一、由普遍懷疑到第一哲學原理：“我思故我在”
笛卡爾認為他當時的一切知識都是不可靠的，他想要通過普遍懷疑的方法來打擊以往的知識體系，從而新建立新的知識體系。 笛卡爾的懷疑是普遍的：
首先，笛卡爾認為通過感觀獲得的一切知識是可懷疑的，因為人的感觀會出錯，現實中感觀知覺到的事物在夢里也會出現，而夢里出現的實際中可能并沒有出現過。
其次，由演繹和推理的方法而獲得的各種知識也是值得懷疑的，因為人在推理上同樣是會出錯的，即使之前被大家接受的幾何公理同樣是值得懷疑的。
第三，在宗教領域，笛卡爾認為設想上帝并不存在也是允許的，宗教的觀念、教義的真實性同樣可以予以懷疑。只要是可以懷疑的一切事物，他們都是不確定性的，它們是虛假的，其真實性都是不可靠的。雖然笛卡爾的懷疑是普遍的，但他并沒有走向相對主義。
他認為，當“我”在懷疑一切時，即我在進行具體懷疑時，這一意識活動必有一個主體，這個主體就是我在懷疑的“我”。在笛卡爾的文本中是這樣表達的：“正當我做如此思想，一切皆偽之時，我立刻理會到那思想這一切的我，必須為一事實。”這個不能懷疑的主體意識活動被笛卡爾稱為“我思”。而正是這個不能懷疑的主體意識活動意識到自己在進行懷疑這一自我反思的意識活動證明了“我”的存在，即“我在”。所有的具有對象和內容的懷疑活動都是以被笛卡爾稱成為“我思”這一主體意識為前提的。
二、“我思故我在”的核心是“我思”
“我思故我在”包括“我思”和“我在”兩個部分。其中“我思”是沒有具體內容和對象的純粹意識活動本身，如果它是有對象的，那么他就是可以懷疑的了，因此，“我思”是一種主體的自我反思意識，即當我在懷疑事物時，同時我也在反思我的懷疑，我知道自己為什么在進行具體的懷疑這一思想活動，這是一種主體的關照和沉思。這里，可以說“我思”是意識的意識，是對意識活動進行再意識的反思意識。我思體現的是內在的思維原則，它是第一性的。“我思”和“我在”的我是同一個主體，“我在”是指對“我”這一主體的存在的表達，笛卡爾認為“我思”這一主體的自我反思活動是一個實體，“我在”是對我這一實體的存在的表述，“我思”這一具有自由意志的實體證明了我的存在。“我在”是“我思”這一實體存在的表達形式，“我在”是依賴于“我思”的，同時我思需要我在來表現自己的存在。而“我思故我在”中的“故”不是一種因果關系，而是一種必然關系，我思和我在之間具有一種必然的內在聯系，“我思”必然包含“我在”，“我思”和“我在”是一種實體和屬性的關系。在笛卡爾看來的實體與屬性的關系是一種內在的必然聯系，屬性是關于實體的本質屬性，我們只有通過這些本質屬性來認識這個實體，屬性依賴于實體，實體也離不開屬性。“我思故我在”這一第一哲學原理中的關鍵在于“我思”，我思主要表達的是一主體的自我反思的意識，是一個具有自由意志的實體性的存在，是一種先于經驗的自我意識。而這一先驗的自我反思的意識是每個有理性的人與身具有的。由此可以退出“我思故我在”突出表達的是對主體內在的關照下的自我反思，是主體的具有靈魂性質內在原則。這一內在的原則不依賴于身體和外界事物的存在而存在。
三、“我思故我在”的具體涵義
“我思故我在”不僅是笛卡爾哲學的第一原理，是他整個哲學的基石，同時也是他的重要思想內容，具有著豐富的內涵。 “我思故我在”，這一原理是每個有理性的人經過自己的反思都會把握到的。它是清晰明了地存在于人的意識當中的，并且這一原理的核心所關注的是我的存在。“我思故我在”反映了我很確切我的存在就是因為“我思”這一實體性的自我的反思意識的存在，如果沒有這一實體我就沒有存在的根據。這一原理是如此的確切，如此清晰明顯，無需其他事物的證明，根據笛卡爾的真理標準即明晰性，可以判斷出我思故我在是符合真理標準的。正如笛卡爾的表述：“凡我們很明顯地、很清晰地對它有觀念之物，皆真實無誤。”因此笛卡爾把這一原理當作他的哲學的第一真理或原理。 “我思故我在”的明晰性也是其重要的性質之一。
