茶樹在60多個國家進行商業栽培，其鮮葉被加工成茶，茶是世界上最廣泛消費的飲料。雖然已經發布了幾個染色體級茶樹基因組，但它們使兩種單體型崩潰，忽略了大量可能為該物種的重要生物功能提供的基礎的過敏變異。在這里，我們呈現一個分階段的染色體規模組裝的精英烏龍茶品種，"黃丹"，這是眾所周知的高香氣水平。根據兩組單體型基因組數據，我們發現了許多基因變異和與重要特征相關的大量過敏失衡，包括香氣和應激相關等位基因。比較基因組學揭示了廣泛的結構變異，以及一些基因家族的擴張，如三葉草合成酶（TPSs），這些基因家族可能有助于骨干父系的高香氣特性，為烏龍茶中香氣相關化學物質的生物合成提供分子基礎。我們的研究結果揭示了烏龍茶品種特有性的遺傳基礎，為研究經濟重要茶葉作物的進化和馴化提供了基本的基因組資源。
