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大便的細菌培養由于大便組成的特殊而有其自身的特點。腸道中有大量的細菌，其種類很多。正常人腸道內常寄生有大腸桿菌、產氣桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、念球菌等。這些細菌在正常的腸腔內是不致病的。但當腸道發生病理改變時也可以引起疾病。常見的腸道致病菌有痢疾桿菌、沙門氏菌、霍亂弧菌、結核桿菌及嗜鹽菌、變形桿菌等。由于這些特點，所以要求在標本的采集處理及培養方法上都與其它標本有所不同。

　　采集大便標本一般以無菌棉纖拭取糞樣，應選擇含有粘液、膿液及血液的新鮮大便，置于消毒容器內，并及時送檢。同時應注意在發病初期（傷寒病人在發病兩周時陽性率高）、未用抗生素之前采集，以提高陽性率。對于痢疾，如無法獲得糞便，也可采用直腸拭子，即用滅菌棉纖經生理鹽水濕潤后，插入肛門內4～5cm處輕輕轉動后取出。葡萄球菌所致的胃腸炎，可取糞便，亦可取嘔吐物。結核桿菌培養可取3～5g糞便，用飽和鹽水漂浮法等集菌后，再置于試管內進行接種。

　　一般來講，大便細菌培養的報告是比較可靠的。它對于多種腸道疾病，如細菌性痢疾、傷寒、副傷寒、霍亂、嗜鹽菌食物中毒等疾病的診斷和鑒別診斷很有意義。