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商業秘密作為知識產權的一種，其與專利、商標、著作權的保護一樣，即行政保護和司法保護制度并行。實際上，商業秘密行政查處案件的數量遠遠少于商標和著作權行政執法的案件數量。其基本原因在于，商業秘密往往涉及技術問題，與直觀上就可以進行甄別的商標侵權和著作權盜版案件相比，技術比對問題較為復雜。這類案件的查處往往需要借助司法鑒定部門的鑒定意見，但經過了證據保全、鑒定及后續的司法復審程序，行政執法程序較之于司法程序的優勢，如糾紛處理速度快、程序相對便捷等優勢可能不再明顯。隨著“雙創”活動的深入開展，如何平衡商業秘密保護與自由擇業、涉密者競業限制與人才合理流動之間的關系，對于企業、執法者均提出了很高的要求。實踐中，解決侵犯商業秘密糾紛的行政處罰手段多適用于客戶名單等相對直觀、簡單的侵犯經營信息案件，而將之適用于涉及技術信息的案件時，應審慎待之。行政處罰手段多適用于客戶名單等相對直觀、簡單的侵犯經營信息商業秘密案件，而將之適用于涉及技術信息的案件時應慎重。
侵犯商業秘密行為行政查處基本綱要
侵犯商業秘密行為由縣級以上工商行政管理機關認定處理，依照《中華人民共和國反不正當競爭法》規定，責令停止違法行為，處以1萬元以上20萬元以下的罰款；同時，工商行政管理機關有權處理侵權物品：責令并監督侵權人將載有商業秘密的圖紙、軟件及其他有關資料返還權利人；監督侵權人銷毀使用權利人商業秘密生產的、流入市場將會造成商業秘密公開的產品。但權利人同意收購、銷售等其他處理方式的除外。
具體在進行侵犯商業秘密工商投訴時應按照如下步驟進行：
一、管轄
對不正當競爭行為，由違法行為地或違法行為人所在地的工商行政管理機關管轄，同時，侵犯商業秘密的行為由縣級以上工商行政管理機關認定處理。縣(區)、市(地、州)工商行政管理機關管轄本轄區內發生的案件;省、自治區、直轄市工商行政管理局管轄本轄區內發生的重大、復雜案件：國家工商行政管理局管轄跨區、重大、復雜案件以及根據職權應當查處的案件。
二、證據
請求人主張其商業秘密受到侵害，應提供商業秘密及侵權行為存在的證據。為提高行政執法效率和維護社會正常經濟秩序，工商行政管理機關可主動檢查，被檢查的單位和個人及利害關系人、證明人，應如實向工商行政管理機關提供證據。故意銷毀、隱匿、轉移證據，或故意制造虛假證據的，應承擔必要的法律后果。
三、緊急行政強制措施
工商行政管理機關應權利人請求，并由權利人自愿出具對后果承擔責任的書面保證，可以采取下列強制措施：
1.扣留被申請人以不正當手段獲取權利人的載有商業秘密的圖紙、軟件及其他有關資料;
2.責令被申請人停止銷售使用權利人商業秘密生產的產品。
采取行政強制措施或解除行政強制措施，應當經縣級及縣級以上工商行政管理局局長(含副局長)的批準。對采取強制措施，被強制人可以請求復議，但復議期間不停止強制措施的執行。
四、行政調解
請求人可以就損害賠償問題，向工商行政管理機關提出調解要求，工商行政管理機關可以進行調解，但被請求人沒有義務必須接受，請求人也可以直接向法院請求損害賠償。
五、行政處罰
商業秘密權人請求查處侵權行為應提出書面申請，工商行政管理機關應當在收到申請之日起10日內，作出受理或不受理的決定。對確認存在商業秘密侵權行為的，可給予行政處罰，包括：(1)責令停止侵權;(2)根據情節可處l萬元以上20萬元以下的罰款;(3)處理侵權物品。
