遍地死尸，天熱腐臭熏人，僥幸不死的百姓已無法生存，都想方設法以逃出城去。
曾國荃下令緊閉南京8門，只開南門讓百姓出逃。于是城中居民紛紛涌向南門，身上貼身攜帶的金銀細軟盡被守門兵勇搜去。士兵搜得財物，必須交給官長，再由諸將一級級收繳，最終曾國荃拿大頭，其余一層層下發，規矩是官多兵少。如此一來，湘軍官兵皆大發橫財。
以十幾萬生靈慘遭涂炭為代價，曾氏兄弟及其湘軍將領們不僅個個暴富，還得以加官進爵，光宗耀祖。
