洪武十七年，徐達駐守北平時患了背疽，后來病情有所好轉，朱元璋讓徐達的長子徐輝祖帶著自己的書信前去慰問，不久召徐達返回京師休養。然而次年二月，徐達病情加重，不久去世，終年五十四歲。
徐達在北平主持北方軍務多年，二十歲的朱棣就藩后，有這樣一位長輩在身邊，相信肯定受益匪淺，對岳父感情深厚。
燕王妃聽聞父親去世的消息，內心的悲痛可想而知，朱棣和燕王妃情深意篤，而且和岳父相處多年，感情深厚，自然十分傷感。
那么，接下來誰將代替徐達在北平主持軍務呢？事實上，朱元璋很難再找出一個像徐達這樣眾望所歸的將領。或許，這為燕王朱棣擴展勢力帶來了機會。此時朱棣二十五歲。
驍勇善戰、智勇雙全的李文忠本是最有可能代替徐達成為主帥的人選，但是他已經在洪武十七年病逝。
這年八月，朱元璋派馮勝、傅友德、藍玉去北平鎮守。馮勝是朱棣同母弟周王朱橚的岳父。
洪武二十年（公元1387年）正月，朱元璋下詔任命馮勝為征虜大將軍，率領傅友德、藍玉等將領統兵征討北元太尉納哈出。
此次北征雖然獲勝而歸，可是有人向朱元璋告發馮勝私藏良馬，強娶丈夫剛去世不久的寡婦，再加上因指揮失當而損失濮英率領的三千騎兵，常茂也指責馮勝的過失，朱元璋一怒之下，不再讓馮勝統領兵馬，而讓藍玉擔任總兵官。
洪武二十一年（公元1388年）三月，藍玉率領十五萬大軍從大寧出發，開始北征，對北元造成了毀滅性打擊，大獲全勝，北元君主脫古思帖木兒和太子天保奴僅帶著數十個騎兵逃走。
朱元璋十分高興，打算封藍玉為梁國公，可是在回師途中，藍玉夜里抵達喜峰關，守關的官吏沒有及時開門，藍玉大怒，竟然放縱士卒毀關而入，而且，又有人告發藍玉與北元君主的非子有私，導致元妃羞慚自盡。
朱元璋很憤怒，改封藍玉為涼國公，并把他的過失鐫刻在世襲鐵券上。
藍玉是常遇春妻子的弟弟，而常遇春的長女是皇太子妃，身為太子妃舅父，自然竭力輔佐太子朱標。
“太祖曰：諸子中燕王仁孝有文武才略，能撫國安民，吾所屬意。皇后曰：幸毋泄言，恐禍之也。太子聞之，密以語涼國公藍玉。”（《明太宗實錄》）
可見，太子朱標十分信任藍玉，遇重大事情愿意找藍玉商量。
藍玉主持北方軍務，移師薊州后，曾到燕王府，把北征納哈出俘獲的名馬獻給燕王，朱棣嚴詞拒絕。
“玉先征北虜納哈出，歸至北平，以名馬進上。上曰馬未進朝廷而我受之，豈所以尊君父？郤之。”（《明太宗實錄》）
朱棣有意與藍玉保持距離，有所提防，一方面可能是因為藍玉與朱標的關系，另一方面也可能是因為藍玉地位高，與他交往密切，很容易引起父親朱元璋的關注。
藍玉獻馬也只是對藩王的一種禮貌性示好，并非是想投到燕王麾下。而且對于當時的燕王朱棣而言，是難以駕馭藍玉這位驍將的，因此，對藍玉敬而遠之或許才是上策。
由此可見，燕王處理事情十分謹慎、理智、不貪小利授人以柄。
朱元璋對藍玉的失望為燕王朱棣帶來了發展機會，藍玉并沒有像先前徐達那樣長期主持北方軍務。
明朝洪武二十三年（公元1390年）正月，朱元璋令晉王朱棡、燕王朱棣兵分兩路，率軍北征，討伐北元丞相咬住、太尉乃兒不花等人。
朱元璋令穎國公傅友德、南雄侯趙庸、懷遠侯曹興一同出征，聽從燕王朱棣的節制；令定遠侯王弼聽從晉王節制。
從此次對出征將領的安排可以看出，朱元璋逐漸倚重已經成長起來的藩王，利用藩王節制諸將，不再單純依靠將領主持北方軍務。
晉王朱棡沒能在大漠找到對手，最后無功而返。
燕王朱棣沒有辜負父親的期望，大獲全勝，成功招降乃兒不花，朱棣在此次北征過程中表現出來的冷靜、克制和敏銳的軍事嗅覺，令人刮目相看。
朱元璋收到捷報后十分高興，對群臣說，“清沙漠者，燕王也，朕無北顧之憂矣”（明太祖實錄），此時朱棣三十歲。
從此，朱元璋逐漸將北方軍務交給北邊的藩王主持，朱元璋以藩王代替功臣勛將的設想得以實現。
朱棣信心倍增，他憑借自己出眾的毅力、才能，終于在藩王中嶄露頭角。姚廣孝的超前眼光在此刻得到了初步驗證。
一個月后，韓國公李善長因胡惟庸案被朱元璋問罪，吉安侯路仲亨、平涼侯費聚、延安侯等武將同時獲罪。
這件事表面上看起來似乎和朱棣沒什么直接關系，因為他此時正在全力處理北方軍務，追擊北元阿失里等人。不過，朱棣越來越受父親的倚重，直到朱元璋去世時，成為實力最強的藩王。