《關于禁止侵犯商業秘密行為的若干規定》第7條明確工商行政管理機關在處罰時，對侵權物品可以做如下處理：(1)責令并監督侵權人將載有商業秘密的圖紙、軟件及其他有關資料返還權利人。(2)監督侵權人銷毀使用權利人商業秘密生產的、流入市場將會造成商業秘密公開的產品，但權利人同意以收購、銷售等其他方式處理的除外，
對侵權人拒不執行處罰決定，繼續實施侵權行為的，視為新的違法行為，從重予以處罰。
六、復議或起訴
當事人對于行政處罰決定不服，可在知道該決定后的60日內提出復議申請，復議申請由工商管理機關的復議機構審查決定。對復議機構作出的復議決定不服的，當事人應在收到復議決定書之日起，15日內向人民法院提起行政訴訟。
對工商管理機關采取行政強制措施、行政處罰不服，可以直接向人民法院提起行政訴訟，期限是自知道該強制措施、行政處罰之日起3個月內。
七、執行
侵犯商業秘密權的侵權人對于生效的行政處罰決定或復議決定，必須執行。逾期不起訴又不履行復議決定的，工商行政管理機關應當依法強制執行，或申請人民法院強制執行。
在實際操作中，進行侵犯商業秘密行為的行政投訴經常會面臨以下問題：
一是級別管轄。商業秘密案件和專利案件一樣，往往涉及復雜的技術問題，相關的民事糾紛通常由中級以上人民法院管轄。而侵犯商業秘密的行政處罰權卻在縣級以上人民政府工商部門。技術難度相似的案件管轄級別不同，讓此類案件辦案質量無法保證，國家應當對相應法律規定予以修改，以體現行政訴訟的公平。
二是鑒定意見。商業秘密的認定往往有賴于有資質的鑒定機構提供的鑒定意見。在訴訟程序中，鑒定意見作為訴訟證據的一種，需要經過雙方當事人的質證，并由法院在此基礎上確定是否采納鑒定意見。而在行政處罰程序中，由相關行政機關委托鑒定，并基于鑒定意見作出處罰決定。將事實調查的權力交由鑒定機構行使，事實上是將解決案件的一部分權力讓渡給鑒定機構，一旦鑒定機構或鑒定結果出現問題，讓行政執法風險增高。
三是證明標準。商業秘密行政處罰案件中，行政機關通常適用國家工商總局《關于禁止侵犯商業秘密行為的若干規定》的相關規定。其中，工商部門對是否構成侵犯商業秘密采取的是“推定原則”，即符合一定條件后“推定”侵權成立。而在司法程序中，則適用的是“誰主張，誰舉證”的“確證”規則。證明標準的不同，使得行政機關在后續的司法復審程序中，處罰決定被撤銷、變更的可能性加大。
行政機關應審慎審查權利人提交的商業秘密構成證據，避免行政執法風險
根據我國《反不正當競爭法》規定，商業秘密應當具有3個構成要件：即秘密性(不為公眾所知悉)、實用性(能為權利人帶來經濟利益)和保密性(采取合理的保密措施)，否則不構成商業秘密。也就是說，商業秘密是否構成并非其本身所具有的技術含量，而是要看其是否具備3個法定特征，符合法定特征的當然構成商業秘密，不符合法定特征的，即便權利人極力主張權利，依然不能構成商業秘密。
只有存在著事實上的商業秘密，工商、市場監管部門才能夠對商業秘密給予行政保護。但是，商業秘密權利人在主張權利保護時，經常會有意或無意地隱匿該秘密信息已經是業內公開知曉的事實。而工商、市場監管部門執法人員不是相關行業的業內專家，自然不可能知悉秘密信息在業內公開情況。因此，不同于一般的行政違法案件，執法人員在受理商業秘密案件舉報時，應當要求商業秘密權利人必須明確指出其區別于公知信息而構成自己商業秘密的“秘密點”是什么，并且要舉證說明該商業秘密是“不為公眾所知悉的”。另外，權利人應提供其已經“采取合理保密措施”的相關證據。
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