云居寺位于北京西南房山區大石窩鎮水頭村，距市中心70公里。占地面積70000多平方米。由云居寺、石經山藏經洞、唐遼塔群構成中國佛教文化特色一大寶庫。
云居寺始建于隋末唐初，初名“智泉寺”，后改稱“云居寺”，寺院占地面積0.07平方公里，經過歷代修葺，形成五大院落六進殿宇。20世紀40年代毀于日軍炮火中。解放后，經過兩次大規模修復。
云居寺始建于唐貞觀五年（631），由僧人靜琬創建。
至遼圣宗時期（公元983—1011年） 形成五大院落、六進殿宇， 金、元、明、清各代都有修葺。
1942年遭到日本侵略軍轟炸毀環。
20世紀50年代末，利用三年時間對石經進行發掘整理，并組織專家對房山石經進行研究。出版了《房山石經影印本》和《房山石經題紀匯編》等一批研究著作。
1987年10月，云居寺作為社會歷史類專題遺址博物館對國內外游人開放。
1995年12月正式注冊登記為云居寺石經陳列館。
2019年9月9日，“中華文化奇跡——北京房山云居寺歷史文化展”在故宮太和門東側崇樓開幕。
寺的南北有兩座遼塔對峙，南塔又稱藏經塔，地下有藏經穴，塔已無存。北塔是遼代磚砌舍利塔，又稱“羅漢塔”，始建于遼代天慶年間（1111～1120年），高30多米，塔身集樓閣式、覆缽式和金剛寶座三種形式為一體，造型極為特殊。塔的下部為八角形須彌座，上面建樓閣式磚塔兩層，再上置覆缽和“十三天”塔剎。這種造型的遼塔，十分少見。
塔的四面各建有一座三米多高的小唐塔，為唐景云二年（公元711年）至開元十五年（公元727年）間所建。五塔形成一個整體，為中國金剛寶座塔（五塔）的早期實例。寺內及周圍山上還有唐、遼、明各代建造的磚、石塔十余座，其中以石刻大藏經創始人靜琬的墓塔——琬公塔和為紀念唐代金仙公主捐助刻經事業而建的金仙公主塔最為著名。
四座唐塔都有明確的紀年，塔的平面呈正方形，七層，分單檐和密檐式兩種，而造型大致相同。塔身上雕刻著各種佛像，其中唐開元十五年（727年）所建的石塔，內壁雕刻有一個供養人，此人深目高鼻，推斷應為外國人形象，這與當時唐代與中西亞交流廣泛、大量任用外族為官有直接關系。雕刻的服飾十分華麗，線條細膩流暢，反映了盛唐中外文化交流的繁盛景象。
紙經藏22000多卷，為明代刻印本和手抄本，包括明南藏、明北藏和單刻佛經等。而其中的《大方廣佛華嚴經》為妙蓮寺比丘祖慧刺破舌尖血寫成，被譽為“舌血真經”，尤為珍貴。
《龍藏》木經始刻于清朝雍正十一年（1733年）至乾隆三年（1738年），存77000多塊，內容極為豐富，是集佛教傳入中國2000年來譯著之大成。堪稱我國木板經書之最。世界上現存兩部漢文大藏經，一部為云居寺現存的《龍藏》，另一部是韓國海印寺的《高麗藏》。
石經山海拔450公尺，山腰有9個藏經洞，其中雷音洞為開放式，洞內寬廣如殿，四壁鑲嵌經板大都是靜琬早期所刻。洞中有四根石柱，石柱上雕佛像
1056尊，故稱千佛柱，九洞共藏經4196塊。石經山現存唐塔兩座，還有石鑿古井、隋唐碑刻等大批歷史遺存。為了便于游客上山觀光攬勝，云居寺于1999年10月24日開通了全長830米的石經山索道。
密檐式石塔
房山區云居寺及石經山上的唐代密檐式石塔就屬于這種早期的結構形式。矮小的塔基由兩層石板相疊而成，很不顯眼。
塔身全部是用漢白玉建造，為四角形，并在第一層塔身內設佛龕，佛龕內的雕像具有典型的唐代藝術風格，是唐代石雕藝術中的精品，具有很高的文物保護價值和觀賞價值。從第二層塔身開始，每層用疊澀法砌出塔檐，在塔頂處安置葫蘆形塔剎。
云居寺已經成為國內外著名的佛教寺院，著名的宗教活動場所，享有“北方巨剎”的盛譽。寺特有的幽靜地理環境，奇特迷人的秀麗風光，蘊涵著濃郁的佛教文化特色，是藏經納寶之地、祈福迎祥之所云居。 [5]
佛祖舍利
云居寺不僅藏有佛教三絕與千年古塔，而且珍藏著令世人矚目的佛祖舍利。舍利（佛教名詞）意為尸體或身骨。相傳釋迦牟尼遺體火化后結成的珠狀物。
1981年11月27日在雷音洞發掘赤色肉舍利兩顆，這是世界上唯一珍藏在洞窟內而不是供奉在塔內的舍利，與中國北京八大處的佛牙、陜西西安法門寺的佛指，并稱為“海內三寶”。為千年古剎增添一份祥光瑞氣。
到2014年9月9日，歷經五年的修復，云居寺地標“南塔”終于復建完工。2014年9月9日上午，云居寺舉行南塔落成觀瞻儀式。
由于是全國首例復建古塔，沒有先例可循，唯一的依據就是老照片。經過8次方案修改和5年艱苦復建，云居寺南塔恢復了民國時舊貌。
2014年，南塔復建完工，通體以青石材料為主。
1942年，原有的南塔毀于侵華日軍的炮火。
云居寺中軸線南部，蒼松翠柏之間，可見一座青石磚塔巍峨挺立，與寺院北部的鐘樓式古塔遙相呼應。
此時通過航拍設備從空中俯瞰，云居寺宛如一個面向東方的巨人，伸出南北兩臂，一手托著一尊寶塔。復建的云居寺南塔共十一層，通體使用的是青石等材料，每層檐角下還掛著銅鈴，山風拂過丁零作響。
