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目前臨床用于輔助治療糖尿病的益生菌主要為厭氧雙歧桿菌和耐氧乳桿菌屬。益生菌可以通過改善代謝性疾病致病環境，恢復腸道微生態平衡，結合降血糖藥物，預防和延緩2型糖尿病進展及降低并發癥的發生。
近年研究發現，對2型糖尿病患者采取益生菌制劑進行輔助治療所取得的效果顯著。使用益生菌患者的血糖、血脂水平會出現明顯改善，患者空腹血糖、糖化血紅蛋白水平降低，增加血液中的高密度脂蛋白膽固醇。尤其體現在腸道菌群的平衡性的調整方面，可降低腸道pH值，有助于抑制腐敗菌（如大腸桿菌、梭狀芽胞桿菌）生長，促進患者疾病的康復。
雖然益生菌的有效性確切，但不同種類益生菌效果差異以及最佳劑量并不明確，如需服用益生菌制劑建議在醫生指導下進行。