中國飛速發展的載人航天能力引起西方的不安，有關中國載人航天可能包含軍事用途的猜測更是層出不窮。11月9日出版的英國《簡氏防務周刊》稱，剛完成首次太空對接任務的天宮一號和各種神舟系列飛船為中國的執行太空軍事任務鋪平道路。不過航天專家承認，載人航天系統執行軍事任務并無優勢，中國的載人航天仍然是以和平利用為目的。
《簡氏防務周刊》稱，當11月3日神舟八號飛船和天宮一號實施對接的畫面出現時，人們很少意識到這項任務的軍事意義。報道稱，長征二號F火箭采用先進的迭代制導技術和國產化的導航系統，入軌精度達到12米。一名中國專家曾表示，“這次我們向其他國家表明我們能將飛行器運載到任何地方，這也意味著我們可以將近空的任何物體打下來”。
報道還說，天宮一號與神舟系列載人飛船和無人飛船一樣，都屬于“雙用途”平臺。《簡氏防務周刊》猜測，此前發射的神舟系列飛船大都具備軍事用途。例如神舟一號裝備一個電子偵察收集系統，神舟三號則負責測試新的雷達圖像系統，而神舟五號除搭載中國第一代航天員外，還攜帶兩個大型光學成像相機。2008年發射的神舟七號完成中國第一次太空行走，但也與國際空間站進行了一次27英里的近距離穿越，同時還發射一個40公斤重的微型衛星，驗證共軌攔截能力。報道認為，這次天宮一號也在乘員艙和服務艙之間裝備兩個圓柱狀物體，這可能是高解析度相機或者微型衛星發射器。報道還強調，中國政府發言人3日曾承認天宮一號將執行地球觀測試驗，2015年發射的天宮二號將主要用于地球和空間觀測任務，這些都可用于軍事偵察。
此前也曾出現西方媒體和智庫猜測中國載人航天的軍事用途。2005年3月，美國懷特·帕特森空軍基地的國家航空和航天情報中心發布一份公開報告，稱中國和俄羅斯的載人航天工程含有大量軍事成分。報告說，中國載人航天工程由中國人民解放軍管理，并且包括用于航天偵察的軍事傳感器的研究和了解空間環境的各種實驗。中國希望建立的空間站可能類似俄羅斯的“禮炮”號軍事空間站。《宇宙百科全書》的作者馬克·威德推測，中國第一次載人航天飛行的主要任務是進行軍事照相偵察，因為神舟五號的軌道艙在與指揮艙分離后進行了長達154天的試驗，這與執行圖像偵察任務需要花費的時間長短相符。
“國際評估與戰略中心”則在神舟六號飛船發射前刊發名為《中國載人航天的軍事雄心》的文章宣稱，前幾次神舟發射任務都在執行軍事任務，“軍事系統是神舟飛船軌道艙的一部分”。報道稱，艙外的特殊天線顯示神舟一號和二號可能執行電子情報任務，神舟二號、三號和四號還可能擔負電子情報的使命。神舟四號攜帶有一種微波傳感器設備，可能像一種原型雷達衛星。此外，神舟三號、四號和五號的軌道艙上都安裝有類似照相機的盒裝結構，“表明中國載人航天工程在執行科學任務的同時，也會滿足軍事需求”。
有專家介紹說，將載人航天器用于偵察等軍事用途很不劃算，相對于專用的偵察衛星和預警衛星并無優勢。因為載人航天器要解決航天員的吃喝拉撒一系列問題，要有獨立的生命支持系統，還要為他們預留足夠的活動空間，這都會付出額外代價。所以用載人航天器進行偵察、預警等任務很不劃算，這一點已經被美俄的載人航天經驗證實。
中國一貫都主張和平利用太空，反對太空武器化，也反對在太空進行軍備競賽。至于神舟飛船同時承擔電子偵察或照相偵察任務的說法，實際上美國現役的任何一種專業偵察衛星的塊頭都不小于神舟飛船，而電子偵察衛星直徑近百米的天線也非神舟飛船上幾根桿狀天線所能比擬的，現有技術還很難把如此眾多的先進功能整合到一個不足10噸的載人航天器上。天宮一號的“對地觀測功能”也不可能比得上美國的高精度偵察衛星，沒有實際軍事意義。美國憂思科學家聯盟中國項目負責人、中國太空計劃觀察家格雷戈里·庫拉齊在接受美國航天網采訪時也明確指出，“美俄兩國發現將人送入太空不會帶來任何軍事優勢。沒有跡象表明中國的載人航天計劃是由達到某種軍事目的所驅動的”。
