一、根腫菌門
主要致病特征：屬于原生動物界，是寄主細胞內的專性寄生菌，引起寄主細胞膨大和組織增生，病部外表往往看不到病征。
根腫菌屬：
云薹根腫菌--十字花科植物根腫病
粉痂菌屬：
馬鈴薯粉痂菌--馬鈴薯粉痂病
多黏菌屬：
禾谷多黏霉--其游動孢子是傳播小麥土傳花葉病毒和小麥梭條花葉病毒的介體。
二、卵菌門
主要致病特征：卵菌具有水生習性，只有在高濕條件下才能產生游動孢子囊和游動孢子，因此，在潮濕、多雨、低洼積水、通風透光條件差時發生嚴重；由于卵菌的喜濕習性，所以葉部癥狀一般呈現在其葉背。
水霉屬：
串囊水霉--水稻爛秧
綿霉屬：
稻綿霉--稻苗綿腐病
腐霉屬：
瓜果腐霉--猝倒病、瓜果腐爛病
霜疫霉屬：
荔枝霜疫霉--荔枝霜霉病
疫霉屬：
致病疫霉--馬鈴薯晚疫病
霜霉屬：
寄生霜霉--十字花科和大豆霜霉病
盤梗霉屬：
菊苣盤梗霉--菊苣和菊科植物霜霉病
單軸霉屬：
葡萄生單軸霉--葡萄霜霉病
假霜霉屬：
古巴假霜霉--黃瓜霜霉病
指梗霉屬：
禾生指梗霉--粟白發病
霜指霉屬：
玉米霜指霉--玉米霜霉病
指疫霉屬：
大孢指疫霉--小麥霜霉病、水稻黃化矮縮病、玉米“龍頭”病
白銹菌屬：
十字花科白銹菌--油菜、白菜、蘿卜等白銹病
三、壺菌門
主要致病特征：多數為水生，腐生或寄生在水中的動植物殘體上，少數寄生于高等植物。
節壺菌屬：
玉米節壺菌--玉米褐斑病
四、接合菌門
主要致病特征：只有根霉和笄霉等少數幾個屬引起植物病害，造成植物花器、果實、塊根和塊莖等器官的腐爛，也可引起幼苗爛根；主要病征是在病部產生霉狀物，初期為白色，后期轉為灰白色，霉層上可見小黑點；引起病害稱軟腐病、褐腐病、根霉病和黑霉病。
根霉屬：
匍枝根霉--甘薯軟腐病；馬鈴薯、百合、棉鈴、桃、梨、蘋果、柑橘、葡萄等多種植物塊（鱗）莖、果實等腐爛病。
笄霉屬：
瓜笄霉--瓜類、棉花、茄子等花腐
毛霉屬：
大毛霉--果實、蔬菜、蘑菇等腐爛
犁頭霉屬：引起貯藏物的腐爛
五、子囊菌門
主要致病特征：多數引起局部壞死，少數導致系統性維管束病害；一般在葉、莖、果實上形成明顯的病斑，如葉斑病、炭疽病、白粉病、煤煙病、霉病、萎蔫病、干腐枝枯病、腐爛病、過度生長性病害等；主要病征為白粉、煙霉、各種顏色點狀物（以黑色為主）、黑色刺毛狀物、霉狀物、顆粒狀菌核和根狀菌索；除白粉菌是活體營養生物，其它多為死體營養生物，既能寄生又能腐生。
外囊菌屬：
畸形外囊菌--桃縮葉病
李外囊菌--李囊果病
櫻外囊菌--櫻桃叢枝病
梅外囊菌--梅及杏縮葉病
痂囊腔菌屬：
藤蔓痂囊腔菌--葡萄黑痘病
柑橘痂囊腔菌--柑橘瘡痂病
球腔菌屬：
落花生球腔菌--花生葉斑病
格孢腔菌屬：
枯葉格孢腔菌--蔥、蒜、辣椒等黑斑病和葉枯病
旋孢腔菌屬：
玉米旋孢腔菌--玉米小斑病
黑星菌屬：
蘋果黑星菌--蘋果黑星病
梨黑星菌--梨黑星病
白粉菌屬：
蓼白粉菌--煙草、芝麻、向日葵、瓜類白粉病
布氏白粉菌屬：
禾布氏白粉菌小麥專化型--小麥白粉病
單絲殼屬：
單絲殼--瓜類、豆類白粉病
薔薇單絲殼--桃、薔薇科植物白粉病
叉絲單囊殼屬：
白叉絲單囊殼--蘋果、花紅、山荊子、海棠白粉病
球針殼屬：
棒球針殼--桑、梨、柿、核桃白粉病
叉絲殼屬：
山田叉絲殼--核桃白粉病
榿叉絲殼--櫟、板栗、胡桃、榛白粉病
核盤菌屬：
核盤菌--油菜、黃瓜菌核病
鏈核盤菌屬：
果生鏈核盤菌--蘋果、梨等仁果類果實褐腐病
葡萄孢核盤菌屬：
灰葡萄孢--多種植物灰霉病
赤霉屬：
玉米赤霉--大麥、小麥、玉米等禾本科赤霉病
藤倉赤霉--水稻惡苗病
麥角菌屬：
麥角菌--禾本科植物麥角病
黑腐皮殼屬：
蘋果黑腐皮殼--蘋果樹腐爛病
長喙殼屬：
甘薯長喙殼--甘薯黑斑病
黑痣菌屬：
禾黑痣病菌--禾本科雜草及竹子葉片黑痣病
小叢殼屬：
圍小叢殼（無性態為膠孢炭疽菌）--蘋果、梨、棉花、葡萄、冬瓜、黃瓜、辣椒、茄子炭疽病
聚端孢屬：
粉紅聚端孢--棉鈴、蘋果、梨、瓜果等果實腐爛，產生粉紅色霉層
輪枝孢屬：
黑白輪枝孢--棉花黃萎病、苜蓿黃萎病
青霉屬：
意大利青霉--柑橘青霉病
指狀青霉--柑橘綠霉病
尾孢屬：
玉米尾孢--玉米灰斑病
鏈格孢屬：
云薹鏈格孢--白菜類黑斑病
褐柱絲孢屬：
葡萄大褐斑--葡萄褐斑病
鐮刀菌屬：
瓜類腐皮鐮孢菌--根腐病
綠核菌屬：
稻曲綠核菌--稻曲病
莖點霉屬：
甜菜莖點霉--甜菜蛇眼病
大莖點霉屬：
輪紋大莖點菌--蘋果、梨輪紋病
擬莖點霉屬：
茄褐紋擬莖點霉--茄子褐紋病
蘋果擬莖點霉--蘋果、梨、李、櫻桃果腐和干腐
殼二孢屬：
黃瓜殼二孢--黃瓜蔓枯病
色二孢屬：
棉花色二孢--棉鈴黑果病
殼針孢屬：
穎枯殼針孢--小麥穎枯病
盤二孢屬：
蘋果盤二孢--蘋果褐斑病
擬盤多毛孢屬：
枯斑擬盤多毛孢--松針赤枯病，茶、琵琶灰斑病
六、擔子菌門
主要致病特征：主要引起黑粉病、銹病、根腐病及過度生長性病害，表現為斑點、斑塊、立枯、紋枯、根腐、腫脹和癭瘤；病癥為銹狀物、黑粉狀物、霉狀物、顆粒狀菌核或索狀菌索；除銹菌、黑粉菌、絲核菌和外擔菌外，擔子菌很少引起葉斑病。
柄銹菌屬：
禾柄銹菌--小麥稈銹病
膠銹菌屬：
梨膠銹菌--梨銹病
山田膠銹菌--蘋果銹病
單胞銹菌屬：
瘤頂單胞銹菌--菜豆銹病
甜菜單胞銹菌--甜菜銹病
多胞銹菌屬：
玫瑰多胞銹菌--玫瑰銹病
疣雙胞銹菌屬：
刺李疣雙胞銹菌--桃褐銹病
柵銹菌屬：
亞麻柵銹菌--亞麻銹病
層銹菌屬：
棗層銹菌--早熟銹病
柱銹菌屬：
櫟柱銹菌--松、栗、櫟銹病
隔擔菌屬：
柄隔擔菌--桑膏藥病
黑粉菌屬：（多數寄生在禾本科植物上）
小麥散黑粉菌--小麥散黑穗病
裸黑粉菌--大麥散黑穗病
玉米黑粉菌--玉米瘤黑粉病
大麥堅黑粉菌--大麥堅黑穗病
軸黑粉菌屬：
高粱軸黑粉菌--高粱散黑穗病
高粱堅軸黑粉菌--高粱堅黑穗病
絲軸黑粉菌--高粱和玉米絲黑穗病
腥黑粉菌屬：
小麥光腥黑粉菌、網腥黑粉菌、矮腥黑粉菌--小麥黑粉病
條黑粉菌屬：
小麥條黑粉菌--小麥稈黑粉病
葉黑粉菌屬：
稻葉黑粉菌--水稻葉黑粉病
尾孢黑粉菌屬：
稻粒黑粉菌--水稻粒黑穗病
外擔菌屬：
壞損外擔菌--茶餅病（葉正面褪色凹陷，背面腫脹，上生白粉粉末；新梢有腫瘤，生白色粉末）
亡革菌屬：
瓜亡革菌（無性階段為立枯絲核菌）--棉、麻、大豆、花生、煙草和蔬菜立枯病；禾本科植物--紋枯病
科勝邦李老師整理編輯
